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标题: 求助：计算吸附能时盒子尺寸应如何设置 [打印本页]

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Author: Mr.zhen 时间: 2024-2-1 17:12
标题: 求助：计算吸附能时盒子尺寸应如何设置
在使用cp2k进行吸附能计算时，吸附质A吸附剂B与吸附后AB的能量计算盒子尺寸必须一样吗？我的体系是YZ方向有周期性，结构优化后将.restart文件载入Multiwfn生成inp文件时发现盒子在X方向上的大小会发生变化。并且我在添加SCCS模型后，发现将输入文件中X方向上的盒子尺寸变小后就会报错，Polarisation charge、Hartree energy of solute and solvent、Polarisation energy处会变成一串*号，尺寸变大时却不会。所以我是否应当在A、B、AB之间选择盒子尺寸最大的那个最为统一的标准呢？希望各位老师能指点一二

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Author: 丁越 时间: 2024-2-1 17:38
本帖最后由丁越于 2024-2-1 17:39 编辑

保持一致。
你可以用Multiwfn的几何变换功能调整盒子方向的周期性，弄成XY周期性比较符合使用习惯。
你用restart文件生成AB的单点文件后，计算A的单点时只需要把AB单点文件中的B原子删掉就行，对B单点也同理。

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Author: sobereva 时间: 2024-2-2 04:50
A、B、AB计算用的盒子尺寸应当统一，以避免盒子尺寸不同对能量计算结果产生额外影响（而且CP2K计算不具备严格的能量的平移不变性，因此分子位置都会轻微影响能量，具体和体系特征、CUTOFF等有关），做法按楼上说的即可

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Author: 卡开发发 时间: 2024-2-2 21:23
本帖最后由卡开发发于 2024-2-2 21:33 编辑

对于吸附能计算不是必须一样，吸附前后的各个结构应当各自优化。对于Langmuir型的吸附，吸附质本来就应当在足够大的表面上，而气体分子按理想气体处理也应该去足够大的盒子。体系能量对质心位置依赖那是因为网格尺寸并未取充分，收敛性测试并不是做做样子看的。

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