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标题: 求助linux系统下跑量子化学和动力学资源设置 [打印本页]

作者
Author: Tracy民工 时间: 2024-1-28 15:02
标题: 求助linux系统下跑量子化学和动力学资源设置
我的机器是48核，我在普通用户下用48核跑Gaussian，又在root用户下用Gromacs跑了一个简单的分子动力学，有一点疑问，我以为核都占满后就不能再计算分子动力学了，但是也计算完成了。不太理解Gaussian和Gromacs怎么分配的计算资源，也想请教下两种类型的计算任务都要运行时比较好的的设置方法。

作者
Author: Strange 时间: 2024-1-28 15:08
这种情况下就是互相抢吧，估计效率会有所下降

作者
Author: Tracy民工 时间: 2024-1-28 15:23

Strange 发表于 2024-1-28 15:08
这种情况下就是互相抢吧，估计效率会有所下降

哦哦，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-29 04:59
Linux里的进程的nice值决定了CPU资源分配的优先级，相关知识google便知
如果想让两个任务影响尽可能小、避免抢夺CPU资源，最好把两个任务绑在CPU不同物理核心上。Gaussian用%cpu，见下文
正确认识超线程(HT)技术对计算化学运算的影响
http://sobereva.com/392

GROMACS用mdrun结合-pin on和-pinoffset，参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：
(, 下载次数 Times of downloads: 14)

作者
Author: Tracy民工 时间: 2024-1-29 08:15

sobereva 发表于 2024-1-29 04:59
Linux里的进程的nice值决定了CPU资源分配的优先级，相关知识google便知
如果想让两个任务影响尽可能小、避 ...

我再复习下ppt，谢谢sob老师

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