计算化学公社

标题: [已解决]求助，Gromacs报错，提示在.mdp文件中的Group，在输入文件中匹配不到 [打印本页]

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Author: Tanghaoru 时间: 2024-1-27 23:28
标题: [已解决]求助，Gromacs报错，提示在.mdp文件中的Group，在输入文件中匹配不到
本帖最后由 Tanghaoru 于 2024-1-29 16:52 编辑

各位老师好！在进行NVT计算前的，整合tpr文件步骤时。Gromacs报错 “Group EC referenced in the .mdp file was not found in the index file. Group names must match either [moleculetype] names or custom index group names, in which case you must supply an index file to the '-n' option of grompp.” 我的EC.itp和MIBK.itp文件里的“[ moleculetype ]”的名字，分别就是EC和MIBK。在nvt.mdp中的相应的关键词就是“tc-grps = EC MIBK”。请问如何修改，十分感谢！
Gromacs的操作指令 gmx grompp -f nvt.mdp -c emECMIBK.gro -r emECMIBK.gro -p ECMIBK.top -o nvtECMIBK.tpr -maxwarn 1

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Author: sobereva 时间: 2024-1-28 03:11
把EC.itp里[atoms]里的残基名改成EC，否则默认的组里没有叫EC的，此时mdp里用EC的组名时就必须提供含有EC组定义的索引文件。MBIK.itp也这么改

另外，这种普通有机体系不要让sobtop基于Hessian矩阵计算力常数，应当直接让sobtop指认GAFF力场参数，http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ11说得非常明确

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Author: Tanghaoru 时间: 2024-1-28 09:49

sobereva 发表于 2024-1-28 03:11
把EC.itp里[atoms]里的残基名改成EC，否则默认的组里没有叫EC的，此时mdp里用EC的组名时就必须提供含有EC组 ...

好的感谢sob老师！

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Author: Tanghaoru 时间: 2024-1-28 11:44
问题解决了，把EC.itp和MIBK.itp里的信息，全部从[atomtypes]剪切放在top文件中。再把相应的[atoms]里resname（我这个初始为MOL）改为自己想表达的缩写。再把mdp文件中相应的tc-grps，改为top文件中[atoms]里resname（初始为MOL）的缩写。参考卢老师在http://bbs.keinsci.com/thread-14401-1-1.html的解惑。

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Author: MYSY08 时间: 2024-4-17 16:16

Tanghaoru 发表于 2024-1-28 11:44
问题解决了，把EC.itp和MIBK.itp里的信息，全部从[atomtypes]剪切放在top文件中。再把相应的[atoms]里resna ...

你好，我在进行NVT平衡准备时gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -p topol.top -o nvt.tpr -r em.gro -n index.ndx 也遇见了
Fatal error:
Group MOL referenced in the .mdp file was not found in the index file.Group names must match either [moleculetype] names or custom index group names, in which case you must supply an index file to the '-n' option of grompp.的问题，但我只有一个posre.itp文件，请问你知道怎模办吗？谢谢

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Author: MYSY08 时间: 2024-4-17 16:50

MYSY08 发表于 2024-4-17 16:16
你好，我在进行NVT平衡准备时gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -p topol.top -o nvt.tpr -r em.gro -n in ...

问题解决了，在.top里的配体原子的名字要与.mdp里的tc-grps= 一至我这次里文件的是UNK，默认的是MOL

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Author: jiangyan 时间: 2024-5-24 20:58

Tanghaoru 发表于 2024-1-28 11:44
问题解决了，把EC.itp和MIBK.itp里的信息，全部从[atomtypes]剪切放在top文件中。再把相应的[atoms]里resna ...

你好，请问改tc-grps的自己定义的缩写，如果有两个itp文件应该把哪个的残基名改到tc-grps里面呢

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Author: Tanghaoru 时间: 2024-6-1 23:15

jiangyan 发表于 2024-5-24 20:58
你好，请问改tc-grps的自己定义的缩写，如果有两个itp文件应该把哪个的残基名改到tc-grps里面呢

分别命名就行，都放在tc-grps

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