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标题: 用pull拉动分子，分子乱跑 [打印本页]

作者
Author: lzj-ustb 时间: 2024-1-24 21:17
标题: 用pull拉动分子，分子乱跑
高15nm的盒子，中间7nm厚的溶液，想设置让几个CO2气体分子从底下向上穿过溶液层
CO2的初始高度是3.5nm，在xy平面对称分布，离溶液的质心为3.5nm
模仿前辈的pull的设置如下
pull                   = yes
pull_ngroups          = 2
pull_ncoords          = 1
pull_group1_name       = sol
pull_group2_name       = CO2
pull_coord1_type       = umbrella ; harmonic biasing force
pull_coord1_geometry = distance    ; simple distance increase
pull_coord1_groups    = 1 2
pull_coord1_dim       = N N Y
pull_coord1_rate       = -0.001       ; 0.01 nm per ps = 10 nm per ns
pull_coord1_k          = 100       ; kJ mol^-1 nm^-2
pull_coord1_init = 4
; pull_start             = yes          ; define initial COM distance > 0
freezegrps  = sol
freezedim = Y Y N
constraints = hbonds

我看了老师的这篇http://sobereva.com/40，还有其他文章。感觉对Pull设置的理解非常不到位，有几个问题。
1.pull_coord1_groups    = 1 2，这个参数，1 2 的顺序是代表1是参考组，2是Pull组吗
2.当pull_coord1_init  = 5时，会报错，Distance between pull groups 1 and 2 (7.351757 nm) is larger than 0.49 times the box size (7.350000). 但是group1和2的距离只有3.5nm啊。这个参数代表弹簧点的位置，和group之间的距离有什么关系呢；还是说弹簧点的位置只能在两组质心之间？
3.当pull_coord1_init  = 4时，有几个分子在溶液界面进不去，有一个在底部往盒子z负方向走，到了盒子另一头顶部又往z正走，在盒子两端反复。几个分子在xy平面对称分布，导致一个co2乱窜吗？需要每个co2单独设置吗
4. 当pull_coord1_init  = 3时，CO2分子停留在界面附近，进不去溶液。增加pull_coord1_k ，也只是把pull组更快拉到这个位置。增加盒子的高度能解决这个问题吗？
5.弹簧点的位置相对参考组是固定的吗？
6.pull_coord1_rate       = 0.001  ，这个数据正负是：正对应从Pull到参考组，负对应参考到pull组吗
7.也想问一下，在xy方向上冻结sol，有什么作用，可以不用吗

问题比较多，不好意思，谢谢老师解答

作者
Author: jingjinghou 时间: 2025-11-18 21:11
请问后来解决了么？

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