计算化学公社

标题: 如何计算胶束质心和另外一个分子的RDF [打印本页]

作者
Author: xieliqiang 时间: 2024-2-2 10:14
标题: 如何计算胶束质心和另外一个分子的RDF
我有一个胶束（由40个分子A组成），还有一个药物分子B，请问如何计算胶束质心和药物分子质心之间的RDF？

gmx rdf -f trajout.xtc -s md1.tpr -n index.ndx -ref “com of group A” -sel “com of group B” -bin 0.03（这个命令得到的rdf和实际情况不符合）

其中trajout.xtc 采用的下面的命令，已经让胶束和药物分子居中盒子了。

~~gmx trjconv -f md1.xtc -pbc cluster -center -s md1.tpr -n index.ndx~~

~~谢谢大家！~~

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-3 06:02
命令行没明显问题

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