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标题: 刚接触GROMACS，导师要做16种不同分子在气液界面的运动模拟，求高人指点 [打印本页]

作者
Author: 爱迪生 时间: 2024-1-24 09:55
标题: 刚接触GROMACS，导师要做16种不同分子在气液界面的运动模拟，求高人指点
没有系统的学习GROMACS，只是按照官网和bilibili上的视频学习了一些官方的课程，啥也不太懂，想抄一些代码就到这来学习了。只有所用分子的文件。
模拟是想构建一个气液两相的盒子，然后在液相中插入16种不同配比的分子，开始就卡住了，咋在构建一个水溶剂盒子然后在里面导入多种不同种类分子嗷。

问题有点弱智，快毕业才接触这个，自己还没深入学习，不好意思。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-24 17:32
packmol构建，见：
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）
或者先用gmx solvate往盒子里填充溶剂，然后gmx insert-molecules结合-replace里面其它各种分子

PS：GROMACS不系统学一遍根没法正确使用，胡算瞎算、折腾只会白浪费巨量时间，当前这种情况还很可能最后延期毕业。
北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）对GROMACS的使用有非常系统全面的讲授，里面给了各种类型丰富的例子，建模、计算、分析全流程讲得极其充分详细。在通过课程掌握必备基础后，把自己研究的问题往课上类似的例子里套，很快就能做出来。

作者
Author: 爱迪生 时间: 2024-1-25 09:28
好的好的谢谢老师

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