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标题: 如何在vmd中把多个蛋白质结构溶解在一个水盒子中，并导出PDB与PSF文件 [打印本页]

作者
Author: 啊哈哈哈 时间: 2024-2-4 21:15
标题: 如何在vmd中把多个蛋白质结构溶解在一个水盒子中，并导出PDB与PSF文件
如何在vmd中把多个蛋白质结构溶解在一个水盒子中，并导出PDB与PSF文件

作者
Author: 乐平 时间: 2024-2-4 22:25
本帖最后由乐平于 2024-2-4 22:27 编辑

可能你需要 packmol

http://sobereva.com/473

论坛里更多的讨论可以看这里
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-5 03:53
文本编辑器手动合并蛋白质的pdb文件，在VMD里手动把两个蛋白质摆到合适位置。或者用gmx insert-molecules、packmol之类把蛋白质随机插入得到结构文件，再载入到VMD里。之后用VMD自带的插件加水、产生psf

作者
Author: cinka 时间: 2024-4-9 16:17
先把两个蛋白放到合适位置，生成psf文件，再用如下脚本合并：
mol delete all
package require psfgen
resetpsf
readpsf proteinA.psf
coordpdb proteinA.pdb
readpsf proteinB.psf
coordpdb proteinB.pdb
writepsf proteinAB.psf
writepdb proteinAB.pdb

加水的脚本：
mol delete all
package require solvate
solvate proteinAB.psf proteinAB.pdb -minmax {{x1 y1 z1} {x2 y2 z2}} -o proteinAB+solv

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