计算化学公社

标题: 在学校集群使用orca计算单点能遇到问题 [打印本页]

作者
Author: Gonglinquan 时间: 2024-2-6 03:04
标题: 在学校集群使用orca计算单点能遇到问题
大家好，我尝试在学校集群上使用orca进行单点能计算。结果一直卡在这个界面没有反应，但相应文件夹产生了大量的文件。在网上查了相关的问题，有说是并行运算的设置的原因，但由于我是orca新手因此并不知道该如何解决该问题。恳请知道原因的老师和同学们能够给予一定指导！小弟在此不胜感激！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-2-6 03:38
如果从out文件看不出计算有问题，那么屏幕的这些输出可以忽略。
现在主要是要确定，卡住是因为程序不算了还是只是因为算得慢，方法是看orca进程是否还在用cpu，out文件是否还在不断更新，以及各种tmp文件是否还在不断更新

作者
Author: Gonglinquan 时间: 2024-2-6 19:24

wzkchem5 发表于 2024-2-6 03:38
如果从out文件看不出计算有问题，那么屏幕的这些输出可以忽略。
现在主要是要确定，卡住是因为程序不算了 ...

老师好，tmp和out文件是有一直在更新的，这是说明计算是还在进行的吗？我之前因为出现太多tmp文件是不正常的现象，这是正常计算过程中也会出现的吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-2-6 21:34

Gonglinquan 发表于 2024-2-6 12:24
老师好，tmp和out文件是有一直在更新的，这是说明计算是还在进行的吗？我之前因为出现太多tmp文件是不正 ...

计算过程中本来就是会产生大量的tmp文件，算完了会自动把tmp文件删干净（很老的版本可能因为bug而漏删一两个文件）。而且有些计算比其他计算产生的tmp文件多，例如DFT计算的tmp文件往往不是太多，但DLPNO-CCSD(T)计算的tmp文件不仅多而且大。如果程序停止运行了但还有大量tmp文件，那说明程序报错退出了，应该看out文件确定报错原因。计算过程中的tmp文件数量不说明任何问题

作者
Author: RAL 时间: 2024-2-6 22:25
还需要确认有没有在不该交作业的地方（比如登陆节点）提交了作业

作者
Author: Gonglinquan 时间: 2024-2-6 22:39

wzkchem5 发表于 2024-2-6 21:34
计算过程中本来就是会产生大量的tmp文件，算完了会自动把tmp文件删干净（很老的版本可能因为bug而漏删一 ...

谢谢老师的耐心解释，这个问题我明白了

作者
Author: Gonglinquan 时间: 2024-2-6 22:44

RAL 发表于 2024-2-6 22:25
还需要确认有没有在不该交作业的地方（比如登陆节点）提交了作业

我是按照学校给的账号登录上去之后，提交作业的命令就如屏幕显示的信息所示，请问是我这样提交作业的节点不对吗？或者说我该如何确认自己提交任务的节点没有问题呢？还望您能详细指点一番

作者
Author: Gonglinquan 时间: 2024-2-6 23:49

RAL 发表于 2024-2-6 22:25
还需要确认有没有在不该交作业的地方（比如登陆节点）提交了作业

感谢指点，我已经明白您的意思了

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-2-6 23:55

Gonglinquan 发表于 2024-2-6 15:44
我是按照学校给的账号登录上去之后，提交作业的命令就如屏幕显示的信息所示，请问是我这样提交作业的节点 ...

这个得问你们集群的管理员，不了解你们这个服务器的具体情况的人，即使懂得再多也很难给出确切的答案

作者
Author: Gonglinquan 时间: 2024-2-7 04:17

wzkchem5 发表于 2024-2-6 23:55
这个得问你们集群的管理员，不了解你们这个服务器的具体情况的人，即使懂得再多也很难给出确切的答案

谢谢老师的回复，我已经跟管理员联系过了，这个问题也已经成功解决了

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