计算化学公社

标题: 添加离子时，出现水分子无法识别的情况 [打印本页]

作者
Author: RovoL 时间: 2024-1-29 19:59
标题: 添加离子时，出现水分子无法识别的情况
在盒子中加入环糊精，乙醇和水，运行到”添加离子“时，出现了”No such moleculetype SOL“的错误，请问为什么会出现这种错误，应该如何改正？
以下是我输入的代码：
gmx editconf -f hp001.gro -o hp001_newbox.gro -c -box 6.5 6.5 6.5
gmx insert-molecules -f hp001_newbox.gro -ci ethanol.gro -o hp001_ethanol.gro -nmol 140
gmx solvate -cp hp001_ethanol.gro -cs spc216.gro -o hp001_solv.gro -p hp001.top
gmx grompp -f ions.mdp -c hp001_solv.gro -p hp001.top -o ions.tpr

作者
Author: RovoL 时间: 2024-1-29 20:03
附上文件

作者
Author: tsgyls 时间: 2024-1-29 20:35
你需要加水分子的itp文件，去gromacs文件夹下找，或者你搜一下怎么做

作者
Author: 丁越 时间: 2024-1-29 21:05

RovoL 发表于 2024-1-29 20:03
附上文件

水模型的itp都没有include，gmx肯定找不到名为SOL的分子

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-30 04:13

RovoL 发表于 2024-1-29 20:03
附上文件

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

作者
Author: RovoL 时间: 2024-1-30 10:04

tsgyls 发表于 2024-1-29 20:35
你需要加水分子的itp文件，去gromacs文件夹下找，或者你搜一下怎么做

我使用的使spc216.gro填充的盒子，没有找到spc216.itp，搜了一下发现使用这个模型好像不需要itp，请问我该怎么解决

作者
Author: RovoL 时间: 2024-1-30 10:05

丁越发表于 2024-1-29 21:05
水模型的itp都没有include，gmx肯定找不到名为SOL的分子

我使用的使spc216.gro填充的盒子，没有找到spc216.itp，搜了一下发现使用这个模型好像不需要include，请问我该怎么解决

作者
Author: RovoL 时间: 2024-1-30 10:05

sobereva 发表于 2024-1-30 04:13
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

对不起，下次会注意的

作者
Author: dayu8278 时间: 2024-1-30 10:20
#include "ethanol.itp"
水的ito呢？

作者
Author: 丁越 时间: 2024-1-30 10:22
本帖最后由丁越于 2024-1-30 10:25 编辑

RovoL 发表于 2024-1-30 10:05
我使用的使spc216.gro填充的盒子，没有找到spc216.itp，搜了一下发现使用这个模型好像不需要include，请 ...

看你用哪个力场，就include gromacs的share/gromacs/top目录下该力场中的水模型。由于share/gromacs/top已经在环境变量的路径中了，所以假如你要用amber力场，只需要写比如“#include “amber99sb-ildn.ff/spce.itp””

作者
Author: RovoL 时间: 2024-1-30 15:21

丁越发表于 2024-1-30 10:22
看你用哪个力场，就include gromacs的share/gromacs/top目录下该力场中的水模型。由于share/gromacs/top ...

谢谢！问题已经解决了感谢感谢

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