计算化学公社

标题: 在计算振动分辨光谱时出现错误 [打印本页]

作者
Author: 一昔a 时间: 2024-2-5 12:15
标题: 在计算振动分辨光谱时出现错误
最近在按照社长的帖子自学振动分辨光谱的时候出现了错误，下面是我的输入文件内容
第一步计算了分子的激发态振动，并保存：
%chk=NN-ex2.chk
%mem=100GB
%nprocshared=64
#p opt td scrf=(solvent=chloroform,pcm) nosymm def2tzvp em=gd3 m062x freq=saveNM

Title Card Required

0 1
N                0.47219200 0.40055000 -0.00183300
N                -0.47219400 -0.40056800 -0.00184000
C                -1.82592000 -0.18926200 -0.00180600
C                -2.35637500 1.11034900 -0.00173000
C                -2.68165600 -1.29803200 -0.00184500
C                -3.73030900 1.27859400 -0.00169300
H                -1.68294400 1.95659100 -0.00170100
C                -4.04995000 -1.10241200 -0.00181100
H                -2.25687600 -2.29257300 -0.00190200
C                -4.58505400 0.18259500 -0.00173300
H                -4.13695900 2.28205200 -0.00163400
H                -4.70728100 -1.96228900 -0.00184200
H                -5.65671600 0.32699500 -0.00170500
C                1.82591800 0.18924500 -0.00179800
C                2.35637300 -1.11036700 -0.00174000
C                2.68165400 1.29801500 -0.00181900
C                3.73030800 -1.27861100 -0.00170300
H                1.68294200 -1.95660900 -0.00172400
C                4.04994800 1.10239500 -0.00178400
H                2.25687400 2.29255500 -0.00186300
C                4.58505200 -0.18261300 -0.00172600
H                4.13695700 -2.28206900 -0.00165800
H                4.70727900 1.96227200 -0.00180100
H                5.65671400 -0.32701200 -0.00169700

第二步计算了分子的基态振动，并计算FC积分：
%chk=NN-ex3.chk
%mem=100GB
%nprocshared=64
#p opt scrf=(solvent=chloroform,pcm) nosymm def2tzvp em=gd3 m062x freq=FC

Title Card Required

0 1
N                0.47219200 0.40055000 -0.00183300
N                -0.47219400 -0.40056800 -0.00184000
C                -1.82592000 -0.18926200 -0.00180600
C                -2.35637500 1.11034900 -0.00173000
C                -2.68165600 -1.29803200 -0.00184500
C                -3.73030900 1.27859400 -0.00169300
H                -1.68294400 1.95659100 -0.00170100
C                -4.04995000 -1.10241200 -0.00181100
H                -2.25687600 -2.29257300 -0.00190200
C            -4.58505400 0.18259500 -0.00173300
H            -4.13695900 2.28205200 -0.00163400
H            -4.70728100 -1.96228900 -0.00184200
H            -5.65671600 0.32699500 -0.00170500
C                1.82591800 0.18924500 -0.00179800
C               2.35637300 -1.11036700 -0.00174000
C                2.68165400 1.29801500 -0.00181900
C               3.73030800 -1.27861100 -0.00170300
H                1.68294200 -1.95660900 -0.00172400
C                4.04994800 1.10239500 -0.00178400
H               2.25687400 2.29255500 -0.00186300
C                4.58505200 -0.18261300 -0.00172600
H                4.13695700 -2.28206900 -0.00165800
H                4.70727900 1.96227200 -0.00180100
H                5.65671400 -0.32701200 -0.00169700

MaxInt=200 SpecHwHm=160 MaxOvr=50

/home/LVXC/NN-ex2.chk

在进行第二部计算的时候出现了报错，结果如下：
Initial State
-------------
Data taken from current calculation.
Normal modes recovered from file.

Final State
-----------
Data taken from checkpoint file "MaxInt=200 SpecHwHm=160 MaxOvr=50"
Error termination in NtrErr:
ntran open failure returned to fopen.
Error: segmentation violation

发现它没有读出来在分子坐标之后FC计算的设置，而是直接读成chk文件了，请问这种情况是G16和G09之间的区别吗，应该怎么写设置呢？

作者
Author: 一昔a 时间: 2024-2-5 16:28
发现错误了，应该在关键词那里写成freq=(FC,readFCHT)，不写readFHT下面的控制参数识别不出来。

作者
Author: 一昔a 时间: 2024-2-5 16:39
不对，加上readFCHT后还是不行，难道原因是只能用cis，不能用dft吗

作者
Author: qaqfdmmj 时间: 2024-6-19 10:34

一昔a 发表于 2024-2-5 16:39
不对，加上readFCHT后还是不行，难道原因是只能用cis，不能用dft吗

你好，请问解决了吗？
我感觉是不是g16的问题，sob老师关于振动分辨光谱的博文用的是g09，我用的几乎差不多的关键词，但是一直在第二步计算基态的时候报错，应该是打开chk文件出了问题

作者
Author: 一昔a 时间: 2024-6-19 14:07

qaqfdmmj 发表于 2024-6-19 10:34
你好，请问解决了吗？
我感觉是不是g16的问题，sob老师关于振动分辨光谱的博文用的是g09，我用的几乎差 ...

并没有解决问题，我是把原子坐标后关系峰形的一些设置去掉后就能正常运行了，但是这样的话就是相关的参数无法设置，后续我没有去细究。

作者
Author: littleugly 时间: 2024-9-12 21:09

一昔a 发表于 2024-6-19 14:07
并没有解决问题，我是把原子坐标后关系峰形的一些设置去掉后就能正常运行了，但是这样的话就是相关的参数 ...

或许可以试试先算基态和激发态的频率得到两个chk，然后
Link 0 Commands
%Chk=Name of the checkpoint file generated in step 2
#P Geom=AllCheck Frequency=(ReadFC,FC,SaveNM) NoSymm
Name of the checkpoint file generated in step 1
详见https://www.fc.up.pt/pessoas/mjr ... rzataBiczysko_3.pdf

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