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标题: 判断小分子二元组分的相分离情况的方法有哪些？ [打印本页]

作者
Author: niumx 时间: 2024-1-27 10:03
标题: 判断小分子二元组分的相分离情况的方法有哪些？
新手小白，希望能够用分子动力学模拟的方法来证明二元小分子体系（例如：酰胺小分子和水）的相分离情况（已有实验数据），即证明在某个温度下是均相体系，在某个温度下是两相。在查找文献中，发现在二元聚合物共混体系中证明相分离可以使用计算结构因子的方法，请问可以将计算体系结构因子的方法应用于上述小分子体系吗？如果可以的话，请教各位大神指导如何操作？如果不可以的话，烦请大家指点其他可以分析二元小分子体系相分离的模拟方法。在此感谢各位朋友的真诚回复。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-28 03:06
对其中一类分子计算SASA，或者写VMD tcl脚本计算此类分子附近另一类分子的平均数目之类来体现，并且同时给出体系截图，足够说明白了。

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的相关ppt：（诸如这种体系还可以用gmx density给出水的密度垂直于两相界面的分布曲线来体现相分离）

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作者
Author: niumx 时间: 2024-1-28 13:11
谢谢老师的回复！我有一个问题，ppt中给的方法是VMD的截图和SASA随着时间的变化，可是我目前手里只有一个浓度下三个温度的模拟作业，其中两个高温（实验上是两相），一个低温（实验上是一相），这三个温度均距离实验分相温度较远，即不是在实验分相温度下的模拟，而且从VMD图中并没有观察到如您ppt中的两相界面(模拟盒立方盒子的边长大约7.9nm)，但是可以在高温下（即分相的温度下）观察到盒子里水和酰胺小分子的不均匀分布，在低温下（即不分相的温度下）观察到盒子里水和酰胺小分子较均匀分布。基于上述我目前的模拟状态，我不太明白我该如何利用你您上述的建议来解决我的问题；同时，我在想，是否有其他方法来利用现有的作业证明两个高温就是分相，低温就是一相，比如说分析一下密度之类的？还请老师指点迷津。如果老师您有相关文献，还请老师分享与我，在此感激不尽。

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