计算化学公社

标题: [已解决]求助，gromacs进行grompp计算，出现"Atomtype hc not found"报错 [打印本页]

作者
Author: Tanghaoru 时间: 2024-1-27 16:17
标题: [已解决]求助，gromacs进行grompp计算，出现"Atomtype hc not found"报错
本帖最后由 Tanghaoru 于 2024-1-29 16:53 编辑

各位老师好！初学gromacs使用grompp，将文件整合为tpr文件。gromacs报错MIBK.itp文件中的第十六行“Atomtype hc not found”。请问这种情况该如何解决，具体如何操作可以解决。十分感谢！MIBK.itp文件是使用sob老师的Sobtop程序并参考sob老师的方法“http://sobereva.com/635”得到的。

作者
Author: Tanghaoru 时间: 2024-1-27 16:26
此外，给盒子的力场为oplsaa力场

作者
Author: UTM 时间: 2024-1-27 22:01
拓扑文件里没有“hc”这种氢原子的定义，建议检查一下itp文件。

作者
Author: Tanghaoru 时间: 2024-1-27 22:22

UTM 发表于 2024-1-27 22:01
拓扑文件里没有“hc”这种氢原子的定义，建议检查一下itp文件。

好的谢谢！已排查出问题，将EC.itp和MIBK.itp中的“[ atomtypes ].......”剪切至top文件中，再把重复定义的原子删去，就没报错了

作者
Author: UTM 时间: 2024-1-27 22:53

Tanghaoru 发表于 2024-1-27 22:22
好的谢谢！已排查出问题，将EC.itp和MIBK.itp中的“[ atomtypes ].......”剪切至top文件中，再把重复定 ...

不客气

作者
Author: 牧生 时间: 2024-1-28 06:51
opls和gaff不兼容的。你应该统一用gaff+amber力场。

作者
Author: Tanghaoru 时间: 2024-1-28 11:47

牧生发表于 2024-1-28 06:51
opls和gaff不兼容的。你应该统一用gaff+amber力场。

好的十分感谢提醒！

作者
Author: jwmera 时间: 2024-4-22 16:52

Tanghaoru 发表于 2024-1-27 22:22
好的谢谢！已排查出问题，将EC.itp和MIBK.itp中的“[ atomtypes ].......”剪切至top文件中，再把重复定 ...

我也按照这个方法做的，但是还是报错，Atomtype 1 not found，和你用的一样的力场，不知道咋回事

作者
Author: Liota 时间: 2024-5-14 22:18

jwmera 发表于 2024-4-22 16:52
我也按照这个方法做的，但是还是报错，Atomtype 1 not found，和你用的一样的力场，不知道咋回事

你的atom type中没有这个原子，自己添加进去参数，或者把这个原子改名字，如果是普通氢的话

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)