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标题: 求助：关于计算HIO3+NH3结合能的旋轨耦合校正和基组外推求助 [打印本页]
作者Author: lijing522 时间: 2024-1-23 22:39
标题: 求助：关于计算HIO3+NH3结合能的旋轨耦合校正和基组外推求助
本帖最后由 lijing522 于 2024-1-24 09:43 编辑
背景：中性体系，如计算HIO3+NH3→(HIO3)1(NH3)1的结合能。结构优化（Gaussian 09）：wb97xd/6-311++G(3df,3dp)(for H,O,N)+aug-cc-pvtz-PP(forI)，单点能（orca）：DLPNO-CCSD(T)/ aug-cc-pvtz(forH,O,N)+ aug-cc-pvtz-PP(for I)。现在为了更准确地计算结合能想做以下校正：
1、 旋轨耦合校正
在结构优化的水平下，加上碘的旋轨势（如1I1N-SODFT.gjf），用Gaussian16计算得到的能量（deta E）与不加旋轨势的能量（deta E）的差值即为旋轨耦合校正值。这样做是合理的吗？
2、 CBS校正
我们做了DLPNO-CCSD(T)/def2-TZVPP(->QZVPP)（如1I1N-cbs.inp），得到的电子能并没有降低。我们这样做是合理的吗？还是说我们应该考虑用相同的基组，即DLPNO-CCSD(T)/cc-PVTZ(->PVQZ)？但是输入文件（1I1N-cbs-1.inp）该如何修改呢？不太清楚这个碘的基组该如何处理。
3、 换方法
单点计算换成了DLPNO-CCSD(T)-F12/cc-PVTZ-F12，输入文件（1I1N-f12.inp），同样是关于碘的基组，请问该如何处理？
作者Author: wzkchem5 时间: 2024-1-23 23:11
首先，为什么想降低结合能？
没有“为了降低结合能”这个说法，只有把结合能算得更准的说法
作者Author: lijing522 时间: 2024-1-24 09:08
您说得对，是我表述有问题
作者Author: wzkchem5 时间: 2024-1-24 21:06
1. 你的计算不涉及开壳层物种，旋轨耦合的贡献估计不大，想要让相对论效应方面描述更准确的话，首选方法是改用全电子相对论计算，有条件最好用X2C，没条件至少用ZORA。
2. 比如你用def2-TZVPP、def2-QZVPP外推，CBS外推的结果一定比def2-TZVPP、def2-QZVPP各自的能量要低，我不知道你说的没有降低是和什么相比。
3. cc-pVTZ-F12的大小和aug-cc-pVTZ类似，因此缺少F12基组时，可以用相应的aug基组代替。cc-pVTZ-F12原文有相关论述。
作者Author: lijing522 时间: 2024-1-27 22:19
本帖最后由 lijing522 于 2024-1-27 22:39 编辑
老师，我想用cc-pVTZ、cc-pVQZ外推，但是因为有碘的存在，所以要用混合基组，请问碘元素的基组该如何处理。下面是我的输入和报错信息，麻烦您了
输入：
! DLPNO-CCSD(T) TightPNO Extrapolate(3/4,cc) tightSCF
%maxcore 10000
%pal nprocs 12 end
%basis
NewGTO I "aug-cc-pVTZ-PP" end
NewAuxCGTO I "aug-cc-pVTZ-PP/C" end
NewECP I "SK-MCDHF-RSC" end
end
* xyz 0 1
I -0.58029100 0.03247600 -0.15719800
O -0.71869200 -0.14717800 1.60025100
O 0.38868400 1.48130900 -0.48248300
O 0.67150700 -1.38215600 -0.62046700
H 1.52110800 -1.20472900 -0.19646600
*
报错：
----- AuxC basis set information -----
The basis set includes element-specific modifications.
Your calculation utilizes the auxiliary basis: cc-pVQZ-PP/C
Obtained from the EMSL Basis Set Exchange (bse.pnl.gov) Feb. 2017
Cu-Zn, Ag-Cd, Au-Hg : C. Haettig, unpublished
Ga-Kr, In-Xe, Tl-Rn : C. Haettig, G. Schmitz, J. Kossmann, Phys. Chem. Chem. Phys. 14, 6549 (2012)
Y-Tc, Rh-Pd : J. G. Hill, J. A. Platts, J. Chem. Theory Comput. 5, 500 (2009)
Ru : J. G. Hill, J. A. Platts, J. Chem. Phys. 129, 134101 (2008)
Hf-Pt : J. G. Hill, J. Chem. Phys. 135, 044105 (2011)
*****************************************************************
** There are no AuxC basis functions on atom number 1 (O ) **
*****************************************************************
[file orca_main/maininp2.cpp, line 2369]: The basis set was either not assigned or not available for this element - Aborting the run
作者Author: wzkchem5 时间: 2024-1-28 01:36
可以考虑改用def2基组外推。cc-pVTZ/cc-pVQZ外推用的系数，不一定适用于aug-cc-pVTZ-PP。
这个报错的根源在于你没有给碘以外的元素指定/C基组，补上即可
作者Author: lijing522 时间: 2024-1-29 09:57
感谢老师。另外，对于DLPNO-CCSD(T)-F12方法，如果想用混合基组，碘元素用aug-cc-pVTZ-PP基组，其他元素用cc-pVTZ-F12基组，我这个输入文件该怎么修改呀？
输入：
! DLPNO-CCSD(T)-F12 TightPNO cc-pVTZ-F12-CABS cc-pVTZ/C TightSCF
%maxcore 10000
%pal nprocs 12 end
%basis
NewGTO I "aug-cc-pVTZ-PP" end
NewAuxCGTO I "aug-cc-pVTZ-PP/C" end
NewECP I "SK-MCDHF-RSC" end
end
* xyz 0 1
I -0.58029100 0.03247600 -0.15719800
O -0.71869200 -0.14717800 1.60025100
O 0.38868400 1.48130900 -0.48248300
O 0.67150700 -1.38215600 -0.62046700
H 1.52110800 -1.20472900 -0.19646600
*
报错：
----- CABS information -----
Your calculation utilizes the basis: cc-pVTZ-F12
*****************************************************************
** There are no CABS basis functions on atom number 0 (I ) **
*****************************************************************
[file orca_main/maininp2.cpp, line 2369]: The basis set was either not assigned or not available for this element - Aborting the run
作者Author: wzkchem5 时间: 2024-1-29 20:07
用AutoCABS这个工具产生碘的CABS辅助基组，然后按orca手册写的方法把CABS基组写到orca输入文件里
AutoCABS是开源的，在github上，可以搜一下
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