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标题: 关于绘制Hirshfeld surfaces和Fingerprint plot的几点问题? [打印本页]

作者
Author:
L228870573    时间: 2024-2-14 09:56
标题: 关于绘制Hirshfeld surfaces和Fingerprint plot的几点问题?
图1:
(, 下载次数 Times of downloads: 23)
    上图中是一对离子与CO2作用的Hirshfeld surfaces图,这个图我会画,但是下面这个图我不明白怎么绘制出来的。
    首先,下面这个图是由3个图1组成,我最初以为是将图1中结构复制了3份放一起在Gaussian中计算得到的,但是发现图2中两侧结构和中间红框部分结构完全一致,如果是Gaussian优化过的不应当这样标准,难道是将图1中结构在Gaussian中复制成3份放到一起,并没有优化而绘制的吗?如果是这样的话,那结果能可靠吗?
    其次是图2中4个Fingerprint plot,是按照Multiwfn手册中4.12.6Fingerprint plot for local contact surface标题下这样的方法得到的吗?
图2:
(, 下载次数 Times of downloads: 23)

作者
Author:
sobereva    时间: 2024-2-14 12:18
文献里可能是从晶体中抠出来的簇绘制的,并且作图时将簇的部分分子隐去了

就是按Multiwfn手册里说的绘制
作者
Author:
L228870573    时间: 2024-2-14 19:06
sobereva 发表于 2024-2-14 12:18
文献里可能是从晶体中抠出来的簇绘制的,并且作图时将簇的部分分子隐去了

就是按Multiwfn手册里说的绘制

可是这并不是晶体,不是周期性结构,就是一对离子和CO2,这样怎么能绘制出来这种闭合的效果呢
作者
Author:
sobereva    时间: 2024-2-15 13:53
L228870573 发表于 2024-2-14 19:06
可是这并不是晶体,不是周期性结构,就是一对离子和CO2,这样怎么能绘制出来这种闭合的效果呢

原理上没法实现。图上明显能看出边界有棱有角,不像是孤立体系的情况

参考下文里的孤立体系的Hirshfeld surface都是什么样的
使用Multiwfn做Hirshfeld surface分析直观展现分子晶体和复合物中的相互作用
http://sobereva.com/701http://bbs.keinsci.com/thread-43178-1-1.html






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