计算化学公社

标题: 求助：二维平面分子结构频率振动分析，有小虚频，如何消除？ [打印本页]

作者
Author: gog 时间: 2024-2-18 21:41
标题: 求助：二维平面分子结构频率振动分析，有小虚频，如何消除？
本帖最后由 gog 于 2024-2-24 20:08 编辑

二维结构，平面法线方向的虚频，咋个消除？高斯方法计算的。振动频率谱，只有这一个虚频，-4~-12 cm^-1范围，依据坐标位置不同而略有差别，振动能量很低，小于千分之一。虚频顺序，属于3N-6振动模式中排头的一个频率值。
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已经按照帖子Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)，使用高精度计算的结构优化和海森矩阵，用于计算振动频率。格点已经是orca 5里最高的格点级别defGrid3。
计算方法和基组： wB97X-D4 def2-TZVPP/C def2/J
结构优化、以及频率计算，精度最高了。但还是有这一虚频。因为用的orca，不知道如何微调结构中的原子坐标。

特意请教，该如何消除这一虚频？换用其他计算方法，能解决这个问题么？
如果必须用微调，displacement微调比例是多少？选用标准是啥？

作者
Author: dnlx 时间: 2024-2-18 22:48
关于如何微调结构中的原子坐标：你截图用的是Avogardo，只需要观测虚频的振动动画、在振动位置接近于合适的位置的时候，点击右下角的“pause”，把这时候的结构另存为新的xyz文件，这就是微调之后的坐标。

作者
Author: gog 时间: 2024-2-18 22:54

dnlx 发表于 2024-2-18 22:48
关于如何微调结构中的原子坐标：你截图用的是Avogardo，只需要观测虚频的振动动画、在振动位置接近于合适的 ...

凭视觉和鼠标操作，有相当大的随意性，或者叫主观性。要是有个空格，直接输入比例、慢慢调整，比较好。

作者
Author: dnlx 时间: 2024-2-18 23:20

gog 发表于 2024-2-18 22:54
凭视觉和鼠标操作，有相当大的随意性，或者叫主观性。要是有个空格，直接输入比例、慢慢调整，比较好。

用EXCEL插值？

作者
Author: gog 时间: 2024-2-18 23:24
用 wB97x-D4算结构优化和海森矩阵，但算频率，调用海森矩阵，换用 wB97M-D4，可以不？刚用这个方法，获得了无虚频的频率振动谱，这样可以不？
sob老师，可以回答下不呢？

作者
Author: -HMDS- 时间: 2024-2-19 00:06

gog 发表于 2024-2-18 23:24
用 wB97x-D4算结构优化和海森矩阵，但算频率，调用海森矩阵，换用 wB97M-D4，可以不？刚用这个方法，获得了 ...

上面dnlx老师给的方法是合理的，没有必要做插值，因为你的操作主要还是把分子结构从势能面鞍点上面拉开，拉开多少并不影响最后优化得到的结构。
换方法的这块建议仔细看sob老师的博客，他之前有详细解释过，简单来说，就是换了计算方法，势能面会发生变化，因此由其中一个方法得到的结果用另外一个方法去计算频率是不靠谱的，因为对于第一个方法收敛的结构，在第二个方法里面可能并不收敛。建议还是按照dnlx老师的方法调一下，应该比较容易得到没有虚频的结构。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-19 00:58

gog 发表于 2024-2-18 22:54
凭视觉和鼠标操作，有相当大的随意性，或者叫主观性。要是有个空格，直接输入比例、慢慢调整，比较好。

OfakeG：使GaussView能够可视化ORCA输出文件的工具
http://sobereva.com/498（http://bbs.keinsci.com/thread-13952-1-1.html）

用上文的做法通过gview观看振动情况，用results - vibrations界面里的manual displacement微调

优化和振动分析必须用严格相同的级别（除非用非主流的SPH方法）。

对于虚频破坏对称性的情况，按我博文所说，沿着虚频方向调完了重新优化

作者
Author: gog 时间: 2024-2-19 09:01
本帖最后由 gog 于 2024-2-19 09:10 编辑

sobereva 发表于 2024-2-19 00:58
OfakeG：使GaussView能够可视化ORCA输出文件的工具
http://sobereva.com/498（http://bbs.keinsci.com/t ...

谢谢sob老师和-HMDS-、dnlx 两位老师。我再试着调整下关键词。然后从新算。

有一疑惑，二维结构是平面环状，对称性很高，如果加def2/J基组，优化的结构，优化的终点结构是弯曲平面，依旧呈现环状，这种情形，是否可以考虑将基组def2/J 移除？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-19 14:36

gog 发表于 2024-2-19 09:01
谢谢sob老师和-HMDS-、dnlx 两位老师。我再试着调整下关键词。然后从新算。

有一疑惑，二 ...

def2/J是RIJ辅助基组，你开RIJ就必须提供/J辅助基组。如果不用def2/J就意味着你得关掉RIJ，写上noRI

作者
Author: gog 时间: 2024-2-19 15:28
本帖最后由 gog 于 2024-2-22 09:35 编辑

sobereva 发表于 2024-2-19 14:36
def2/J是RIJ辅助基组，你开RIJ就必须提供/J辅助基组。如果不用def2/J就意味着你得关掉RIJ，写上noRI

no RI是不是意味着没法使用 RIJCOSX ?. 现在用的关键词： wB97M-D4 def2-TZVPP/C RIJCOSX。写了有def基组，需要写上noRI？

另一个现象是算的环状结构，键长和和环直径，用D4获得的，比用D3算得的要大一些。这是什么原因？正常么？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)