公社群聊Q&A整理：2016.10.21 00 ~ 2016.10.25 01 Concate - 计算化学公社

2016.10.20 23:57:26
Q:
老师 Multiwfn看静态第一超极化率密度的时候，其分量的符号都改过来了，但是看动态第一超极化率的时候其分量的符号跟输出文件一样的，是不是说动态的时候没有考虑这个符号问题
A:
动态也改过来了
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2016.10.21 00:06:07
Q:
[图片]这种图除了gOpenMol还可以用什么软件做啊
vmd我试了下，好像几种显示方式都不行
A:
、sir VMD显示轨迹中粒子的空间密度分布的两种方法
http://sobereva.com/14
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2016.10.21 01:31:23
Q:
请教一个问题，对于一个有氢键的体系，用M062x/def2tzvp算电子能合适么？
A:
合适。有条件的话用ma-TZVP更好
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2016.10.21 02:27:49
Q:
molpro上有哪些可以算碘的基组
A:
cc-pVXZ-PP、def2
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2016.10.21 03:25:20
Q:
因无法禁止盗版色情内容 360云盘宣布停止个人云盘服务
说停就停。太不负责啊。
360云盘将于2016年10月20号公告后，关闭在线播放视频，预览文件，查看缩略图功能。 2016年11月1日起停止云盘上传服务，包括上传、转存等数据写入功能均关闭； 2017年2月1日起不再保留云盘数据，关闭所有的云盘账号并清空数据。
A:
之前有人建议把公社邮箱资料传到360上，果然，不出所料。所以需要长时间保存的东西用网盘完全不靠谱
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2016.10.21 03:31:21
Q:
老师，请问一下，为什么基组大了之后能量会降低
A:
变分原理
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2016.10.21 05:21:01
Q:
静电势的极值点是那个原子附近还是在哪个原子上
说静电极值点位于某个原子要用near 某个原子还是located at
A:
around
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2016.10.21 05:33:41
Q:
HOMO和LUMO到底和氧化还原电位啥关系？老师。[表情]
我自己计算了，我也算HOMO,LUMO了，我怕自己不知道，数据对应不起来，到时候麻烦。
A:
[图片]
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2016.10.21 06:25:51
Q:
大神们，我想问问
如果要给一个团簇加一个氢原子，那么除了，根据几何方法，考虑可能的结构，，确定加氢的位置，还有没有别的简洁的方法去分析加氢原子的位置。
A:
one& 即便有一些经验规则往往奏效，但不各个可能位置都算一遍的话，到时候审稿人也会质疑
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2016.10.21 06:59:37
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
实验上最大峰位置用垂直方式计算作为近似，实验上0-0峰位置在计算上用绝热来近似
垂直和绝热都是理论上的概念，现实中没有对应的概念
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2016.10.21 06:59:37
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
几何优化算法和CASSCF迭代是两码事。GEDIIS根据测试比RFO更好。
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2016.10.21 06:59:37
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
其它所有量化程序找过渡态都绝对不如高斯好用。OCRA、GAMESS-US、Dmol3等都可以找过渡态
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2016.10.21 06:59:37
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
不同长度的HOMO、LUMO值都不同。如果要获得无限长的，需要算不同长度的，然后外推到无穷长的情况
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2016.10.21 06:59:37
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
不算。没有参考价值
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2016.10.21 07:15:16
Q:
[图片]老师，我是看到文献上用前线轨道电子密度2FED2LUMO 或 FED2LUMO + FED2LUMO研究反应位点，也想试下我的体系，但我的是开壳层，您觉得是应该选择哪个自旋？还是把两个自旋轨道的结果相加呢？
A:
研究反应位点甭用这种做法，合适的讨论方法看
群共享里的文章：亲电取代反应中活性位点预测方法的比较、Comparative study on the methods for predicting the reactive site of nucleophilic reaction
幻灯片：Predicting reactive sites（http://sobereva.com/234）
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2016.10.21 07:25:02
Q:
老师您好，那高斯计算出石墨烯分子模型结构优化后的波函数，能量，分子轨道信息还有意义吗？
A:
有
甭用基于轨道的方法来讨论不就没有含糊性了
Q:
老师，那也就是说做完结构优化后，我可以继续输入.fch文件到Multiwfn去分析波函数等信息吧
A:
y
Q:
老师，变能密度是指两个状态下的密度变化，但两状态下坐标是不变的吧。如果这样那石墨烯小分子模型形变后就不能用变能密度去分析了吧？
A:
这不叫变形密度，而是一般意义的密度差
变形密度是整体的密度减去每个原子的密度
坐标必须不变
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2016.10.21 07:41:07
Q:
Internal consistency failure #1 in GetIJB.
Error termination via Lnk1e in /software/g09D01/g09/l906.exe 老师，我用B2PLYP/aug-cc-pvtz进行单点计算，但是遇到了上述错误，不知道该如何解决，请问有没有人遇到过？求指导，谢谢
A:
尝试E.01再试
Q:
老师，d01版本上是没有啥解决办法了，是么？
A:
大抵是
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2016.10.21 07:53:05
Q:
老师好，一直没能理解密度泛函理论里面的“交换关联”项，这个项只是用经验拟合修正的吗？还是有其物理意义？
A:
用来描述电子间的交换作用和相关作用，有明确的物理意义
只不过大量泛函在构建的时候为了结果能比较好，引入了很多拟合参数
Q:
电子间的交换相关作用是库仑作用以外的作用吗？
A:
确切来说是“经典”库伦作用以外的电子间相互作用
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2016.10.21 08:32:57
Q:
还有人吗？
请教一个问题
跑ＭＤ时，构象会波动，这种构象波动所经历的能垒，是不是要比亲核攻击时成键断键所经历的能垒要小得多？
A:
y
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2016.10.21 09:37:24
Q:
老师，我想问一下，怎么处理绝热跃迁到激发态后的A分子和水的结合能？我可以直接用td-opt后A分子的能量+水分子的能量－A分子和水分子结合后opt的能量吗？
A:
先算算复合物的TD结果，看看电子激发是否还是只牵扯到A
如果如此，先TD opt优化复合物并得到激发态极小点能量，减去水opt后的能量，再减去A的TD opt的能量。
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2016.10.21 12:25:28
Q:
请教老师，我是6核12线程机子。mpirun -np 6，这个6应该是线程数吧。用htop查看，还有一半的线程利用率低，而且计算程序不会固定用哪六个线程，利用率100%在不同线程间不停的变化。能不能所有12个线程都用上呢
A:
有多少物理核心就用多少线程
12线程并行性能可能提高也可能下降
Q:
好的，谢谢。线程应该是传输数据的管线，两条管线连接一个core，计算还得靠core
A:
不是这么回事
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2016.10.21 17:20:51
Q:
老师：早上好！[表情]，我看到一篇文章是这样说的，“用opt优化，得到一个100多虚频。就说是过渡态，有两个虚频就是二阶鞍点。”能这样说吗？我有些怀疑。用opt优化得到的虚频和我们用TS优化得到的虚频（这两者的虚频都较大）。请问这两个虚频的关系是怎么回事呢？谢谢~~~~
A:
一样，都是虚频
算不算过渡态，得考察虚频模式
一般不会
Q:
虚频模式？老师您指的是弯曲振动还是伸缩振动？这种吗？还是？@Sobereva
A:
但是比如由于对称性的约束，导致opt优化到过渡态，那虚频也很大
看振动动画，是否对应有意义的反应或者构象变化
Q:
恩好的谢谢老师。，您这里说了对称性约束会造成这种情况，请问是否还有其它原因造成opt优化导致大的虚频呢？谢谢····@Sobereva
A:
各种数值巧合
Q:
如果虚频的模式没有对应构象变化，那么这一类的大虚频，说明什么呢？是否有专业的术语来表示呢？不稳定态？可是过渡态也是不稳定态中的一种
A:
无任何意义
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2016.10.21 17:48:44
Q:
一直好奇 scihub怎么盈利
A:
非盈利
有人捐款，我还捐过100刀
Q:
我原来相亲请人吃饭至少花了几万
都打水漂了
谁让一篇普通的文献，个人购买要几十刀的
还不如捐了
1美分还差不多。。[表情]
搞科研累
硬件要花钱
软件也要花钱
感觉哪里都是砸钱
就是不挣钱。。。
男女朋友之间也是谈钱
感觉真的没啥爱
A:
氪金也是钱
Q:
我觉得一定得在学生期间找到女票
毕业还没有就要孤独一生
A:
未必
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2016.10.21 17:49:35
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
那纯属撞上
Q:
请问老师，那这种情况是哪里出问题了？
A:
博文里写了
默认优化算法和数值设置对当前情况不合适
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2016.10.21 17:50:02
Q:
请问老师们焓变熵变直接在优化的输出文件里计算吗？还用在优化时设置温度吗？新手一个懂得比较少
A:
温度默认常温
opt freq就给你焓和熵
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2016.10.21 17:50:47
Q:
老师你好，我用的是AMBER，如何制作一个溶剂盒子呢
老师你好，我用的是AMBER，如何制作一个溶剂盒子呢
A:
记得可以用setbox设个空盒子，然后solvatebox往里头加溶剂
Q:
是用什么软件设计盒子呢呢？新手一个啊
A:
setbox是leap的命令，看手册
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2016.10.21 17:53:04
Q:
老师：在一个Ir3的三环物质中，计算出的WBI指数是1.456 and 1.145，就说他是离域的三中心键，这样说，会不会有所欠妥？是否需要在做ADNp进行辅证，或者还可采取什么手段进行辅证合适呢？谢谢····@Sobereva
A:
表明三中心键最好计算三中心键级
ELF、AdNDP也都可以
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2016.10.21 17:54:37
Q:
[图片]请教一下老师，这个错误该怎么处理？O(∩_∩)O谢谢
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
博文里写得很清楚了
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2016.10.21 18:07:09
Q:
请问老师，我IRC设置的maxpoint=200，为什么跑出来超过两百个点
A:
两方向分别都是这么多
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2016.10.21 18:47:32
Q:
老师，请问一下，NBO计算出现[图片]情况，结果收敛但是g.out在Multiwfn中ADNdP没办法打开，怎么解决呀？
输入文件[图片][图片]
A:
完全是乱写啊
HF和PBE1PBE到底想用哪个
Q:
PBE1PBE
A:
#P PBE1PBE/6-31G* pop=nboread就完了，高斯还没用熟就别乱写关键词
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2016.10.21 18:50:01
Q:
请问，Gamess的$contrl部分太长了，怎么办？
可以写成
$contrl *****
$contrl *****
这样吗？
A:
直接换行后空一格就完了，比如
$BASIS BASNAM(1)=ligH,ligH,ligH,ligH,ligH,ligH,metal,metal,
ligN,ligH,ligH,ligH $END
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2016.10.21 19:07:11
Q:
[图片]请问下1：def基组是不是需要考呢？2：def、def2基组与高斯版本是不是有一定关系呢？
A:
def2从B.01开始自带
没有关系
要么写def2TZVP，要么写TZVP（对应def-TZVP）
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2016.10.21 19:15:54
Q:
老师：您好！对于这种，我看到文章说这个是半填充，请问是怎么看的呢？[图片]如果想知道他是半填充，或者是满填充，请问可以怎么知道了？谢谢····
[图片]
做RO计算，有几个单电子就从上往下数有几个是只填了一个电子的
开壳层没有HOMO LUMO一说
有HOMO
没有
就是SOMO-1
只有SOMO
仅字面上就能理解，你能说SOMO没有占据？
凭什么SOMO就不是最高已占据？
[图片]
勿用名次的能找到无数的文献
勿用名词
当然也能找到无数没有误用的
[图片]
A:
甭学这文献，以讹传讹
Q:
理解了就行了，不必纠结名词
A:
规范名词很重要
Q:
[表情]
A:
诸如“密度差”、“差分密度”这种无关大碍的不统一也就罢了
而诸如“原子自旋密度”，不纠正完全就是体现使用者对基本概念完全搞不清楚
轨道的称呼也一样
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2016.10.21 20:04:15
Q:
Sob老师，我用cam~b3lyp算了一个分子的S0, S1和T1。发现S1的能量和T1的能量没有交叉(没同结构同能量的点)。想请教一下这种情况分子能从S1变到T1态发生反应吗？
A:
找过MECP了没？
Q:
没有。我得先研究一下这个是什么
A:
使用MECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点
http://sobereva.com/286
Q:
哦，多谢，我研究一下
tddft的计算能量就是读TD-HF/TD-KS对吗？如果是td opt就读最后一个TD-HF/TD-KS?
A:
y
Q:
S1我用了 tddft cam-b3lyp T1我用了UCAM-b3lyp 且自旋态选3 这样可以吗？
谢谢sob老师！
A:
优化T1可以如此。但如果要和S1比能量，应该0 3 UCAM-B3LYP优化后再用0 1 TD=triplet算T1能量，能量都用TDDFT来算可比性更好
Q:
哦！好的。
那S0的结构在T1态的能量也应该用 0 1 TD=triplet? 因为此结构的S1态能量用了0 1 TD=singlet
A:
y
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2016.10.21 23:53:41
Q:
请问：[图片]polar=gamma是解析导数和有限场FF混合方法，the accuracy of the FF approach在哪能找到？
A:
字号不要超过12
不知道“the accuracy of the FF approach”你想说什么。FF的数值精度是没法确切说的，只能说有限差分阶数越高数值误差越大
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2016.10.22 00:35:41
Q:
老师:您好！请问如果nics算出，NICS(0）为负，但是NICS(1)为正，和NICS(0)为正，NICS(1)为负……这两者都能说明其具有芳香性……但是这两者在分析芳香性的时候，是否有区别呢谢谢……
A:
不要考察各项同性的NICS(1)，要考察NICS(1)_ZZ。NICS(1)_ZZ比各项同性的NICS(0)对于有机分子可靠得多
Q:
老师：您好！首先，谢谢您的解答，您是让我只计算NICS（1）-zz,从而直接比较NICS（1）-zz，是吗？如果NICS（1）-zz为正，说明是反芳香性，如果为负说明存在芳香性，如果是零，则不存在芳香性，是吗？我的结构算是比较规整的D3h,全金属体系，对于这样的一种对称性，他的NICS（1）-ZZ应该和NICS（1）是一样的吗？谢谢！@Sobereva
A:
不要用NICS(1)，很垃圾
要考察上方1埃位置就考察ZZ
对于考察pi芳香性，适合考察上方1埃
如果还考虑有sigma芳香性，则考察0
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2016.10.22 04:36:53
Q:
请问Linux虚拟机根目录下的文件只有几个G，但整个虚拟机在windows系统下的文件夹大小有300G，是什么原因
[图片]
[图片]
虚拟机没有规定硬盘大小
[图片]
是这样的
A:
创建虚拟机的时候可以选择是否把磁盘一次都分配
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2016.10.22 05:17:26
Q:
能垒和温度的公式是什么啊？怎么算？
请教下李老师 @LiYuanhe
A:
电子能垒是固定值，不依赖于温度。自由能垒依赖于温度，是过渡态自由能减反应物自由能，但没有简单的解析关系
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2016.10.22 05:31:13
Q:
氢键能加上BSSE就是校正后的氢键复合体的能量了氢键能在优化里面的Sum of eletronic and zero-point Energies，是E（复合体）-E（单体）+BSSE ，看网上说是单点能用于BSSE，我的理解是单点能里的SCF Done (复合体）-SCF Done（单体）+BSSE 是这样吗？那氢键结合能使怎么回事呢
A:
如果你要求BSSE校正后的氢键结合能，直接用高斯counterpoise任务最后输出的complexiation energy (corrected)就完了
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2016.10.22 05:47:11
Q:
大家好，我用这种方法想保存激发态波函数，请问是否可以？谢谢
S1计算时，已经加了density
#p Guess=(Save,Only,NaturalOrbitals) scrf=(pcm,solvent=thf) Geom=AllCheck cam-b3lyp/genecp nosymm
A:
可
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2016.10.22 08:14:04
Q:
哪位能推荐一个windows下的，像avogadro那样的，能用force field对分子结构做简单的即时优化的软件？
A:
就用windows版avogadro呗
chem3D也支持MM2或MMFF94力场优化
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2016.10.22 08:25:35
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
不是你输入文件有毛病就是输入的命令有毛病
如果你能顺利把博文/手册的例子都完成，说明是输入文件有毛病
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2016.10.22 09:07:08
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
可恶的骗子公司又往群成员邮箱里发虚假坑钱的gromacs培训邮件了，刚收到
大家千万别去。不久科音的gromacs培训班就会召开
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2016.10.22 13:52:11
Q:
您好！AIM分析，我的bond path所连接的两端原子，一端正确，另一端却有些偏离正确的原子，落在了键上。请问如何修改？multiwfn里AIM修改path的搜索选项会奏效吗？谢谢！
A:
有的就是这样，和参数没关系。
如果想弄更清楚一些，可以对那个平面作电子密度梯度线图考查原因
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2016.10.22 16:44:06
Q:
老师们打扰了就是在gaussian中 pop=nbo 和pop=savenbo 算出来的电荷分布一样吗？
A:
一样
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2016.10.22 16:59:38
Q:
[图片][图片]请问一下，我在top里看我的作业已经没有了，可是打开log文件的时候，它显示正在运行，是为什么？
这个问题总是出现，谢谢各位老师了
A:
看log末尾的报错提示
Q:
g09
[图片]
A:
如果到这里就戛然而止了，重算
Q:
末尾显示这是啥意思啊？求各位老师指导一下，怎么解决
A:
老这样就换版本再试
Q:
[图片][图片]还有这样的结果，不知道怎么解决了
A:
大抵%mem设太大，实际空闲内存没那么多
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2016.10.22 17:18:30
Q:
谢谢！如果AIM的bond path一端无偏离，另一端偏离较大，以至于无法指认，这种该如何处理？
A:
如果通过考察电子密度梯度线图，可以确定这就是实际情况而不是数值问题导致的键径产生错误，那一般并没有什么物理意义
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2016.10.22 17:43:15
Q:
gaussian怎样才能优化完结果再做TD,#p wB97X/def2TZVP opt=Z-matrix TD(root=2)，这样写的话每一轮opt迭代都做TD...
A:
写个opt任务。之后用--link--分隔，读取上一步结构做TD。
你当前这是优化第二激发态
[图片]
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2016.10.22 20:48:55
Q:
gassian自带的def2tzvpp基组和emsl的不一样？？
A:
没听说过
gfinput打印出来一对比就知道
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2016.10.22 23:02:07
Q:
有没有类似Swizard的软件？
A:
swizard能做的Multiwfn全能做，还做得更好
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
所以swizard早已彻底没用了
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2016.10.23 02:02:49
Q:
原子之间一般多大距离，几乎就没有非共价作用了（不讨论量子纠缠），有没有文献介绍？
@全体成员
A:
看原子电荷。衰减速度很慢的。范德华作用的话14埃以外基本就没了
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2016.10.23 06:18:44
Q:
orca生成的gwb文件用了干啥的
gbw。。。
A:
相当于chk文件
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2016.10.23 06:46:06
Q:
sob老师，请教您一个问题，我在用multiwfn进行8. Orbital composition analysis时报错，程序直接退出了。我用的是SARC-QZV-DKH全电子相对论基组，所以加了int=dkh，我试了下如果不用dkh的话，可以正常分析，但使用了SARC基组时应该加上int=dkh才合理。请教一下是什么原因，非常感谢！
A:
把作为Multiwfn输入文件的文件给我
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2016.10.23 06:47:23
Q:
请问分析DOS时，partial 里面的Sum是否就是Full DOS?
A:
所有PDOS之和就是TDOS
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2016.10.23 14:13:48
Q:
老师，请问片段与片段之间的结合能写坐标时是在整体优化的坐标中把片段坐标摘出来，还是对片段重新优化取其坐标，针对好几段的那种怎么输入命令呢
A:
[图片]
有几个片段就减几个片段的能量
Q:
嗯嗯，懂了老师谢谢您
老师麻烦再问一嘴，E(Acomplex)这个怎么出来的呢
单独的能量会找，但是这种在复合物中的A的能量不知道怎么出来的
A:
拷出来A的结构算个单点
Q:
老师，我有一个问题想请教一下。我在一个含氮官能团附近吸附一个气体分子。我想计算该气体分子在吸附态下与氧气的反应。我能使用gaussian计算该反应过渡态吗？
A:
能
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2016.10.23 16:48:22
Q:
谢谢，那就直接输入Au 0
TZVP
****
就可以了吗，谢谢
A:
TZVP根本不能用于Au
只对前四周期有定义
Q:
那第五周期，什么基组通用？
斯图佳特？
A:
def2
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2016.10.23 20:35:27
Q:
[图片]请问老师们，我运行了24小时了，还是没运行结束，大概是什么原因呢？
A:
明摆着没跑完还在跑，8成是震荡难收敛
Q:
有什么解决方法吗？老师
A:
放大视图考察收敛趋势，若认为继续跑收敛没戏就尝试改相关设定重新优化
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2016.10.23 22:10:05
Q:
社长大人，NTO轨道在multiwfn做出的轨道图中蓝色和绿色是不是分别代表从绿色跃迁到蓝色啊
A:
否
那只是相位而已
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2016.10.23 22:41:19
Q:
[图片] 老师这个超极化率密度图是用什么软件做的，这里面不是用Multiwfn做的
A:
multiwfn一样能做
大不了从Multiwfn导出平面数据后再用sigmaplot重新绘图
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2016.10.23 23:27:04
Q:
大神们，你们有好的办法，做出两个分子之间的中心距离吗？？？
A:
自行在两个分子质心添加虚原子，一量就完了
[图片]
Q:
[图片]
[原创表情]
我马上试试
place……是灰的
A:
先把一批原子圈成黄色，builder里选好要加入的原子
Q:
[图片]
选完了，但是还是灰的？
嘿嘿，就是做的大分子
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.10.23 23:58:59
Q:
请问老师，振动频率得到以后怎么看它属于哪个不可约表示？
A:
输出文件里直接显示了
Q:
[图片]
是这里吗？
A:
y
Q:
这里的A是什么意思？
我的这里所有都显示A，而且就是按照1,2,3,4,5这样依次排列下来的，应该不是不可约表示啊
补充一点，我现在的分子的苯，应该是C2v点群，但计算以后显示C1点群
明白了，可能因为我现在的分子没有对称性，所以得到的所有不可约表示都是A
谢谢各位大神
加上nosymm关键字。我也是小白一枚，还是问问群里的老师比较靠谱。
我的分子是苯，但我加了nosymm关键字优化结构，优化后得到的点群为C1
[图片]
我不加这个关键字的时候结构优化没有问题，但是计算频率总是报错Symmetry allowed Coriolis couplings
[图片]
是苯
benzene
我重复计算了好多次，每次都中断在同一个地方
稍等，我截图
[图片]
[图片]
去掉nosymm关键词第二步算频率就会中断
我把苯放在xy平面上了，所有Z坐标为0
IOp输出偶极矩导数
A:
弥散也完全多余
第一步优化用ultrafine，振动分析却不用，明显不对应
#p b3lyp/6-31G* opt freq=anharmonic就完事了，搞那么复杂
Q:
好的，谢谢老师
Symmetry allowed Coriolis couplings这是什么意思？
A:
你不需要的就不用管
Q:
是我每次计算都会中断在这里，但我不知道是什么原因导致的错误
出现这句话以后就会显示bus error
A:
用我给的关键词，用最新版本g09，还那样8成是程序bug问客服，2成是机子问题
Q:
g09最新版到几了？@Sobereva
A:
E.01
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2016.10.24 00:33:04
Q:
http://bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmxtutorials/index.html 老师，这个gromacs的入门教程链接打不开啊，有最新链接么[图片]
A:
绝对能打开
http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/index.html
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2016.10.24 03:27:24
Q:
谢谢sob老师
请教各位老师，multiwfn做AIM分析时，有四类关键点，比如（3，-3）是指Hessian矩阵中三个本征值都是负数，这三个本征值是什么含义
*CC撤回了一条消息@ J
是对X，Y，Z的二阶导吗？
A:
那叫临界点，不叫关键点
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
不是直接对x/y/z二阶导，那是Hessian矩阵的对角元。本征值体现对x,y,z方向脱耦合（做个坐标酉变换）之后得到的三个方向的二阶导
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2016.10.24 07:18:13
Q:
[图片]老师，我算的ADMP，还是一直提示语法错误，这是什么原因，麻烦老师给点意见
A:
RTEMP是BOMD里的不是ADMP里的
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2016.10.24 09:34:08
Q:
请问，对体系进行量化计算，对计算结果进行波函分析，能否得到原子之间的两两相用作用的数值？
A:
可以是可以，但具体看什么方式
Mayer能量分解得到的原子间作用结果，对于弱相互作用往往不好解释问题。IQA方式分析虽然物理意义清楚，但是耗时甚巨，少大点体系都跪
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2016.10.24 16:37:43
Q:
老师们计算提示错误在1103处是怎么回事
[图片]
A:
opt=cartesian
Q:
大博士，opt=gdiis可以吗？
A:
no
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2016.10.24 17:00:45
Q:
是命令这样写吗 freq RB3LYP/6-311g** opt=cartesian
A:
y
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2016.10.24 17:04:20
Q:
老师，哪种方法算HOMO，LUMO更准确一点呢？我的计算值跟文献上差别很大
A:
本身就是不可观测的量，无所谓哪种准确
通常B3LYP就可以
Q:
那老师，算π-π相互作用用M06比着B3LYP怎么样？
A:
显然更好，但还是烂
Q:
得有D3校正
得有D3校正
A:
仔细看
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
如今没人拿M06专门算弱相互作用
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2016.10.24 17:11:05
Q:
请问大社长，之前在群里看到，基态和过渡态水平必须一致，是指对反应物，生成物，和TS的计算，优化，频率分析，单点水平必须对应一致么？
A:
单点当然不需要和优化和振动分析一致
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2016.10.24 17:19:03
Q:
最后一个疑问，老师，单点计算，CCSD(T)和双杂化，如B2PLYP，精度哪个更高呢？
当然前者，不过计算体系太小
嗯嗯，CCSD(T)目前有比它精度更高的方法吗
等待大社长发明
显然有CCSDT，CCSDT(Q)，CCSDTQ
FCI
[表情] 只是现在程序都没办法实现
CCSDT，CCSDT(Q)，FCI似乎都已经有程序做了
A:
MRCC程序能做无穷阶CC，nwchem也能做很高阶CC
FCI一堆程序能做诸如molpro、GAMESS-US
Q:
能算多大体系[表情]
/赞
A:
黎书华他们不是做高阶CC，而是侧重基于片段方法把CC用在大体系
不过做来做去，我目前还没感受到什么实用性
Neese搞DLPNO-CCSD倒还算有用
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2016.10.24 17:21:01
Q:
谢谢老师。老师那在ADMP中的温度设置，直接用Temprature就可以了？
A:
看手册，看手册，能用的关键词都在手册里，别瞎猜
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2016.10.24 17:31:18
Q:
老师，我想咨询一下：我用的pbe泛函对分子进行的基态和激发态结构优化和频率分析，我能不能只在研究弱相互作用时加D3矫正，，这样在文章投稿时会不会有问题
A:
如果是一篇文章里的计算，尽量统一
本身加D3又没坏处
Q:
[图片]
主要是现在激发态的频率已经做了分析，这个重新算的话太耗时了
A:
那就不加了
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2016.10.24 17:31:18
Q:
请问老师，优化结构的时候把enable point groupsymmetry前面的勾勾上时，点群对称性就不改变了吗？
A:
否
gview里能控制的只是初始结构的对称性，即便初始结构有对称性，也未必在优化过程中一定能保持
DFT积分格点精度低、用弥散函数，或者极小点本身没有初始结构的对称性，都有一定可能导致对称性降低
本身三重态对称性就和S0可能会有很大不同，哪能指望T1总是和S0有相同点群
诸如吡咯T1态N都翘起来了
Q:
我把苯的初始结构设为D6h，优化后变为D2h；初识设为Cs，优化后Cs
我想得到D6h点群，不知有什么办法？
A:
0 1下直接opt B3LYP/6-31G*，保持不住D6h才怪
八成是垃圾关键词或者干了多余的事导致对称性才下降的
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2016.10.24 17:31:18
Q:
我把整个log文件都看了，没看见说激发态的@娃娃-首席卖萌官
@娃娃-首席卖萌官
[图片]
我要找的是fc这个激发态
A:
TD=triplet给出的全是三重态激发态，何谓怎么看
“fc这个激发态”这种描述就很不确切
你要得到这个位置能量，用基态优化后的结构做电子激发计算就完了
甭写freq=readfc
Q:
那我查看log文件时怎么看这些三重态和他们的能量啊
A:
基本知识这里都有
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
激发能直接在输出文件里就有，加上基态能量就是激发态能量
root指定的激发态也会直接告诉你相应的态的能量
Q:
[图片][图片]去掉freq=readfc还是出现相同错误
A:
03不支持m062X
Q:
[图片]老师，我这个跑完之后怎么看这个结构有哪些三重态啊，
A:
垃圾关键词太多
Q:
[图片]而且只有一个scf值
那log文件里的这个SCF就是那个位置的能量，是么
A:
scf done是基态能量
Q:
可是我原来已经单独做过三重态基态的单点了，这个是做的激发态的
A:
你让程序算激发态前程序不得先自动算一次基态？
没基态DFT轨道程序怎么算TDDFT
Q:
不太明白[表情]
不太明白/难过
A:
先读博文去吧
Q:
而且师兄原来都让我设置成开壳层的
好好
A:
你若设开壳层，TD里triplet根本就是白写
Q:
那我一开始最初的都得设置成闭壳层是么
还是只改tddft就可以了
A:
此结构下实际基态如果是0 1，你就设0 1，且用默认的R
Q:
我的基态是三重态
0 3设置成R是吧
A:
三重态怎么可能用R
基态为0 3时，激发态计算任务就用0 3，此时TD里写triplet毫无意义。
singlet/triplet关键词仅对参考态是闭壳层才有意义
这些博文里都提了
Q:
非限制性的三重态默认是开壳层还是闭壳层？老师@娃娃-首席卖萌官
那我要设非限制性的闭壳层怎么设呢@娃娃-首席卖萌官
还有对于三重态的基态可以设置闭壳层吧
那我激发态就没法算了么？
因为我看Sob老师的博文说triplet对闭壳层有效
A:
基态是开壳层你就直接写TD算激发态就完了，从输出文件根据激发态的<S**2>看哪些态能算作是三重态
Q:
<s**2>是表示小s吧？
A:
[图片]
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2016.10.24 17:40:28
Q:
建立的分子结构，进行结构优化后，有多个虚频值，个别分子的振动方向比较大，如何有效消除这些虚频？
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
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2016.10.24 17:46:04
Q:
[图片]请教VMD画图问题，想把画圈位置的分子移动到上方，有什么方法吗？哪位高手能够指点一下，非常感谢。
A:
mouse-move-fragment，拖动分子
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2016.10.24 17:51:15
Q:
,你好！我的过渡态计算IRC时，forward和reverse走向了同一个方向，我试过了过渡态加opt(tight)，int=ultrafine，把IRC步长调整为stepsize=30，还是不行，还有别的办法吗？
A:
找过渡态时用calcfc乃至calcall再试
找过渡态用了ultrafine别忘了IRC时也得用
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2016.10.24 18:06:39
Q:
老师：您好！我想在定义溶剂化效应，溶剂是水，这个是我的输入文件，麻烦您帮忙看看，有什么需要改正的，我在网上只找到了静态的介电常数，动态的介电常数没找到，谢谢····[图片][图片]
A:
epsinf随便填一个，不影响结果
DFT的opt要用tight就用ultrafine，否则起不到充分效果
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2016.10.24 18:38:04
Q:
请问Sob老师，对于已得到的经典md轨迹坐标，想求velocity autocorrelation function, C(t)=<v(t).v(0)>, v是 time derivatives of position, r. 请问这里的r 是每个原子的坐标还是整个分子体系的质心坐标，或者如何通过原子位置的置换来表示velocity, 有没有具体表达式？谢谢，已查文献和谷歌，均无果
A:
原子和分子都可以
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2016.10.24 19:26:05
Q:
老师，我咨询个问题：在用RDG函数描述弱相互作用时，这里我们设置的等值面是指什么呢？是电子密度吗？
A:
RDG的等值面
Q:
谢谢老师，那么在用vmd看的时候，是低于我设定的等值面的都显示出来是吧？
A:
否。显示的只是个面，不是体
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2016.10.24 20:11:18
Q:
请问用高斯怎么计算出键能啊？谢谢[表情]
A:
整体的焓减去断键后两个片段的焓
Q:
@Sobereva老师，键能不应该是产物减去反应物的么？
A:
就是如此
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2016.10.24 20:50:45
Q:
请问这两个焓分别怎么计算呢？谢谢[表情]
A:
opt freq
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2016.10.24 22:48:59
Q:
各位，动力学大牛，我很疑惑，小分子配体优化用antechamber，蛋白质也可以用min.in，但是怎样让配体进入活性口袋跑动力学平衡，不像dock时候还可以建立个box
我用的是amber16
A:
dock进合适的位置，以其为初始坐标跑动力学就完了
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2016.10.24 22:56:04
Q:
我做了九个三重态激发态的单点，能用GaussView看看这些激发态的轨道大致是什么样子么，老师？@Sobereva
A:
没有所谓的激发态的轨道
用multiwfn或gview载入fch文件看轨道就完了
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2016.10.24 23:03:08
Q:
[图片]老师我计算过渡态总是出现错误，[图片]是我的计算方法不对吗，老师能不能给我看一下，[图片]我的过度态就是一个分子内氢键导致的质子转移。
我的过度态就是一个分子内氢键导致的质子转移。
[图片]老师我计算过渡态总是出现错误，[图片]是我的计算方法不对吗，老师能不能给我看一下，[图片]
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
一定要加极化函数
这种问题至少6-31G**或def2SVP
Q:
老师，我算基态优化和吸收的时候只用了6-31G，现在计算过度态和之前不一样可以吗
[图片]
请问老师，这是什么错误呀
A:
这么点体系还用6-31G，审稿人立马打回去
万恶的6-31G
之前也得至少用这两种基组，否则是搞笑
输入文件格式不对
Q:
谢谢老师！
老师，你之前说不要乱加弥散和扩散，所以我给删了，
A:
[图片]
Q:
可没说不加极化啊
A:
哪有什么扩散
极化和弥散能是一回事么
反复阅读
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
Q:
奥，我的老天，我重算吧，我要哭了，还好还好，还没发出去，
[原创表情]
萌新瑟瑟发抖
[图片]我还专门看了这个博文，我要醉了，你们这些人，能不能同情一下我这个非专业的，认真学习的好孩子[表情]
[表情]小白有什么可骄傲的
A:
都比喻这么生动了
这已经说得没法更明白了
[图片]
Q:
[表情]
谢谢，老师，我要认真学习，然后重算！！宝宝心里苦，但我就是不说。
已经说了很多了
我看你上面说了。
还说的不少/微笑
A:
现在搞计算的吃的那点苦和唐敖庆那时候比起来也就是个零头都不到
Q:
社长大人，唐敖庆有什么故事么，可以说说不
A:
推荐本书《高山仰止-唐敖庆和他的弟子们》 http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4026
Q:
[图片]老师，我们每次都是用高斯view导出的，[图片]但是只有+，与dp,我看书上说+ +和d,p是一样的，没有**，我直接在gjf中写上**也是一样的吧。
好的。
A:
“我看书上说+ +和d,p是一样的”什么鬼书，真该烧了
Q:
老师，好多书都是这样写的，我还真以为一样呢
我去买来看看
恩呢，的确这么说，而且还翻译的叫[图片]扩散函数，
[图片]
A:
中文的量化、计算化学书目前几乎没有能看的
Q:
sob老师一推荐这本书我就想起理化所哎
悲哀
中国唯一的理论化学计算国家重点实验室
社长的书明年就出版了吧
A:
y
Q:
社长会签字售书么？
A:
那得在培训班的时候
Q:
书籍会限购吗？
A:
肯定印量不多，卖完了就没了
Q:
咋买啊
社长给我留两本啊
有网络途径吗
群里的人能不能优先购买啊
A:
看情况
Q:
[图片]我这样写对吗老师，我第一次弄，我怕算完有算错了，确保一下
A:
没错
----------------------------------------------------
2016.10.24 23:03:08
Q:
Sob老师，CCSD(T)出现 *MAX. CYCLES*错误
解决方法为：
[图片]
我是第三种情况，可以将ccsd(t)修改为ccsd(t,conv=6)
这个是要重新开始计算，还是有什么技巧可以直接到达原来计算任务的最后一步？
A:
重新开始
Q:
收敛问题比较坑爹。。
辛辛苦苦算了个东西，最后不收敛。。。
收敛的确搞死人
嗯
A:
5/13=1的唯一用处就是，最终肯定能得到一个结果，尽管大多数情况又臭又烂发表不能，但聊胜于无
Q:
我用过它[表情]
我用过它/呲牙
用来看基组的组成
A:
你直接gfinput guess=only看不就完了，都不用SCF计算
Q:
是1S,2S,2PX
这些东西。。。
A:
这是轨道组成...
----------------------------------------------------
2016.10.24 23:42:43
Q:
,你好！我优化过渡态用了
# um062x/6-311++g(d,p) opt(calcfc,tight,ts,noeigen,maxcycle=400) freq int=ultrafine
计算IRC用了#p um062x/6-311++g(d,p) IRC(MAXPOINT=400,stepsize=30,CALCFC,MAXCYC=399,forward,report=Cartesians,lqa) scf(maxcyc=399,xqc) int=ultrafine
两个IRC文件走向同一个方向，还有别的解决办法吗？
A:
步长可以试更大
或者随便改改什么，诸如去了纯属多余的弥散
有钱就用calcall
Q:
你是说IRC用calcall？
我这个是小分子，倒是不费机时
A:
opt
IRC用calcall一般不解决这个问题，但能令曲线更平滑
----------------------------------------------------
2016.10.24 23:48:59
Q:
[图片]ELF分析找不到disynaptic basin, 但是键级分析表面粉色和黄色原子间wiberg 键级等于0.5，这种情况应该说他们之间有成键还是没成键呢？
A:
什么元素？
Q:
Be-C
粉色是Be
A:
成键
Q:
什么原因呢？
ELF分析不是显示电子定域在三中心键上吗？
A:
有Be离子性很强
ELF侧重分析共价作用
Q:
那这里的trisynaptic basin 怎么解释呢？
A:
甭纠结于名词
Q:
离子性很强，所以就找不到disynaptic basin?
A:
y
Q:
那这里还能说明有3中心键吗？
A:
算三中心键级
Q:
三中心键级=0.2
A:
看具体想考察什么。
原子电荷是肯定有用的
Q:
3中心键级等于0.2是不是不算成键？
A:
算啊
跟当前级别计算的典型三中心键体系H3+的值对比
----------------------------------------------------
2016.10.24 23:53:37
Q:
社长的书出来了？
预订一套
别拿嘴预定，拿钱预定，
钱不是问题
我的小名叫钱多多
钱多去抽卡啊
最好哪位把那本８００页的amber手册翻译中文，定价８００元，估计都很多人买。
显然只有你这种拿 amber做ID的人会买
A:
意义不大。研究者英语阅读不是问题，而且看了中文版手册较少接触专业名词，到写作时候还要吃亏
何况程序一更新之前的都没用了
----------------------------------------------------
2016.10.24 23:57:17
Q:
咨询一下，如果一个分子，他的H被换为了氘或者氚。分子的振动频率一定会减小？谢谢
A:
与之相关的振动模式肯定频率降低
Q:
原子越重，应该频率越低吧
A:
y
----------------------------------------------------
2016.10.25 00:31:46
Q:
老师，请问一下我用高斯优化出来的结构是正常结束的，再算nbo的时候就出现这个错误，请问这是为什么呢[图片]
A:
上传输入文件
Q:
[图片]
[图片]
A:
用混合基组还不写gen？
M06/genecp pop=NBO
----------------------------------------------------
2016.10.25 00:40:17
Q:
老师，我算的是铑催化反应机理，在优化铑催化剂构型的时候一直存在一个<50 的虚频，我试过加坐标，调结构都没有消掉，请问还有什么方法能消掉？
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
----------------------------------------------------
2016.10.25 00:41:38
Q:
请问一下团簇与晶体的联系与区别？可以理解为团簇中原子数目增加到足够大，原子排列变得有序，形成了晶体吗？
A:
团簇是有限、孤立体系，晶体是周期性、无限延展体系
那个比喻不恰当
----------------------------------------------------
2016.10.25 00:58:28
Q:
老师，使用multiwfn看分子的LOL时可以使用fck文件吗？谢谢
A:
可
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