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标题: 求助：如何理解Charmm力场中金属离子的势能参数？ [打印本页]

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Author: dayu8278 时间: 2024-1-27 22:28
标题: 求助：如何理解Charmm力场中金属离子的势能参数？
本帖最后由 dayu8278 于 2024-1-27 22:36 编辑

各位大佬好！

最近在研究蛋白与金属离子之间的相互作用（配位作用）。我通过查询文献得知金属离子与蛋白的配位可以通过LJ方法、非键方法和键方法来体现。拿最简单的LJ方法，我们需要知道金属离子的势能参数。

Charmm36在最新的版本（版本号：charmm36-jul2022.ff）中给出了74种金属离子的LJ势能参数，甚至包含了许多3价的稀土离子，这些参数在charmm-gui种也是支持的，也是被定义为离子的。

那我们利用这些参数来模拟2+甚至是3+的金属离子与蛋白的互作得到的究竟是什么呢？。这个问题困扰了我很久，希望得到大家的解答，谢谢！

我曾经用gromacs模拟了10种2+和3+的金属离子与蛋白互作的全原子MD，我发现同一种蛋白在不同离子的影响下，无论是rmsd还是蛋白附近离子rdf都是有区别的。我以前是做粗粒化的，一般来说离子的价态、尺寸的不同会对体系性质造成影响，那是不是全原子也可以这样理解？

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