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标题: Nature Energy 里反直觉的 ESP 计算结果 [打印本页]

作者
Author: 乐平 时间: 2024-2-4 22:21
标题: Nature Energy 里反直觉的 ESP 计算结果
刚刚翻看公众号的文章，发现一篇上个月（2024年1月）发表的 Nature Energy， https://doi.org/10.1038/s41560-023-01439-w

里面的 Fig. 2 (b) 引起了我的注意（如下图所示），里面的 ESP 越看越反直觉。从 Fig. 2(a) 的结构来看，中心都是 B （硼原子），与它相连的除了最左侧的是 -O-CH2CH3 基团以外，其余的都含有氟代甲基 -CF3。

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从直觉来看，F 的电负性是图中所有原子中最大的，静电势应该更负才对。但是，从 Fig. 2(b) 中左侧的色带来看，蓝色表示负，红色代表正。反而显示 -CF3 基团更正（外侧全是红色）的反直觉结果。

关于计算。首先，ESP 计算引用了 Multiwfn 以及高效算法，还是值得肯定的。

不过文章中的计算方法值得商榷。Fig. 2(a) 显示，所有的结构都是代负电荷的。计算细节里写着，几何优化在 B3LYP/6-31G(d) 水平并用 em=GD3BJ 做范德华矫正，也考虑了溶剂化效应；优化后在 M062X/def2TZVP 水平，em=GD3 进行范德华矫正，同时也考虑了溶剂化效应。
疑问：计算阴离子时基组不加弥散是否合适？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-5 03:31
应该带弥散函数

静电势没必然问题。结构里每个氧同时连着C和B，同时可以从那里吸电子，尤其是图里几个氧还都挨着，所以氧附近的蓝色区域比F周围的红色区域静电势还更负很正常

注意当前是阴离子体系，表面静电势处处都为负，所以色彩刻度上下限也都为负

作者
Author: corei70715 时间: 2024-2-5 05:03
都是负的，但是负的更加“均匀”了

作者
Author: 乐平 时间: 2024-2-5 10:48

sobereva 发表于 2024-2-5 03:31
应该带弥散函数

静电势没必然问题。结构里每个氧同时连着C和B，同时可以从那里吸电子，尤其是图里几个氧 ...

谢谢 Sob 老师解答

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