计算化学公社

标题: 新手 ORCA运行中mpirun问题 [打印本页]

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作者
Author: wlgwhr    时间: 2024-2-14 11:52
标题: 新手 ORCA运行中mpirun问题


sob老师之前已经提到过的mpirun的root问题，但是在运行欢乐102老师的chatgpt新脚本的时候仍然出现以下错误：
mpirun was unable to launch the specified application as it could not access
or execute an executable:

Executable: /home/ubuntu/orca504/orca_gtoint_mpi.exe
Node: ubuntu-desktop

while attempting to start process rank 0.
以下语句也已经输入/.bashrc中了export OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT=1
export OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT_CONFIRM=1

似乎mpirun仍然无法正常运行，请老师们多多指教！不胜感激！！



服务器的openmpi版本为4.1.1，ORCA版本为5.0.4，版本应该没问题，刚刚尝试了一下，mpirun运行openmpi中的example文件也会报错，不知道是什么原因。。。

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作者
Author: abin    时间: 2024-2-14 16:35

1. #!/bin/bash
   
2. 
   
3. #Submit this script with: sbatch thefilename
   
4. 
   
5. #SBATCH --time=720:00:00   # walltime
   
6. #SBATCH --ntasks-per-node=8
   
7. #SBATCH --nodes=1   # number of nodes
   
8. #SBATCH --mem=50G   # memory per node
   
9. #SBATCH -J "orca"   # job name
   
10. #SBATCH --partition=vasp # do not change
    
11. #SBATCH --qos=vasp # do not change
    
12. 
    
13. 
    
14. # set input file name here
    
15. export FullNameInputFile=benzene-Br-TD-PBE0-SP.inp
    
16. 
    
17. jobname=`echo ${FullNameInputFile} | cut -f 1 -d. `
    
18. export RSH_COMMAND="/usr/bin/ssh -x"
    
19. 
    
20. # LOAD MODULES, INSERT CODE, AND RUN YOUR PROGRAMS HERE
    
21. ulimit -d unlimited
    
22. ulimit -s unlimited
    
23. ulimit -t unlimited
    
24. ulimit -v unlimited
    
25. 
    
26. export SLURM_EXPORT_ENV=ALL
    
27. 
    
28. 
    
29. cd $SLURM_SUBMIT_DIR
    
30. username=`whoami`
    
31. 
    
32. ### here, suppose /tmp is the I/O storage.
    
33. 
    
34. ORCA_RUNDIR=/tmp/${username}.${SLURM_JOB_ID}
    
35. 
    
36. if [ ! -a $ORCA_RUNDIR ]; then
    
37.    echo "Scratch directory $ORCA_RUNDIR created."
    
38.    mkdir -p $ORCA_RUNDIR
    
39. fi
    
40. 
    
41. cp -r $SLURM_SUBMIT_DIR/* $ORCA_RUNDIR
    
42. 
    
43. cd $ORCA_RUNDIR
    
44. 
    
45. 
    
46. 
    
47. 
    
48. export EXE="/opt/hpc4you/apps/orca/orca_v5.0.4.EXE"
    
49. 
    
50. echo "Starting ORCA run at `hostname` on:" `date` >> ${SLURM_JOB_ID}.log
    
51. 
    
52. ${EXE} ${jobname}.inp > ${jobname}.out &
    
53. PID=$!
    
54. while kill -0 $PID 2> /dev/null; do
    
55. rsync -av --exclude=*.inp --exclude=*.tmp --exclude=oldorb.gbw  ${ORCA_RUNDIR}/*  $SLURM_SUBMIT_DIR &> /dev/null
    
56. sleep 5
    
57. done
    
58. 
    
59. 
    
60. echo "Finished ORCA run at `hostname `on:" `date` >> ${SLURM_JOB_ID}.log
    
61. cat $SLURM_JOB_NODELIST >> ${SLURM_JOB_ID}.log
    
62. 
    
63. mv $ORCA_RUNDIR/* $SLURM_SUBMIT_DIR
    
64. rm -fr $ORCA_RUNDIR
    

复制代码

Refer:
https://gitee.com/hpc4you/redstar/tree/master/scripts

下载即用的ORCA 无需安装任何MPI
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 18&fromuid=4791
(出处: 计算化学公社)

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作者
Author: wlgwhr    时间: 2024-2-14 16:51

abin 发表于 2024-2-14 16:35
Refer:
https://gitee.com/hpc4you/redstar/tree/master/scripts

感谢！！我试一下给您回复

还有一个问题就是我原来安装的ORCA需要卸载嘛，卸载的话应该如何卸载！感谢您的指点！

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作者
Author: Aletyx    时间: 2024-2-15 02:16

wlgwhr 发表于 2024-2-14 16:51
感谢！！我试一下给您回复

还有一个问题就是我原来安装的ORCA需要卸载嘛，卸载的话应该如何卸载！感谢 ...

建议了解一下Linux里面的环境变量。只需要把原来ORCA可执行文件的目录移出PATH即可

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作者
Author: abin    时间: 2024-2-15 10:50

wlgwhr 发表于 2024-2-14 16:51
感谢！！我试一下给您回复

还有一个问题就是我原来安装的ORCA需要卸载嘛，卸载的话应该如何卸载！感谢 ...

"下载即用“.

如果你仔细看, 里面应该有描述, 无视系统上已经存在的各种MPI环境.

需要机器具有apptainer.

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