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标题: 求助：在做蛋白配体复合物动力学模拟时，能量最小化步骤时快速终止，且没有gro文件... [打印本页]

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Author: 荒原小镇 时间: 2024-2-9 16:36
标题: 求助：在做蛋白配体复合物动力学模拟时，能量最小化步骤时快速终止，且没有gro文件...
各位老师过年好，我在使用GROMACS做蛋白配体复合物动力学模拟的时候遇到了一个问题，就是在做能量最小化的时候运行mdrun很快就结束了，也没有产生gro文件。下面是错误信息，但我不太能看懂这个信息是啥意思，蛋白和配体单独做动力学都是没问题的。希望各位老师大佬们指点一二，非常感谢，感激不尽。
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Author: sobereva 时间: 2024-2-9 18:59
根本没报错
贴后面的内容

除非贴出来的信息明确显示了error这个词（并且当前error是指错误而非误差），否则问报错的时候必须自觉说清楚你觉得哪里有报错。现在有报错妄想症的新人真是越来越多，最近见到至少三次

作者
Author: 荒原小镇 时间: 2024-2-9 19:18

sobereva 发表于 2024-2-9 18:59
根本没报错
贴后面的内容

老师您好，这个后面就没有内容了，程序就到这里结束了，然后只生成了一个log文件，一个空的trr文件和一个edr文件，然后也没有gro文件生成。log文件也没有啥错误的信息。
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作者
Author: 荒原小镇 时间: 2024-2-9 19:21

sobereva 发表于 2024-2-9 18:59
根本没报错
贴后面的内容

这个是最小化的mdp文件，不知道是不是这个有问题。
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Author: sobereva 时间: 2024-2-10 08:19

荒原小镇发表于 2024-2-9 19:21
这个是最小化的mdp文件，不知道是不是这个有问题。

mdp本身没问题
尝试linux版。linux版也不行就大概率是拓扑文件有bug

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