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标题: 请教高手，微扰密度泛函方法(DFPT)计算声子谱，phonopy得不到band.yaml文件，咋办 [打印本页]

作者
Author: wmg166 时间: 2024-1-31 10:58
标题: 请教高手，微扰密度泛函方法(DFPT)计算声子谱，phonopy得不到band.yaml文件，咋办
本帖最后由 wmg166 于 2024-2-1 19:21 编辑

Pt 和 Ti 的化合物，2 2 2 扩胞后这样：
generated by phonopy
1.0
10.1501998901999997 0.0000000000000000 0.0000000000000000
   0.0000000000000000 17.3822002409999996 0.0000000000000000
   0.0000000000000000 0.0000000000000000 20.9001998901999997
Pt Ti
128 96
POSCAR-unitcell如附图1。VASP结合Phonopy计算声子谱，微扰密度泛函方法(DFPT)，计算结束后运行phonopy --fc vasprun.xml得到FORCE_CONSTANTS文件，准备band.conf文件，如附图2，
运行phonopy --dim 2 2 2 -c POSCAR-unitcell band.conf得不到band.yaml文件。出现提示：
"band.conf" was read as phonopy configuration file.
Crystal structure was read from "POSCAR-unitcell".
Unit of length: angstrom
Band structure mode
Settings:
  Force constants symmetrization: on
  Supercell: [2 2 2]
Spacegroup: Pbcm (57)
Use -v option to watch primitive cell, unit cell, and supercell structures.

Force constants are read from "FORCE_CONSTANTS".

Number of atoms in supercell (224) is not consistent with the matrix shape of
force constants (28, 28) read from FORCE_CONSTANTS.
Please carefully check DIM, FORCE_CONSTANTS, and POSCAR-unitcell.

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-2-1 13:09
问题应该在这：

Number of atoms in supercell (224) is not consistent with the matrix shape of
force constants (28, 28) read from FORCE_CONSTANTS.

224原子做出来力常数的矩阵是(28,28)，程序认为维度不匹配，但原因不明，到底是前后两次对称性识别的不一样还是计算流程出现问题暂时不好判断。

作者
Author: wmg166 时间: 2024-2-1 19:18

卡开发发发表于 2024-2-1 13:09
问题应该在这：

224原子做出来力常数的矩阵是(28,28)，程序认为维度不匹配，但原因不明，到底是前后两次 ...

计算过程应该没错，Log文件提示：
Degree of freedom:  18/ 18
   N    E                   dE          d eps    ncg    rms       rms(c)
RMM: 1 -0.353956298061E-01 -0.35396E-01 -0.21148E-02 76507 0.391E-01
RMM: 2 -0.341378790009E-01 0.12578E-02 -0.12596E-03 46744 0.166E-01 0.117E-01
RMM: 3 -0.349997938971E-01 -0.86191E-03 -0.36472E-03 66756 0.131E-01 0.268E-01
RMM: 4 -0.338741490041E-01 0.11256E-02 -0.14831E-03 55473 0.101E-01 0.539E-02
RMM: 5 -0.339155098934E-01 -0.41361E-04 -0.54067E-04 63896 0.523E-02 0.729E-02
RMM: 6 -0.338575129263E-01 0.57997E-04 -0.13108E-04 55897 0.328E-02 0.336E-02
RMM: 7 -0.338414852637E-01 0.16028E-04 -0.27214E-05 51368 0.174E-02 0.148E-02
RMM: 8 -0.338323703054E-01 0.91150E-05 -0.32378E-05 64122 0.125E-02 0.732E-03
RMM: 9 -0.338306850702E-01 0.16852E-05 -0.36758E-06 56699 0.523E-03 0.442E-03
RMM:  10 -0.338283559383E-01 0.23291E-05 -0.15780E-06 56855 0.397E-03 0.265E-03
RMM:  11 -0.338275219068E-01 0.83403E-06 -0.62293E-07 62076 0.202E-03 0.135E-03
RMM:  12 -0.338270200208E-01 0.50189E-06 -0.21477E-07 54079 0.134E-03 0.517E-04
RMM:  13 -0.338267865625E-01 0.23346E-06 -0.70327E-08 68040 0.593E-04 0.505E-04
RMM:  14 -0.338264659903E-01 0.32057E-06 -0.21780E-07 62124 0.314E-04 0.311E-04
RMM:  15 -0.338263374331E-01 0.12856E-06 -0.36478E-07 65957 0.242E-04 0.172E-04
RMM:  16 -0.338262736454E-01 0.63788E-07 -0.48133E-07 69957 0.182E-04 0.559E-05
force on displaced ion    25 direction 3 :  -0.700  -0.056  -4.384
Linear response finished

作者
Author: 卡开发发 时间: 2024-2-2 13:58

wmg166 发表于 2024-2-1 19:18
计算过程应该没错，Log文件提示：
Degree of freedom: 18/ 18
N E ...

如果没额外做固定，有可能两个程序对对称性的识别（尤其是声子计算等价的原子）判断不一致，但具体我很难说，实在不行给phonopy发邮件看看。

作者
Author: linuxprobe 时间: 2024-2-2 17:24
运行命令错了吧？phonopy --dim="2 2 2" -c POSCAR-unitcell band.conf

作者
Author: wmg166 时间: 2024-2-14 15:05

linuxprobe 发表于 2024-2-2 17:24
运行命令错了吧？phonopy --dim="2 2 2" -c POSCAR-unitcell band.conf

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