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标题: 求助：退火后怎么样将继续优化蛋白质结构 [打印本页]

作者
Author: sunniy 时间: 2024-1-28 16:06
标题: 求助：退火后怎么样将继续优化蛋白质结构
想请教一下各位老师，我做MD模拟的目的是为了优化蛋白质结构。之前是直接跑完100ns的MD后选择能量最低的一帧输出（体系达到平衡），但是在进行模型检验的时候，模型的VERIFY 3D值没有达到要求，只有49%（要求是＞80%）。
后续参考sob老师的回复做了一下蛋白质退火（先升温到100℃再降温到0℃），参考下面帖子。本次MD模型运行了100ns，输出能量最低的一帧输出（体系达到平衡）。模型的VERIFY 3D值上升到了60%。

http://bbs.keinsci.com/thread-23301-1-1.html

后续是需要再怎么样进行结构优化吗？目前尝试了使用modeller进行loop环优化，但是VERIFY 3D值仍然未达标。想请教一下各位老师有什么建议吗？
[attach]83733[/attach]
骨架RMSD图
[attach]83735[/attach]
体系能量图
附件是我退火的npt文件

作者
Author: sunniy 时间: 2024-1-28 16:08
图片没上传成功，补充上传

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