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标题: 求助cp2k AIMD模拟快要跑完的时候任务崩溃停止的问题 [打印本页]

作者
Author: fuzanhui 时间: 2024-1-24 14:58
标题: 求助cp2k AIMD模拟快要跑完的时候任务崩溃停止的问题
= BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES
= RANK 0 PID 523348 RUNNING AT cn12
= KILLED BY SIGNAL: 9 (Killed)
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我在使用cp2k做分子动力学模拟时，设置跑10000步，每次都是在快要跑完的时候（8000-9000步时）任务崩溃停止，请问各位老师，这是哪里出了问题，.inp及.restart文件如附件，不胜感激！
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作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-25 04:48
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “cp2k AIMD模拟时报错解决方法” 改了，以后务必注意！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-25 04:50
检查当前轨迹最后几帧，如果结构上看不出什么奇怪的问题，用restart文件续跑，如果又能正常跑下去，大概率是CP2K程序编译、MPI或者硬件层面的问题，不是输入文件的事。得反复尝试找原因。

作者
Author: fuzanhui 时间: 2024-1-25 10:06

sobereva 发表于 2024-1-25 04:50
检查当前轨迹最后几帧，如果结构上看不出什么奇怪的问题，用restart文件续跑，如果又能正常跑下去，大概率 ...

谢谢卢老师，看轨迹文件就是后面好多原子都跑出盒子外面了，不知道这是不是正常的？
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初始结构如附件：
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.err文件报错如下：
slurmstepd: error: Detected 1 oom-kill event(s) in StepId=3279.0. Some of your processes may have been killed by the cgroup out-of-memory handler.
srun: error: cn12: task 0: Out Of Memory

这个文件还没有续跑，要排队。但之前出现同样问题的时候我提交续跑任务失败。同样是报上面的错误。

补充了初始结构文件，能否麻烦老师帮忙看看，不胜感激。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-26 03:07

fuzanhui 发表于 2024-1-25 10:06
谢谢卢老师，看轨迹文件就是后面好多原子都跑出盒子外面了，不知道这是不是正常的？

CP2K记录轨迹默认不考虑周期性，没必然的异常

作者
Author: fuzanhui 时间: 2024-1-26 10:27

sobereva 发表于 2024-1-26 03:07
CP2K记录轨迹默认不考虑周期性，没必然的异常

好的，谢谢卢老师解惑，我换一个版本试试

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