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标题: 求助：MfakeG处理后得到的结果有多个虚频 [打印本页]

作者
Author: noahark 时间: 2024-1-26 12:28
标题: 求助：MfakeG处理后得到的结果有多个虚频
本帖最后由 noahark 于 2024-1-28 12:47 编辑

各位老师好，为了对比孤立分子体系在溶剂和固体表面的反应，我采用CP2K进行了孤立分子体系的计算。步骤是：
1、优化过渡态，2、计算频率，3、采用MfakeG转化mol文件为out文件，在GV中观察振动。
过渡态振动方向，和用Gaussian优化出来的差不多一样。然而在看频率的时候，发现用CP2K找到的这个过渡态有多个虚频（如下图）。
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我有3个问题：
1、请问是否是因为格式转化带来的多个虚频？
2、CP2K和Gaussian结果的这种不一致，是不是正常的？
3、如果这种多虚频的结果不能接受，在仍然采用CP2K的情况下，采用什么办法解决这个问题？
谢谢！

下图是补充的Gaussian优化和频率计算的结果
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作者
Author: Sui1999 时间: 2024-1-26 12:40
1.几乎不可能，可以检查一下输出文件中的频率和转换之后的频率是否一致。
2.没懂不一致是什么意思
3.看后面的虚频振动的原子和第一个虚频振动的原子是不是一样的，如果都不一样的话可以用Chemcraft软件消掉或者也有其他的方法，如果有重复的话就比较难，可以用限制性几何优化试一下。

作者
Author: noahark 时间: 2024-1-26 14:42

Sui1999 发表于 2024-1-26 12:40
1.几乎不可能，可以检查一下输出文件中的频率和转换之后的频率是否一致。
2.没懂不一致是什么意思
3.看后 ...

谢谢老师，关于第2点，我的意思是Gaussian优化出来的过渡态，只有一个虚频（我在原贴中补充了第二个图中所示）。
实际上，我是将Gaussian优化的结果保存为CP2K输入文件，进行计算的。得到的虚频就多了许多。

作者
Author: Sui1999 时间: 2024-1-26 15:43

noahark 发表于 2024-1-26 14:42
谢谢老师，关于第2点，我的意思是Gaussian优化出来的过渡态，只有一个虚频（我在原贴中补充了第二个图中 ...

我是学生
我高斯优化好的，再用orca算频率，也会多出虚频，然后再把不要的虚频消掉
有时候是会这样的

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-26 22:34
通常来说，什么程序做优化，就必须什么程序在相同级别做振动分析，否则需要用做振动分析的那个程序重新做优化。否则优化和振动分析的势能面不严格对应，显然极大概率会出现虚频，相当于优化和振动分析不是严格相同的级别

“将Gaussian优化的结果保存为CP2K输入文件”，如果你之后就直接拿CP2K去做了振动分析，那显然是离谱的操作，根本毫无意义

作者
Author: noahark 时间: 2024-1-28 12:45

sobereva 发表于 2024-1-26 22:34
通常来说，什么程序做优化，就必须什么程序在相同级别做振动分析，否则需要用做振动分析的那个程序重新做优 ...

谢谢社长。
我是先用Gaussian做的优化，然后以该结果作为输入重新用cp2k做的优化，然后再用cp2k做的频率分析，就出现了多个虚频的情况（Gaussian只有一个虚频）。我在原贴中补充了cp2k过渡态优化以及频率计算的输入inp文件。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-29 04:29

noahark 发表于 2024-1-28 12:45
谢谢社长。
我是先用Gaussian做的优化，然后以该结果作为输入重新用cp2k做的优化，然后再用cp2k做的频率 ...

照着以下北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）的ppt逐条检查/测试

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作者
Author: noahark 时间: 2024-1-29 08:37

sobereva 发表于 2024-1-29 04:29
照着以下北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）的ppt ...

好的，谢谢社长，我再去对照讲义方法尝试

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