计算化学公社

标题: 求助关于分子与原子间的键解离能 [打印本页]

作者
Author: Joy-bomin 时间: 2024-2-1 08:52
标题: 求助关于分子与原子间的键解离能

各位老师好，请问nwchem可以计算分子与原子间的键解离能吗，比如氨基酸和金属的组合，从构型上看金属可能只是与其中一到三个原子有作用，双原子看了之前一位老师的能算出来，但这种情况不知道能不能算，希望各位老师可以提点一下，非常感谢

PS：如附图的组合，想通过键解离能解释不同金属与氨基酸作用，对氨基酸在不同环境或者状态的影响

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-1 09:02
可以算

不知道当前灰色的是什么金属。如果是过渡金属，算这种问题应该用与真实存在形态尽可能相符的模型，空着的地方还应该有氨基酸或者溶剂分子与之配位

作者
Author: Joy-bomin 时间: 2024-2-1 09:53

sobereva 发表于 2024-2-1 09:02
可以算

不知道当前灰色的是什么金属。如果是过渡金属，算这种问题应该用与真实存在形态尽可能相符的模型 ...

谢谢老师回复，灰色金属是铅，因为考虑到是重金属，所以想加入SOC，算加入旋轨耦合和未加入的做对比，目前就只有单个氨基酸和重金属，用的隐式溶剂水模型，后面会考虑老师所说的显式溶剂分子
PS：还有老师所提到的还有别的氨基酸的形式，我理解的是氨基酸成簇的形式（不知道对不对），目前实验中已经获得了氨基酸成簇，还有由于金属催化脱水成肽的质谱和光电能谱数据，现在在配合计算寻找路径，不过暂时卡在了不知道为什么一加过渡金属优化就进行不下去，收敛不了的情况，还在寻找原因
所以目前想先解决单个氨基酸和重金属键解离能，考虑旋轨耦合前后的情况，但不太懂应该怎么编写输入文件，希望老师可以提点一下，谢谢您了

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-2 01:51

Joy-bomin 发表于 2024-2-1 09:53
谢谢老师回复，灰色金属是铅，因为考虑到是重金属，所以想加入SOC，算加入旋轨耦合和未加入的做对比，目 ...

用NWChem做SODFT在DFT计算中考虑旋轨耦合效应
http://sobereva.com/368（http://bbs.keinsci.com/thread-5573-1-1.html）

作者
Author: Joy-bomin 时间: 2024-2-2 10:00

sobereva 发表于 2024-2-2 01:51
用NWChem做SODFT在DFT计算中考虑旋轨耦合效应
http://sobereva.com/368（http://bbs.keinsci.com/thread ...

谢谢老师的回复，我去试试

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