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标题: 对amber自带gaff.dat文件中proper dihedral参数格式的疑问 [打印本页]

作者
Author: xiaoruoqiu 时间: 2024-2-12 11:10
标题: 对amber自带gaff.dat文件中proper dihedral参数格式的疑问
本帖最后由 xiaoruoqiu 于 2024-2-12 12:59 编辑

以c3-c3-c3-c3为例，gaff.dat中原始记录如下：
c3-c3-c3-c3 1 0.18       0.0          -3.       Junmei et al, 1999
c3-c3-c3-c3 1 0.25       180.0          -2.       Junmei et al, 1999
c3-c3-c3-c3 1 0.20       180.0          1.       Junmei et al, 1999
我自己的理解如下：
第1列，组成二面角的4个粒子；
第2列，function type；
第3列，势垒高度；
第4列，调节相位；
第5列，极小点个数n；
第6列，备注。

以gaff.dat为依据，生成gromacs下的拓扑结构，得到某处c3-c3-c3-c3二面角参数如下：
36    39    42    45       9       0.000    0.75312 3    ; C-C-C-C, prebuilt c3-c3-c3-c3
36    39    42    45       9    180.000    1.04600 2    ; C-C-C-C, prebuilt c3-c3-c3-c3
36    39    42    45       9    180.000    0.83680 1    ; C-C-C-C, prebuilt c3-c3-c3-c3
我自己的理解如下：
第1-4列，原子ID；
第5列，function type，可见从1转换成了9；
第6列，调节相位，未改变；
第7列，势垒高度，应该是乘了4.184；
第8列，极小点个数n；
第9列，备注。

我的疑问是：
①gromacs下funtcion type是1或9，对模拟有无影响；
②为何gaff.dat中的n会有负数（-3、-2），然后转到gromacs格式下又去掉了负号（3、2）。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-12 17:47
1 那叫function type。每种function type的具体形式在gromacs手册里的拓扑文件部分都介绍了

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2 文件格式就是那么定义的。AMBER的.dat文件里负号代表此项和接下来的正号的进行叠加

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：
(, 下载次数 Times of downloads: 18)

作者
Author: xiaoruoqiu 时间: 2024-2-12 21:07

sobereva 发表于 2024-2-12 17:47
1 那叫function type。每种function type的具体形式在gromacs手册里的拓扑文件部分都介绍了

搞懂了，感恩社长。

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