计算化学公社

标题: slurm提交ORCA任务报错 [打印本页]

作者
Author: 量化小王子 时间: 2024-2-13 11:05
标题: slurm提交ORCA任务报错
小菜鸟在超算平台的自家账户下，账户自身是普通账户，没有root权限。安装ORCA和cp2k，整个过程没有报错，正常结束。测试mpiexec -V可以正常显示openmpi版本。现在面临的问题是，在账户下，直接以10核心运行orca任务，是可以整场结束，没有报错。但是将计算任务提交到计算节点，就报错，以单核心却可以正常运行。orca报错代码如下

ORCA finished by error termination in GTOInt
Calling Command: mpirun -np 10 /public/home/nwnuliujc/Software/ORCA-5.0/orca_gtoint_mpi 1.int.tmp 1
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
.... aborting the run

复制代码

而slurm错误代码如下：

An ORTE daemon has unexpectedly failed after launch and before
communicating back to mpirun. This could be caused by a number
of factors, including an inability to create a connection back
to mpirun due to a lack of common network interfaces and/or no
route found between them. Please check network connectivity
(including firewalls and network routing requirements).
--------------------------------------------------------------------------
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
.... aborting the run

复制代码

当时也测试了以下cp2k，直接不运行，slurm报错也如下。slurm提交脚本如下：

#!/bin/bash
#SBATCH -J p4
#SBATCH -p high
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks=10
#SBATCH --mem=100G
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err
cd ${SLURM_SUBMIT_DIR}
echo ${SLURM_JOB_NODELIST}
echo start on $(date)
source /public/home/nwnuliujc/Software/gcc-9.3.0/env.sh
/public/home/nwnuliujc/Software/ORCA-5.0/orca 1.inp > 1.out

复制代码

尝试过在bashrc中添加export OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT=1，export OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT_CONFIRM=1。以及添加export OMPI_MCA_btl_openib_allow_ib=1，都不行，求助应该怎么解决

作者
Author: Strange 时间: 2024-2-15 16:40
看报错感觉是集群的问题，直接问问管理员？

作者
Author: 量化小王子 时间: 2024-2-15 18:31

Strange 发表于 2024-2-15 16:40
看报错感觉是集群的问题，直接问问管理员？

好的，谢谢，等集群管理员上班了，我问一下他吧

作者
Author: 量化小王子 时间: 2024-10-26 16:19

JunS 发表于 2024-10-24 08:45
楼主解决了吗，遇到了同样的问题

解决了，是超算的服务器出了问题

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