计算化学公社

标题: geometry optimization必须找到global minimum吗？ [打印本页]

作者
Author: lufenghxu 时间: 2016-10-23 18:47
标题: geometry optimization必须找到global minimum吗？
gaussian 计算中找到的反应物，计算能量值时必须找到global minimum吗？如何区分local minimum和global minimum？结构复杂，构想较多，如何确定哪个构想是最低能量？况且，不同方法给出的能量最低构想都一样吗。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-10-23 19:06
显然不同，主要与与给的初猜有关，否则量化岂不是连船式环己烷都优化不了了。找复杂结构的全局最优用构象搜索来进行。

作者
Author: lufenghxu 时间: 2016-10-23 20:34

liyuanhe211 发表于 2016-10-23 19:06
显然不同，主要与与给的初猜有关，否则量化岂不是连船式环己烷都优化不了了。找复杂结构的全局最优用构象搜 ...

构想搜索？？？？能否具体一点。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-10-23 20:57

lufenghxu 发表于 2016-10-23 20:34
构想搜索？？？？能否具体一点。

去找含有conformational search功能的软件计算，如Spartan，也可以用动力学软件跑一段时间的高温MD模拟，然后退火，重复这个过程获得一批构象作为初猜计算，看哪个能量低

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-24 03:04

lufenghxu 发表于 2016-10-23 20:34
构想搜索？？？？能否具体一点。

使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577

免费的构象搜索软件
gentor：molclus的组件之一，使用简单，非常灵活，精度随意可控 http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2388
VeraChem公司的vconf，学术用户免费，需要发邮件索取 http://www.verachem.com/products/vconf/
openeye公司的omega是很好的构象搜索软件，学术用户免费 http://www.eyesopen.com/omega （申请条件比较苛刻）
FRODA
openbabel (http://open-babel.readthedocs.org/en/latest/3DStructureGen/multipleconformers.html)
Frog2，在线免费用：http://bioserv.rpbs.jussieu.fr/cgi-bin/Frog2
Balloon http://users.abo.fi/mivainio/balloon/
虽然收费但也行
Chemaxon
Cresset公司的xedex也很不错，可以免费使用1个月。申请lic很快。
Amber的LMOD
收费的
MS的conformer模块、Spartan、MacroModel、Sybyl、MOE、Hyperchem、conflex、Discovery Studio

作者
Author: lufenghxu 时间: 2016-10-25 21:43
感谢您的详细解答。量化计算必须找到global minimum吗？还是看情况需要？感觉有些体系大，不一定能找全。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-26 04:09

lufenghxu 发表于 2016-10-25 21:43
感谢您的详细解答。量化计算必须找到global minimum吗？还是看情况需要？感觉有些体系大，不一定能找全。

看具体问题了
没有前提的话，大部分情况还是要基于全局最小点讨论的
体系大更需要靠以上专门的程序做构象搜索

作者
Author: 荻花花花花 时间: 2023-10-16 11:42
请问周期性的平面二维材料有必要进行构象搜索吗？如果有必要的话，需要使用什么软件进行呢？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-10-16 16:09

荻花花花花发表于 2023-10-16 04:42
请问周期性的平面二维材料有必要进行构象搜索吗？如果有必要的话，需要使用什么软件进行呢？

足够刚性且结构已知的二维材料肯定不用，例如石墨烯、MoS2。假如计算比如说二维的氢氧化物，涉及氢氧根朝向问题，那或许值得搜一下。
我不太清楚这种情况下用什么软件最合适或者说最常见，但是有一个备选方案是永远都可以用的，就是跑MD退火

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