计算化学公社

标题: 求助：使用RASPA模拟水分子吸附和文献对不上 [打印本页]

作者
Author: HIll 时间: 2024-1-30 14:47
标题: 求助：使用RASPA模拟水分子吸附和文献对不上
各位社友大家好，最近我准备使用RASPA计算COF材料对水蒸气的吸附，于是参考了一篇文献‘Understanding Water Adsorption and the Impact on CO2 Capture in Chemically Stable Covalent Organic Frameworks（10.1021/acs.jpcc.8b09033）’
我使用TpPa-1和自带的GenericMOFs（也就是Dreiding力场）进行了测试，但是模拟出来的吸附等温线是一条直线，并没有文章中出现的明显的拐点。
我是用的水分子模型也是raspa自带的TraPPE中的水分子，不知道问题出现在哪里，希望各位社友可以指点迷津，不胜感激！

附件是我的模拟的输入输出文件，力场文件我就不放上来了。（力场文件中对hw和ow的电荷貌似是错的，我修改成了-0.82 和0.41了）

作者
Author: HIll 时间: 2024-1-30 14:49
附上文献的结果和我模拟结果草图

作者
Author: HIll 时间: 2024-1-31 17:32
找到问题了，力场不对。gaff力场对COF 水蒸气吸附误差非常大。
还想请教大家另一个问题，raspa用coulomb grid的时候出现Coulomb energy interpolation table is wrong该怎么办呢？

作者
Author: yopoxia 时间: 2024-2-4 16:28
楼主好，按照新的力场，RASPA模拟的准了么。我试了几次raspa的模拟，用的uff，模拟了一些气体吸附，感觉很不准啊

作者
Author: HIll 时间: 2024-2-19 10:51

yopoxia 发表于 2024-2-4 16:28
楼主好，按照新的力场，RASPA模拟的准了么。我试了几次raspa的模拟，用的uff，模拟了一些气体吸附，感觉很 ...

效果会好很多，但是在非常低压的情况下会有一定的吸附量，之后的曲线和文献基本一致。
感觉还是电荷上存在一些误差。
我之后准备做一些气体吸附的测试，欢迎讨论，之后再回复你。

作者
Author: yopoxia 时间: 2024-2-19 21:52

HIll 发表于 2024-2-19 10:51
效果会好很多，但是在非常低压的情况下会有一定的吸附量，之后的曲线和文献基本一致。
感觉还是电荷上存 ...

好的谢谢楼主
好像DREIDING力场会好很多
电荷的话，Qeq DDEC我用的比较多
以后多讨论~

作者
Author: JianLi_2023 时间: 2024-3-26 16:00

HIll 发表于 2024-1-31 17:32
找到问题了，力场不对。gaff力场对COF 水蒸气吸附误差非常大。
还想请教大家另一个问题，raspa用coulomb g ...

Coulomb grid本质上就是算q_i*q_j/r_ij。当你的结构是不动的情况下，可以通过提前计算，来省去实时计算库仑力能量的时间。就是使用cubic spline来做interpolation。
但是这种interpolation不一定准，如果你的盒子是triclinic，并且tilt很大，可能就不准。还有种可能就是你提前算的时候选点选的太稀松，没有足够的点来代表这个结构。这个warning就是RASPA在模拟刚开始的时候，做了个interpolation准确度的测试，然后发现不够准。
David Dubbeldam建议使用0.15 Å一下的间隔，不然就不一定够准。

作者
Author: JianLi_2023 时间: 2024-3-26 16:06
水的等温线一直都是不好算的那种。在298K，对于水来说算是低温，最好要用足够的cycle，不然你的模拟就完全没有平衡。看文献那个等温线，这种z字型线，说明有可能有capillary condensation（一阶相变的一种，气液相变），这种情况下一定要把模拟跑得足够长。

作者
Author: yang_jin 时间: 2025-7-11 17:40
我想复现这篇文章哎（10.1021/acs.jpcc.8b09033），但是对分子模拟一窍不通，大佬可以给点自学的学习资料和学习路径吗？

作者
Author: 方头鱼 时间: 7 day ago
楼主，您好，我在做MOF吸附氢气的模拟，遇到了困难，可以帮忙看一下吗

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