文献是对一个pentacene的3*2*2超晶胞进行了MD模拟（然后利用结果计算转移积分），模拟时“the volume (and crystal cell parameters) was kept fixed''
我现在用tinker对anthracene进行MD，有以下几个问题：
1.什么时候需要限制氢原子的键长？看到他的一部分模拟DNA分子的文献里有”Hydrogen atoms were constrained at their ideal bond distance“，对rubrenen和pentacene模拟的文献里没有类似的话，是不需要吗？
2.volume大小和crystal cell parameters如何确定呢？先尝试了用超晶胞的尺寸（a/b/c/alpha/beta/gama）作为周期性边界条件，当加入rattle限制氢原子时提示不满足限制条件，去掉rattle就会一直卡在”Molecular Dynamics Trajectory via Modified Beeman Algorithm“并没有进行计算……然后尝试扩大盒子，晶体分子就会跑散……所以应该怎么确定盒子的大小以及如何固定晶体参数呢？看到网上有说可以用NPT确定，具体应该怎么确定呢？因为试了一下NPT，感觉盒子尺寸也没有太大变化……