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标题: 求助：gromacs执行能量最小化命令报错如下怎么解决呢 [打印本页]

作者
Author: @LWS 时间: 2024-1-26 20:32
标题: 求助：gromacs执行能量最小化命令报错如下怎么解决呢
ben.top和mix.gro文件已上传
报错如下图

十分感谢大家

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-27 00:30
明显gro文件里的分子数和top里的[molecules]中的不对应

作者
Author: @LWS 时间: 2024-1-27 09:30
好的，谢谢老师。那应该如何修改ben.top 里的分子数目呢

作者
Author: GREEN-HAND 时间: 2024-1-27 10:09
你这个体系里面不只有苯吧，好像还有甲烷，你要在top里添加上甲烷和苯的数量

作者
Author: @LWS 时间: 2024-1-27 10:17
对，是苯和甲烷的体系。老师，那就是在ben.top里加上苯和甲烷总共的数目吗

作者
Author: GREEN-HAND 时间: 2024-1-27 10:33
你这个只是苯的top文件，你还要先生成一个甲烷的itp文件然后放进去，然后在[ molecules ]字段下分别写上你的分子名和数量

作者
Author: @LWS 时间: 2024-1-27 15:05

GREEN-HAND 发表于 2024-1-27 10:33
你这个只是苯的top文件，你还要先生成一个甲烷的itp文件然后放进去，然后在[ molecules ]字段下分别写上你 ...

好的谢谢

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