计算化学公社

标题: 求助：小分子/离子的力场选择 [打印本页]

作者
Author: FrancisLi 时间: 2024-2-4 16:03
标题: 求助：小分子/离子的力场选择
各位老师，导师让我在一个两亲物形成的膜结构的模拟体系里加入少量特定的小分子/离子，并研究选择透过性和扩散速度，但是我感觉无从下手，导师给了我这些小分子/离子
“water / 1-butanolmethanol / hexaneLiCl / NaCl
NaHCO3 / NaCl”

首先想问下各位老师应该选择什么力场比较好？我的两亲物膜结构目前是用的trappe-UA力场，但是这些分子有些trappe里没有。
其次就是想问下，如何研究选择透过性？用gromacs有什么好的方法能可视化吗，或者计算他们的MSD？
非常感谢！

作者
Author: 牧生 时间: 2024-2-4 16:59
http://sobereva.com/soft/Sobtop/

https://www.ks.uiuc.edu/Developm ... cgi?PackageName=VMD

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-5 03:34
water用诸如SPC/E、OPC这样的标准水模型
1-butanolmethanol、hexane、[HCO3]-都用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生基于GAFF力场的拓扑文件
Na+和Cl-用AMBER力场目录下ions.itp里直接提供的。如果浓度较高，可以换成KBFF的离子参数

看具体形成什么结构。如果诸如粒子在z方向分布有明显差异，可以用gmx density绘制密度随z方向变化曲线讨论平衡状态的分布或分布随时间的变化。如果是要考察扩散动力学特征，gmx msd可以用

作者
Author: FrancisLi 时间: 2025-5-25 08:27

sobereva 发表于 2024-2-5 03:34
water用诸如SPC/E、OPC这样的标准水模型
1-butanolmethanol、hexane、[HCO3]-都用sobtop（http://sobereva ...

感谢sob老师解答！我使用了gmx的AMBER力场目录下ffnonbonded.itp和ions.itp直接提供的，请问发表文章的时候要引哪些文献呀，是这三篇吗：

Åqvist, J. Ion–water interaction potentials derived from free-energy perturbation simulations. J. Phys. Chem. 94, 8021-8024 (1990).
Smith, D. E.; Dang, L. X. Computer simulations of NaCl association in polarizable water. J. Chem. Phys. 100, 3757-3766 (1994).
Dang, L. X.; Pettitt, B. M. Electrostatic and van der Waals interactions in ion-water simulations. J. Phys. Chem. 94, 4303-4308 (1990).

复制代码

需要引用AMBER的文章吗，感谢sob老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-26 05:03

FrancisLi 发表于 2025-5-25 08:27
感谢sob老师解答！我使用了gmx的AMBER力场目录下ffnonbonded.itp和ions.itp直接提供的，请问发表文章的时 ...

具体看一下这些文章里有没有那两个文件里提供的你要用的参数便知，有就引用

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