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标题: 不同分子动力学轨迹分析软件特点是什么？ [打印本页]

作者
Author: chuxuezhe 时间: 2024-2-15 11:42
标题: 不同分子动力学轨迹分析软件特点是什么？
各位老师好，Gromacs、Amber等内置分析命令难以完成个性化的分析任务，因此想多学习一款分子动力学轨迹的分析软件。查阅了网上资料并进行了总结，想问下各位老师推荐哪款程序，总结内容不恰当的，也请批评指正。谢谢。
TCL：VMD的分析语言，卢老师推荐。
Perl、Fortran：适合需要计算复杂体系性质的大佬使用。Perl使用正则表达式处理文本方便高效；Fortran科学计算具有很大的优势，计算复杂体系性质比较高效。
Python：MDanalysis，MDTraj，PyTraj，MD-TASK...等等一系列软件。
根据论坛（How is pytraj different from MDAnalysis and mdtraj? · Issue #445 · Amber-MD/pytraj · GitHub）评价，主流3款分析软件特点如下：
特色：
MDanalysis以帧为基础，每次载入1帧；MDTraj侧重于向量化，将全部轨迹载入内存进行分析
代码质量：
mdtraj > (pytraj, MDAnalysis），pytraj代码管理仍然有问题（？）
易用性：
(pytraj, mdtraj) > MDanalysis
分析功能数量：
pytraj, MDAnalysis > mdtraj，其中膜分析MDAnalysis > (pytraj, mdtraj)

知乎上帖子推荐学习MDTraj，小*虫帖子推荐MDAnalysis。
想请问各位老师，根据自己的使用经验，觉得那款软件比较适合？

作者
Author: lyj714 时间: 2024-2-15 11:56
本帖最后由 lyj714 于 2024-2-15 11:58 编辑

如果懂python，我主推MDAnalysis，因为它覆盖了很多有用的功能模块，并且用户量很大，和很多分子动力学软件生成的轨迹和拓扑都兼容。
否则可以考虑用下vmd，结合tcl也可以分析各种性质
后期如果侧重速度和重任务的分析，可以考虑学习一下C/C++。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-15 12:36
Fortran不是仅对于“计算复杂体系性质比较高效”。Fortran相较于tcl、Python、Perl这些解释型语言，执行效率不在一个数量级上，哪怕只是自己从头写（不借助额外的库）一个计算rdf这种很简单的分析代码分析组成简单的体系（如水盒子），Fortran对较大体系的效率也远甩上面那些语言几条街。所以Fortran很适合从头写计算量极大（体系很大、帧数很多、分析复杂），并且以后会反复使用的分析代码。对于GROMACS，也有专门读取轨迹的Fortran的库。Fortran的语法规则比C/C++简单不少，在我来看上手更容易。

VMD的tcl脚本编写和使用超级方便，在我来看是最易学的，并且和最流行的可视化程序VMD高度集成，还可以直接利用丰富的VMD绘图命令将分析结果以图像方式展示，能直接利用VMD特别灵活的选择语句和丰富的内置命令，好用极了。我最为推荐将VMD tcl脚本作为第一个充分掌握的轨迹分析方式，之后如果想再用其它的库作为补充也可以。PS：对VMD tcl脚本的编写，我在北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里有从零开始非常全面的讲解并给了海量例子，学起来完全没难度，也不需要事先有tcl或python语言的基础，可以很快速成。

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