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标题: 请问MS可以计算磷脂双分子层与小分子之间的结合能吗 [打印本页]

作者
Author: wanwan5339 时间: 2024-1-25 20:04
标题: 请问MS可以计算磷脂双分子层与小分子之间的结合能吗
本帖最后由 wanwan5339 于 2024-1-25 20:07 编辑

求助各位，一般都是使用gromacs进行模拟磷脂双分子层，没有看到文献用Materials Studio模拟磷脂双分子层？是否有相关文献用Materials Studio计算磷脂双分子层与小分子之间的结合能呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-26 02:26
没有任何理由用M$干这个，速度又巨慢，也不专门支持模拟磷脂膜的力场，价格还巨贵，还非常不灵活，因此找不到相关文献是理所应当的

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2024-1-26 09:20
你说用DS我都可以理解，MS跟这玩意实属关系不大

作者
Author: wanwan5339 时间: 2024-1-26 11:10

sobereva 发表于 2024-1-26 02:26
没有任何理由用M$干这个，速度又巨慢，也不专门支持模拟磷脂膜的力场，价格还巨贵，还非常不灵活，因此找不 ...

感谢sob老师解答

作者
Author: wanwan5339 时间: 2024-1-26 11:11

喵星大佬发表于 2024-1-26 09:20
你说用DS我都可以理解，MS跟这玩意实属关系不大

好的，谢谢，是不是用gromacs是最好的选择呢

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2024-1-26 12:00
本帖最后由喵星大佬于 2024-1-26 12:02 编辑

wanwan5339 发表于 2024-1-26 11:11
好的，谢谢，是不是用gromacs是最好的选择呢

看你力场和采样方式
如果要用可极化力场(AMOEBA)，那gmx就做不了，得OpenMM，如果普通力场(Amber-Lipid-GAFF/Charmm-CGenFF)做，gmx就可以
采样方式的话如果跑无偏采样或者用US去采样，可以用gmx，但是对于小分子溶解在膜里这种问题，不太合适，用aMD/GaMD比较合适，这两种在Amber/NAMD里支持
所以用Amber/NAMD会比较好
当然如果用炼金术的方法gmx也是可以的

作者
Author: wanwan5339 时间: 2024-1-26 14:45

喵星大佬发表于 2024-1-26 12:00
看你力场和采样方式
如果要用可极化力场(AMOEBA)，那gmx就做不了，得OpenMM，如果普通力场(Amber-Lipid- ...

好的，感谢解答

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