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标题: gromacs生成tpr文件时出现Atom index (1) in bonds out of bounds (1-0)报错怎么解决 [打印本页]

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baixiaoxuan    时间: 2024-2-12 17:05
标题: gromacs生成tpr文件时出现Atom index (1) in bonds out of bounds (1-0)报错怎么解决
做em模拟生成tpr文件时,出现了如下报错:
ERROR 1 [file spc.itp, line 18]:
  Atom index (1) in bonds out of bounds (1-0).
  This probably means that you have inserted topology section "bonds"
  in a part belonging to a different molecule than you intended to.
  In that case move the "bonds" section to the right molecule.
请问如何解决?

nons.itp文件过大无法上传,附上此文件部分内容截图


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sobereva    时间: 2024-2-12 17:39
压缩减小体积不就能上传了
计算化学研究者应当了解的文件压缩的常识
http://sobereva.com/672http://bbs.keinsci.com/thread-37881-1-1.html

sobtop根本不直接支持OPLS-AA原子类型,不要混用,http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ2里面对力场都写明了。要模拟水,include amber力场目录下的水模型的itp文件
作者
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baixiaoxuan    时间: 2024-2-12 18:18
sobereva 发表于 2024-2-12 17:39
压缩减小体积不就能上传了
计算化学研究者应当了解的文件压缩的常识
http://sobereva.com/672(http://bb ...

已解决,谢谢老师
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dxf    时间: 2024-6-25 04:03
baixiaoxuan 发表于 2024-2-12 18:18
已解决,谢谢老师

请问你是怎么解决这个问题的呀
作者
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baixiaoxuan    时间: 2025-7-9 16:47
dxf 发表于 2024-6-25 04:03
请问你是怎么解决这个问题的呀

换了amber力场的水模型




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