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标题: sobEDA promol.gjf未生成、501 Segmentation fault以及syntax error [打印本页]

作者
Author: TCchem 时间: 2024-2-5 09:07
标题: sobEDA promol.gjf未生成、501 Segmentation fault以及syntax error
在学校的超算上用的sobEDA，平台上没有dos2unix，我把“dos2unix -q fragment.txt”
改为了 “sed -i 's/\r$//' filename”
运行的输出结果中除了标题描述的promol.gif问题之外也还有其他的error项
“./sobEDA.sh: line 115: 501 Segmentation fault (core dumped) formchk fragment$i.chk fragment$i.fch > /dev/null(standard_in) 1: syntax error(standard_in) 1: syntax error(standard_in) 1: syntax error”
multiwfn用自带的example文件试了一下可以正常使用，fragment 1和2 都被正常计算了输出了.out文件。整个过程中记录的log文件、我向计算平台提交的文件和我修改之后的sobEDA文件都已上传，麻烦各位老师帮忙看看是哪里出了问题，十分感谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-5 14:21
貌似是没法直接在服务器上用formchk命令转换chk文件所致
sobEDA.sh不明确支持超算的那种需要提交方式运行的环境，非要用就需要自己折腾

作者
Author: TCchem 时间: 2024-2-6 01:09

sobereva 发表于 2024-2-5 14:21
貌似是没法直接在服务器上用formchk命令转换chk文件所致
sobEDA.sh不明确支持超算的那种需要提交方式运行 ...

谢谢sob老师，我检查了一下生成的fragment1gjf和fragment2.gjf，发现输入文件里同时存在
"%chk=fragment1.chk （或者fragment2.chk）
%chk=fragment.chk"
最后计算出来的chk只有fragment.chk，然后我保留了formchk的输出，显示
"Error termination in NtrErr:
ntran open failure returned to fopen."
我看sobEDA第74-67行会为Multiwfn生成的gjf再次添加一个.chk行，或许是出现.chk重复的原因？我在想这是不是说明我哪里设置错了？还望老师指点。

作者
Author: TCchem 时间: 2024-2-6 01:23

sobereva 发表于 2024-2-5 14:21
貌似是没法直接在服务器上用formchk命令转换chk文件所致
sobEDA.sh不明确支持超算的那种需要提交方式运行 ...

解决了！是我template.gjf设置错了，谢谢sob老师！

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-4-13 22:48
本帖最后由 Oliviaw 于 2024-4-13 23:42 编辑

TCchem 发表于 2024-2-6 01:23
解决了！是我template.gjf设置错了，谢谢sob老师！

请问你是最后改了哪些地方？我可以借鉴一下吗？

我也是超算上跑example能正常结束，我更改了设置跑example的结构也能正常结束。我用同样的更改的设置跑大体系300多个原子就会报错，而且只产生了fragment1.gjf和fragment1.out，没有其他fragment文件。fragment1.out的报错是segment violation。

作者
Author: TCchem 时间: 2024-10-20 00:00

Oliviaw 发表于 2024-4-13 22:48
请问你是最后改了哪些地方？我可以借鉴一下吗？

我也是超算上跑example能正常结束，我更改 ...

不知道您最后解决了没，最后我只修改了文本操作那一行，用sed代替了，其他的都正常运行

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