计算化学公社

标题: 求助：如何使用VMD或其它程序分析不同溶剂化结构的百分比 [打印本页]

作者
Author: UA_Lpc 时间: 2024-1-24 01:44
标题: 求助：如何使用VMD或其它程序分析不同溶剂化结构的百分比
如题，本人想对MD的轨迹进行后处理分析；具体问题是想确定模拟后的电解液中锂离子周围不同配位环境所占的比例，想得到如附图的结果。有没有大神可以帮忙解决？最好用VMD里面的代码

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-24 05:59
循环每个锂，用VMD选择语句选择附近的原子，根据这些原子所属的残基号和残基名判断锂周围有几个、什么分子，根据类型进行计数就完了

有什么具体技术问题必须具体问。如果是想让别人给你写一个现成的完整的脚本，一般不会有人义务这么做。如果想自己写VMD tcl脚本但不会，北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里面对此有完整全面的讲授可以系统地学习。

作者
Author: UA_Lpc 时间: 2024-1-24 12:53
谢谢sob社长，我再研究下

作者
Author: UA_Lpc 时间: 2024-2-28 01:59
有大佬写过代码，见（http://bbs.keinsci.com/thread-37992-1-1.html）

作者
Author: Hanna110 时间: 2025-9-23 11:53
你搞定了吗？我也遇到了这个问题，求教

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