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标题: 求助，蛋白小分子模拟体系报LINCS错误尝试过低温退火还是报错发帖求教。 [打印本页]

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Author: fengxie 时间: 2024-1-24 15:09
标题: 求助，蛋白小分子模拟体系报LINCS错误尝试过低温退火还是报错发帖求教。
本人做的是蛋白质和小分子模拟，其中有两个配体，一个是我的底物ppt，还有底物是FAD，在模拟的时候，到MD这一步，FAD的一个羟基一直报LINCS错误，
以下是我的npt.mdp文件，因为用的缓慢升温，所以能量最小化之后，直接用了npt，npt进行完，一到md部分，就会报LINCS错误，提示是FAD（gro文件中标记为MOL）的一个羟基错误。然后体系就崩溃了。一开始正常模拟，报错，查论坛用退火还是报错，所以想请教各位前辈，有没有什么合适的解决办法，其他脚本和topol文件都在压缩包里面。

title    = OPLS Lysozyme NPT equilibration
define    = -DPOSRES  ; position restrain the protein
; Run parameters
integrator  = md       ; leap-frog integrator
nsteps    = 50000    ; 2 * 50000 = 100 ps
dt       = 0.002    ; 2 fs
; Output control
nstxout    = 500    ; save coordinates every 1.0 ps
nstvout    = 500    ; save velocities every 1.0 ps
nstenergy = 500    ; save energies every 1.0 ps
nstlog    = 500    ; update log file every 1.0 ps
energygrps  = protein UNK
; Bond parameters
continuation          = no    ; Restarting after NVT
constraint_algorithm = lincs    ; holonomic constraints
constraints          = h-bonds ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
lincs_iter             = 1       ; accuracy of LINCS
lincs_order          = 4       ; also related to accuracy
; Neighborsearching
cutoff-scheme = Verlet
ns_type       = grid    ; search neighboring grid cells
nstlist       = 10       ; 20 fs, largely irrelevant with Verlet scheme
rcoulomb       = 1.0    ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw          = 1.0    ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
; Electrostatics
coulombtype    = PME    ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
pme_order    = 4       ; cubic interpolation
fourierspacing  = 0.16    ; grid spacing for FFT
; Temperature coupling is on
tcoupl    = V-rescale          ; modified Berendsen thermostat
tc-grps    = Protein Non-Protein ; two coupling groups - more accurate
tau_t    = 0.2    0.2          ; time constant, in ps
ref_t    = 318    318          ; reference temperature, one for each group, in K
; Pressure coupling is on
pcoupl             = berendsen          ; Pressure coupling on in NPT
pcoupltype       = isotropic          ; uniform scaling of box vectors
tau_p             = 2.0                ; time constant, in ps
ref_p             = 1.0                ; reference pressure, in bar
compressibility    = 4.5e-5             ; isothermal compressibility of water, bar^-1
refcoord_scaling = com
;Simulated annealing
annealing             = single single
annealing-npoints    = 6 6
annealing-time       = 0 20000 40000 60000 80000 100000 0 20000 40000 60000 80000 100000
annealing-temp       = 0 18 118 218 293 318 0 18 118 218 293 318
; Periodic boundary conditions
pbc    = xyz    ; 3-D PBC
; Dispersion correction
DispCorr = EnerPres  ; account for cut-off vdW scheme
; Velocity generation
gen_vel    = yes    ; assign velocities from Maxwell distribution
gen_temp = 0    ; temperature for Maxwell distribution
gen_seed = -1       ; generate a random seed

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-25 04:52
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

作者
Author: tsgyls 时间: 2024-1-25 11:42
最简单的就是把你npt.mdp的设置逐个改成md.mdp里的，看看改动到哪一部分的时候出了问题，再找解决方案

作者
Author: fengxie 时间: 2024-1-27 21:08

sobereva 发表于 2024-1-25 04:52
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

感谢sob老师的回复，已经解决了，把报错的配体拿出来，单独跑了一遍，还是报错，初步判断是配体结构问题。后续重新画了结构单独跑就nvt，npt能继续，但是到md还是报错，后来尝试sob老师在某个帖子下的回答，改了md脚本，1fs，跑100ps先松弛结构，再跑之后就没问题了

作者
Author: fengxie 时间: 2024-1-27 21:09

tsgyls 发表于 2024-1-25 11:42
最简单的就是把你npt.mdp的设置逐个改成md.mdp里的，看看改动到哪一部分的时候出了问题，再找解决方案

感谢大哥回复，已经解决问题了

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Author: liu19950830 时间: 2024-3-7 14:34
我看mdp文件有个疑问，模拟的总时长是100ps，设置的annealing-time 的单位不是ps嘛，我看annealing-temp 对应的温度上升的时长超过了模拟的时长。这是不是有问题啊？还是我理解错了

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