计算化学公社

标题: slurm一键批量提交Gaussian任务至超算集群 [打印本页]

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作者
Author: 量化小王子    时间: 2024-1-23 23:57
标题: slurm一键批量提交Gaussian任务至超算集群


小菜鸟之前发过一篇帖子求助slurm一键提交批量Gaussian任务的实现 - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社 (keinsci.com)，在大神的指导下，利用脚本可以批量提交Gaussian任务，但是提交完毕，发现所有任务都提交到同一个节点，所以最后不了了之，幸运的是，在博主@tiandikuoyuan 批量提交Gaussian任务至pbs队列的脚本 - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社 (keinsci.com)帖子中，有类似脚本，在此基础上，做了小小的改动，使之可以使用slurm作业系统实现批量提交文件内Gaussian任务，并且可以实现跳过已经计算过的任务和计算结束后将chk文件转化成fchk文件，最后还是要感谢博主@tiandikuoyuan，让我可以在提交计算任务时，不用新建多个sh计算脚本。

1. #!/bin/bash
   
2. for inf in *.gjf
   
3. do
   
4. cat > ${inf%.gjf}.sh << "EOF"
   
5. #!/bin/bash
   
6. #BATCH -J Go
   
7. #SBATCH -p high
   
8. #SBATCH -N 1
   
9. #SBATCH -n 28
   
10. #SBATCH --mem=112GB
    
11. #SBATCH --output=%j.out
    
12. #SBATCH --error=%j.err
    
13. echo ${SLURM_JOB_NODELIST}
    
14. echo start on $(date)
    
15. INPUT_NAME=1       ##这里输入文件名，不含拓展名##
    
16. g16 $INPUT_NAME.gjf
    
17. wait
    
18. formchk $INPUT_NAME.chk
    
19. echo `date +"%Y-%m-%d %H:%M:%S"` job has been completed! >> /public/home/nwnuliujc/log/${inf%.gjf}.log
    
20. EOF
    
21. path=$(cd "$(dirname "$inf")";pwd)
    
22. if [ ! -f ${inf//gjf/log} ];  ##判断gjf文件是否存在对应的log文件
    
23. then
    
24. name="INPUT_NAME="${inf%.*}
    
25. filename="$path/$inf"
    
26. sed -i -r "s/(INPUT_NAME=)[^#]*/$name    /" ${inf%.gjf}.sh
    
27. sed -i -r "s?job?$filename?" ${inf%.gjf}.sh   ##替换${inf%.gjf}.sh中文件路径
    
28. sbatch ${inf%.gjf}.sh
    
29. echo `date +"%Y-%m-%d %H:%M:%S"` ${path}/${inf} has been submitted! >> /public/home/nwnuliujc/log/${inf%.gjf}.log
    
30. else
    
31. echo `date +"%Y-%m-%d %H:%M:%S"` ${path}/${inf} has been calculated! >> /public/home/nwnuliujc/log/${inf%.gjf}.log
    
32. fi
    
33. done
    
34. rm -f ${inf%.gjf}.sh

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