计算化学公社

标题: turbomole是不是有配套软件可以可视化呢？ [打印本页]

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-2-18 14:37
标题: turbomole是不是有配套软件可以可视化呢？
1）很多文献采用turbomole计算大体系的弱相互作用，是不是turbomole比orca更具优势呢？

2）orca的输出文件可以通过OfakeG转换成gaussview可读的文件，turbomole是不是也有什么软件可以可视化呢？turbomole的输出文件也能通过什么软件转化成gaussview可读的文件吗？

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-2-18 14:39
计算300个原子的单点能在orca下用def2-QZVP是跑不动的，用turbomole能跑得动吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-18 15:26

Oliviaw 发表于 2024-2-18 14:39
计算300个原子的单点能在orca下用def2-QZVP是跑不动的，用turbomole能跑得动吗？

没戏
以前turbomole的最大卖点之一是DFT速度快，免费的ORCA发展起来之后这就不再是卖点了。ORCA算不动的换了turbomole一样不可能

也太小看QZ了。有种初生牛犊不怕虎的感觉

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-2-18 16:11

sobereva 发表于 2024-2-18 15:26
没戏
以前turbomole的最大卖点之一是DFT速度快，免费的ORCA发展起来之后这就不再是卖点了。ORCA算不动的 ...

问题是我现在用orca测试了300各原子的体系用TPSS-D3/def2-svp优化最快，比r2SCAN-3c，B97-3C，PBE-D3快很多。

想对TPSS-D3/def2-svp加gCP提高优化的准确性，然后用TPSS-D3或者PW6B95-D3或者wB97M-V/def2-TZVP+gCP算个单点能。但是找不到其他算大体系的弱相互作用的文献是用同样的方法组合做优化和算单点的。

没有文献的支持，我不敢把这种方法放进论文呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-18 17:55

Oliviaw 发表于 2024-2-18 16:11
问题是我现在用orca测试了300各原子的体系用TPSS-D3/def2-svp优化最快，比r2SCAN-3c，B97-3C，PBE-D3快很 ...

原理正确的情况下你直接用就完了，审稿人问为什么这样用，你就说原理合理
哪可能opt freq与单点的各种组合都恰好有文献用。本来结构优化和能量计算就是两个独立的问题，结构优化准确、能量计算也准确，怎么可能当前的能量//优化组合就不合理了？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-18 18:00

sobereva 发表于 2024-2-18 15:26
没戏
以前turbomole的最大卖点之一是DFT速度快，免费的ORCA发展起来之后这就不再是卖点了。ORCA算不动的 ...

再顺带一提，对于弱相互作用能的计算，def2-QZVP比def2-TZVP主要好处是BSSE更小，然而def2-TZVP考虑counterpoise校正后BSSE问题比def2-QZVP甚至还小。def2-TZVP单点能算得动，按下文做counterpoise校正也肯定算得动，只不过是几倍的耗时而已。如果对gCP抱有怀疑，相互作用能的计算可以用更严格的counterpoise
在ORCA中做counterpoise校正并计算分子间结合能的例子
http://sobereva.com/542（http://bbs.keinsci.com/thread-16585-1-1.html）

在下文介绍的sobEDA原文中的S66测试中可见，B3LYP-D3(BJ)结合def2-TZVP with counterpoise的平均误差还小于def2-QZVP一点，而前者耗时比后者低得多
使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析
http://sobereva.com/685（http://bbs.keinsci.com/thread-39446-1-1.html）

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-2-18 20:15

sobereva 发表于 2024-2-18 17:55
原理正确的情况下你直接用就完了，审稿人问为什么这样用，你就说原理合理
哪可能opt freq与单点的各种组 ...

请问为什么优化时加gCP会影响相互作用的距离，gCP不是只影响能量的计算结果吗，还会影响结构吗？
查了几篇host-guest体系的文献用def2-svp优化的时候都没有加gCP，而是def2-TZVP计算能量的时候加gCP或者counterpoise。
我是按照这些文献的方法优化用def2-svp不加gCP，还是说原理加gCP会使结构更准确，所以优化时def2-svp+gCP?

作者
Author: bluewhale 时间: 2024-2-18 20:17
自带 TmoleX 可视化，类似高斯的gview.

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-19 00:49

Oliviaw 发表于 2024-2-18 20:15
请问为什么优化时加gCP会影响相互作用的距离，gCP不是只影响能量的计算结果吗，还会影响结构吗？
查了几 ...

gCP影响的是势能面，势能面变了，自然极小点位置可能改变，这点跟DFT-D3是类似的
图稳妥就加gCP，打几个字母的事，又不增加耗时，没必要来来回回纠结这个

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-2-20 17:32
如果想看分子轨道，可以用Turbomole自带的tm2molden导出molden文件，然后使用MOKIT的molden2fch小程序将其转化为fch文件，这样就可以使用诸如GaussView/Multiwfn等程序看轨道。此外，还可以利用MOKIT丰富的传轨道功能、Multiwfn大量的波函数分析功能。举个例子，假设当前目录下有control和mos文件，依次运行

tm2molden
test.molden
[Enter]
[Enter]

复制代码

产生test.molden文件，然后运行

molden2fch test.molden -tm

复制代码

获得test.fch文件。

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