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标题: 关于clustsize命令对质心进行聚类的求助 [打印本页]

作者
Author: mol 时间: 2024-1-27 17:16
标题: 关于clustsize命令对质心进行聚类的求助
各位老师好，小弟最近打算用clustsize命令进行聚类分析，但是这个命令只能对整个分子，或者部分原子进行聚类分析，因为分子构型比较特殊，如果用整个分子聚类效果不好，我个人想让他对分子的质心进行分析，各位老师是否有好的办法，是否可以人为构造一个只有质心坐标的xtc文件，小弟拜谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-28 02:58
如果你是想根据质心距离来判断哪些分子被归到同一个簇里，gmx clustsize做不到，顶多是取接近质心的原子做簇分析

作者
Author: mol 时间: 2024-1-30 21:04

sobereva 发表于 2024-1-28 02:58
如果你是想根据质心距离来判断哪些分子被归到同一个簇里，gmx clustsize做不到，顶多是取接近质心的原子做 ...

谢谢sob老师，最后是选取了质心附近的一批原子，到处他们的xtc文件，并伪造了一个tpr文件，近似达到目的了。

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