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标题: r2SCAN-3c的RIJ加速要额外写加速项的关键词和辅助基团吗？ [打印本页]

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-1-24 11:42
标题: r2SCAN-3c的RIJ加速要额外写加速项的关键词和辅助基团吗？
我正在尝试高斯和orca联用，想用r2SCAN-3c 方法，同时用RIJ加速
我在orca.sh里面的相关设置是：level="r2SCAN-3c RIJ"，这样写是不是不对？要不要去掉RIJ，会不会自动调用RIJ，我写的关键词是不是错了？要不要加def2/J辅助基团？

我不确定任务失败的原因是不是我设置的加速项的问题，我运行后.err里面显示如下：

[file orca_main/maininp4.cpp, line 11068]:

forrtl: No such file or directory
forrtl: severe (29): file not found, unit 10, file /data/home/grp-chenggj/wangjiaxin/orca_g16_test/mol.engrad
Image             PC             Routine          Line       Source
extorca          00000000004076FB  Unknown             Unknown  Unknown
extorca          0000000000416EE0  Unknown             Unknown  Unknown
extorca          0000000000404435  Unknown             Unknown  Unknown
extorca          0000000000404262  Unknown             Unknown  Unknown
libc-2.17.so    00002B3589208555  __libc_start_main    Unknown  Unknown
extorca          0000000000404169  Unknown             Unknown  Unknown
mv: cannot stat ‘mol.gbw’: No such file or directory
mv: cannot stat ‘tmp.gbw’: No such file or directory

作者
Author: ionexchangeC 时间: 2024-1-24 14:08
没有RIJ关键词，可以写RI，也可以什么都不写

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-1-24 20:44
不要只看err文件，也看orca的主输出文件，看最后有没有报错信息，由报错信息分析报错原因

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-25 04:42
r2SCAN-3c默认就会用RIJ加速，不用特意写

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-1-25 11:22

ionexchangeC 发表于 2024-1-24 14:08
没有RIJ关键词，可以写RI，也可以什么都不写

我后来没有写加速项，重新装了openmpi 4.1.1，但是跑了半天，但是.out文件都只有73K。
.err文件显示：mca_base_component_repository_open: unable to open mca_btl_openib: libosmcomp.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory (ignored)

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-1-25 11:25

wzkchem5 发表于 2024-1-24 20:44
不要只看err文件，也看orca的主输出文件，看最后有没有报错信息，由报错信息分析报错原因

我看.out文件跑了半天都只有73k，觉得有问题，就主动终止了。
.out文件显示如下：

Generating mol.inp
Running ORCA...
ORCA running finished!
Extracting data from ORCA outputs via extderi
6 0 0 F T 2.27D+00 0.07155572 0.01449686 0.21513510 0.03728469-8099.2093505 ----
Generating mol.inp
Running ORCA...

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-1-25 11:26

sobereva 发表于 2024-1-25 04:42
r2SCAN-3c默认就会用RIJ加速，不用特意写

那要不要加辅助基组呢？

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-1-25 11:40
本帖最后由 Oliviaw 于 2024-2-29 10:05 编辑

这是.out文件。
能帮忙看下是哪里出错了吗？

作者
Author: ionexchangeC 时间: 2024-1-25 12:59
orca的路径都写对了吗？检查一下

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-26 03:08

Oliviaw 发表于 2024-1-25 11:26
那要不要加辅助基组呢？

自动用合适的辅助基组

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-1-26 17:54

Oliviaw 发表于 2024-1-25 04:40
这是.out文件。
能帮忙看下是哪里出错了吗？

我说的是orca的输出，不是orca-高斯联用脚本的输出

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-1-26 18:16
下面是mol.out的结尾，不知道这个是不是orca的输出

WARN  object 0x2e8a380 {{cpml|cb|snd_tag|rk_use} send length 237568 ucp_proto_progress_tag_rndv_rts() comp:mca_pml_ucx_send_completion()host memory} was not returned to mpool ucp_requests
[1706085224.476982] [h025:138619:0]          mpool.c:55 UCX  WARN  object 0x2e8a540 {{cpml|cb|snd_tag|rk_use} send length 237568 ucp_proto_progress_tag_rndv_rts() comp:mca_pml_ucx_send_completion()host memory} was not returned to mpool ucp_requests
[1706085224.476989] [h025:138619:0]          mpool.c:55 UCX  WARN  object 0x2e8a700 {{cpml|cb|snd_tag|rk_use} send length 237568 ucp_proto_progress_tag_rndv_rts() comp:mca_pml_ucx_send_completion()host memory} was not returned to mpool ucp_requests
[1706085224.476996] [h025:138619:0]          mpool.c:55 UCX  WARN  object 0x2e8a8c0 {{cpml|cb|snd_tag|rk_use} send length 237568 ucp_proto_progress_tag_rndv_rts() comp:mca_pml_ucx_send_completion()host memory} was not returned to mpool ucp_requests
[1706085224.477003] [h025:138619:0]          mpool.c:55 UCX  WARN  object 0x2e8ac40 {{cpml|cb|snd_tag|rk_use} send length 237568 ucp_proto_progress_tag_rndv_rts() comp:mca_pml_ucx_send_completion()host memory} was not returned to mpool ucp_requests
[1706085224.477010] [h025:138619:0]          mpool.c:55 UCX  WARN  object 0x2e8ae00 {{cpml|cb|snd_tag|rk_use} send length 237568 ucp_proto_progress_tag_rndv_rts() comp:mca_pml_ucx_send_completion()host memory} was not returned to mpool ucp_requests
[1706085224.477017] [h025:138619:0]          mpool.c:55 UCX  WARN  object 0x2e8afc0 {{cpml|cb|snd_tag|rk_use} send length 237568 ucp_proto_progress_tag_rndv_rts() comp:mca_pml_ucx_send_completion()host memory} was not returned to mpool ucp_requests

-------------------------------------------------------------------------------
                        DFT DISPERSION CORRECTION

                              DFTD4 V2.5
-------------------------------------------------------------------------------
The R2SCAN3C composite method is recognized
Using three-body term ABC
Active option DFTDOPT                ...       5

Starting D4
------------------------- ----------------
Dispersion correction          -0.261717688
------------------------- ----------------

------------------ -----------------
gCP correction          0.078058857
------------------ -----------------

------------------------- --------------------
FINAL SINGLE POINT ENERGY    -8099.356652697523
------------------------- --------------------

         ************************************************************
         *       Program running with 20 parallel MPI-processes *
         *             working on a common directory             *
         ************************************************************
------------------------------------------------------------------------------
                     ORCA SCF GRADIENT CALCULATION
------------------------------------------------------------------------------

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-1-26 19:34

ionexchangeC 发表于 2024-1-25 12:59
orca的路径都写对了吗？检查一下

orca是可以单独正常运行的，路径没有错

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-1-26 19:37

sobereva 发表于 2024-1-26 03:08
自动用合适的辅助基组

谢谢社长，试过了，但是没有正常结束，而且生成的mol.out， stdout.out很小，不知道哪里出问题了

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-27 04:01

Oliviaw 发表于 2024-1-26 19:37
谢谢社长，试过了，但是没有正常结束，而且生成的mol.out， stdout.out很小，不知道哪里出问题了

这种描述没有丝毫意义
哪能不看文件内容光说文件大小的，难道得让别人猜文件内容？

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-1-27 20:54
本帖最后由 Oliviaw 于 2024-2-29 10:06 编辑

不好意思，之前一直上传不成功，麻烦请看附件。
其中显示：[1706085224.477017] [h025:138619:0] mpool.c:55 UCX WARN object 0x2e8afc0 {{cpml|cb|snd_tag|rk_use} send length 237568 ucp_proto_progress_tag_rndv_rts() comp:mca_pml_ucx_send_completion()host memory} was not returned to mpool ucp_requests
但是最后有显示能量。不知道是哪里不对？

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-1-27 23:28

sobereva 发表于 2024-1-27 04:01
这种描述没有丝毫意义
哪能不看文件内容光说文件大小的，难道得让别人猜文件内容？

社长，我在同个帖子的上一层回复里添加了附件，可以麻烦看一下吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-28 02:50

Oliviaw 发表于 2024-1-27 23:28
社长，我在同个帖子的上一层回复里添加了附件，可以麻烦看一下吗？

可能MPI并行不正常。串行计算再试，或者先跑个其它小任务测试以确保当前运行环境下ORCA能正常并行

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-1-29 13:16

sobereva 发表于 2024-1-28 02:50
可能MPI并行不正常。串行计算再试，或者先跑个其它小任务测试以确保当前运行环境下ORCA能正常并行

单独的ORCA是可以正常运行的。
ORCA和gaussian 16联用的时候用的20个核，我这一个CPU有20个核，一个节点2个CPU。
如果我把任务设定20个核，而且任务在运行的时候在一个节点下面，计算机是会用一个CPU的20核，还是一个节点下，2个CUP都参与运算呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-30 03:47

Oliviaw 发表于 2024-1-29 13:16
单独的ORCA是可以正常运行的。
ORCA和gaussian 16联用的时候用的20个核，我这一个CPU有20个核，一个节点 ...

说清楚对什么设置的核数
如果节点内CPU总物理核心数是40，Gaussian任务应当设单核，调用ORCA做计算用40核

哪些核参与运算，参考下文
通过设置CPU内核绑定降低ORCA同时做多任务的耗时
http://sobereva.com/553（http://bbs.keinsci.com/thread-17751-1-1.html）

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-1-30 14:02

sobereva 发表于 2024-1-30 03:47
说清楚对什么设置的核数
如果节点内CPU总物理核心数是40，Gaussian任务应当设单核，调用ORCA做计算用40 ...

现在按社长说的设置了，但是不知道提交gaussian的任务的.lsf脚本应该设置1核，还是40核，还是41核？

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-1-30 14:47
本帖最后由 Oliviaw 于 2024-2-29 10:06 编辑

1）我设置了gaussian 任务 1 个核，orca任务30个核（只有30几核的空位）。提交高斯任务的.lsf脚本中设置的核数是30核。
2）我设置了gaussian 任务 1 个核，orca任务15个核（只有十几核的空位）。提交高斯任务的.lsf脚本中设置的是16核。

这两种情况生成的mol.out文件有几行显示如下：
06596282.962468] [h026:125009:0] mpool.c:55 UCX WARN object 0x3113400 {{cpml|cb|snd_tag|rk_use} send length 1780736 ucp_proto_progress_tag_rndv_rts() comp:mca_pml_ucx_send_completion()host memory} was not returned to mpool ucp_requests

这个显示的语句跟此贴的16楼的回复的内容一样。

请问社长这该怎么办？

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-1-30 14:48

sobereva 发表于 2024-1-30 03:47
说清楚对什么设置的核数
如果节点内CPU总物理核心数是40，Gaussian任务应当设单核，调用ORCA做计算用40 ...

社长，我在22楼回复您了，麻烦您看一下。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-31 01:45

Oliviaw 发表于 2024-1-30 14:48
社长，我在22楼回复您了，麻烦您看一下。

lsf脚本的事我不清楚，没法回答
我只能回答在本机上常规方式提交任务的情况的问题

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-1-31 20:27
您好，在Xshell上提交任务的时候，您说的常规方法会指定节点，指定核数吗？
如果要指定，那就确定提交任务的核数是gaussian任务.gjf文件里面的1核，还是orca和高斯联用的orca.sh里面的40核，还是1核+40核。

以下是我用到提交任务的脚本，能麻烦社长看下是哪里有问题吗？

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-1-31 20:28

sobereva 发表于 2024-1-31 01:45
lsf脚本的事我不清楚，没法回答
我只能回答在本机上常规方式提交任务的情况的问题

社长，我在25楼回复您了，麻烦方便的时候看一下。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-1 02:57

Oliviaw 发表于 2024-1-31 20:27
您好，在Xshell上提交任务的时候，您说的常规方法会指定节点，指定核数吗？
如果要指定，那就确定提交任务 ...

我说的常规运行是指直接在本机用诸如g16 < test.gjf |tee test.out方式的情况，不牵扯任何lsf之类的东西

作者
Author: sailing0512 时间: 2024-9-6 16:54

Oliviaw 发表于 2024-1-25 11:22
我后来没有写加速项，重新装了openmpi 4.1.1，但是跑了半天，但是.out文件都只有73K。
.err文件显示：mc ...

您好我想问一下您这个问题解决了吗，我安装了orca6.0.0和open4.1.6，进行水分子测试orca是否能正常工作时，.err文件一直显示这句话，不知道这个对最终的计算结果是否有影响

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-9-20 20:00

sailing0512 发表于 2024-9-6 16:54
您好我想问一下您这个问题解决了吗，我安装了orca6.0.0和open4.1.6，进行水分子测试orca是否能正常工作时 ...

如果你只是问orca单独运行的问题，只要openmpi版本是orca官方要求的版本，应该就没有问题。如果版本没有问题，那就尝试用脚本提交任务。如果是在终端提交任务，关闭窗口任务就会停止，没法后台运行。我不知道你是什么问题。一般orca单独运行就这两个问题。

作者
Author: sailing0512 时间: 2024-9-23 22:51

Oliviaw 发表于 2024-9-20 20:00
如果你只是问orca单独运行的问题，只要openmpi版本是orca官方要求的版本，应该就没有问题。如果版本没有 ...

好的好的，十分感谢，我是用学校的超算平台，通过sbatch提交任务，提交任务后会生成.err和.log文件，不过每次提交完任务运算完成后，orca生成的.out文件说是正常运算完成，但是超算平台上生成的.err文件中这句话"[c02n06:736224] mca_base_component_repository_open: unable to open mca_btl_openib: libosmcomp.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory (ignored)"一直在重复，不知道会不会影响计算结果。

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-9-24 20:40

sailing0512 发表于 2024-9-23 22:51
好的好的，十分感谢，我是用学校的超算平台，通过sbatch提交任务，提交任务后会生成.err和.log文件，不过 ...

.err有报错没有关系，只要.out是normal termination

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)