计算化学公社

标题: ORCA算单点能SCF不收敛 [打印本页]

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-2-21 09:11
标题: ORCA算单点能SCF不收敛
我的输入行是! PW6B95 D3 def2-QZVP def2/J def2-QZVPP/C RIJCOSX tightSCF noautostart miniprint nopop NoTRAH
跑了125圈，2天时间，报错如下：
   ERROR
   This wavefunction IS NOT CONVERGED!
   And it is 'too far' from meeting the convergence thresholds.
   Aborting ...
   Please restart calculation (with larger maxiter?)

请问该怎么重新设置？

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-2-21 09:12
计算的分子是148个原子。我用def2-tzvp+gcp跑过能收敛，但是用def2-QZVP就不收敛。

作者
Author: Strange 时间: 2024-2-21 09:44
你读一下收敛过的波函数当初猜呗

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-2-21 13:46

Strange 发表于 2024-2-21 09:44
你读一下收敛过的波函数当初猜呗

请问读取gbw文件的关键词是什么呀？

作者
Author: lucky1999 时间: 2024-2-21 14:02

Oliviaw 发表于 2024-2-21 13:46
请问读取gbw文件的关键词是什么呀？

http://bbs.keinsci.com/thread-31423-1-1.html

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-2-21 15:23

Oliviaw 发表于 2024-2-21 13:46
请问读取gbw文件的关键词是什么呀？

不需要添加任何关键词，只要inp和gbw文件同名，程序自动会读入轨道和基组，投影到当前目标基组上。换句话说，你只要复制一份gbw文件就行。当然，如果你非要绕远路，添加一些关键词，也是可以实现的。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-21 15:36

Oliviaw 发表于 2024-2-21 09:12
计算的分子是148个原子。我用def2-tzvp+gcp跑过能收敛，但是用def2-QZVP就不收敛。

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

写def2-QZVPP/C多余，又不是双杂化泛函

也可以尝试defgrid3，用KDIIS等其它做法，本论坛里有很多讨论

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-2-21 17:34

sobereva 发表于 2024-2-21 15:36
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

请问orca3.0.1的grid=5和grid=6，与orca5.0.4的defgrid3是一个档次吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-21 18:38

Oliviaw 发表于 2024-2-21 17:34
请问orca3.0.1的grid=5和grid=6，与orca5.0.4的defgrid3是一个档次吗？

没有严格的可比性
只能说grid6和defgrid3的格点质量都已经非常高了

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-2-21 19:31

sobereva 发表于 2024-2-21 18:38
没有严格的可比性
只能说grid6和defgrid3的格点质量都已经非常高了

一个很基础的问题，积分格点的设置的精度高是解决了什么问题，为什么要设置defgrid3？

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-2-21 19:57

zjxitcc 发表于 2024-2-21 15:23
不需要添加任何关键词，只要inp和gbw文件同名，程序自动会读入轨道和基组，投影到当前目标基组上。换句话 ...

有简单的方法肯定直接用，我复制了gbw，改了名字和inp一样。感觉读取收敛的波函数是最靠谱的方法。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-2-21 20:23

Oliviaw 发表于 2024-2-21 12:31
一个很基础的问题，积分格点的设置的精度高是解决了什么问题，为什么要设置defgrid3？

格点精度高，数值积分的精度就高，数值误差就小。有的时候SCF不收敛是因为数值误差太大，计算出来的能量和真实能量之间有误差，虽然误差的幅度小，但是符号随机，导致波函数一直小幅度震荡。这时增大格点就是最有效的方法。
参见https://bdf-manual.readthedocs.i ... tml#scfconvproblems

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-21 20:34

Oliviaw 发表于 2024-2-21 19:31
一个很基础的问题，积分格点的设置的精度高是解决了什么问题，为什么要设置defgrid3？

积分格点质量不够高可能导致KS矩阵构造精度差，对于某些情况可能导致SCF难收敛。例如之前我用wB97M-V结合很大基组计算18碳环的弱相互作用复合物就遇到这种情况，默认的defgrid2 SCF震荡，改成defgrid3收敛了。

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-2-21 21:17

wzkchem5 发表于 2024-2-21 20:23
格点精度高，数值积分的精度就高，数值误差就小。有的时候SCF不收敛是因为数值误差太大，计算出来的能量 ...

defgrid3是只在能力计算的时候设置，还是说优化和频率也要统一用defgrid3呢？
如果是已经优化收敛的结构，要补充加defgrid3，我只需读取优化收敛的结构的gwb，然后inp里重新设置defgrid3和opt就可以吗？
还是说我就用优化收敛的结构的坐标，然后重新加defgrid3,opt呢？

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-2-21 21:25

sobereva 发表于 2024-2-21 20:34
积分格点质量不够高可能导致KS矩阵构造精度差，对于某些情况可能导致SCF难收敛。例如之前我用wB97M-V结合 ...

不知道18碳环的文章会不会探究lewis acidity/basicity和charge transfer?

我的体系还要讲不同金属配位对弱相互作用的影响，相关的文章都会提到酸性和电荷转移，但是没见到可以计算酸性的强度的文章。charge transfer有办法可以计算出一个电荷变化的数值，也不知道charge transfer 会不会影响interaction？

那个能量分解的方法有个静电相互作用的项，跟charge transfer有没有关系啊？

您的文章有没有酸性的讨论和charge transfer呢？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-2-21 21:31

Oliviaw 发表于 2024-2-21 14:17
defgrid3是只在能力计算的时候设置，还是说优化和频率也要统一用defgrid3呢？
如果是已经优化收敛的结构 ...

只要你有充分理由说明单点能加大格点的必要性大于你的opt freq计算加大格点的重要性，就可以只对单点能计算加大格点
必须读xyz，gbw可读可不读，当你的体系有不止一个可能的SCF波函数的时候必须读，其他情况下读gbw虽然能节约少许时间，但相比整个计算耗时而言极其小。gbw文件里虽然有结构信息，但程序一般不用

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-2-21 21:32

Oliviaw 发表于 2024-2-21 14:25
不知道18碳环的文章会不会探究lewis acidity/basicity和charge transfer?

我的体系还要讲不同金属配位 ...

酸性的强度用pKa衡量，pKa计算方法见https://mattermodeling.stackexch ... -molecule/9482#9482
charge transfer必须区分是热诱导的电荷转移还是光诱导的电荷转移，是转移一整个电子还是转移远不到一个电子，以及你要计算的是电荷转移的难易程度还是电荷转移量还是其他的什么量。不同情况下计算方法是截然不同的

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-2-21 22:12

wzkchem5 发表于 2024-2-21 21:32
酸性的强度用pKa衡量，pKa计算方法见https://mattermodeling.stackexchange.com/questions/9480/is-it-po ...

网上说：The pKa measures the "strength" of a Bronsted acid. 这是质子酸。

我想计算的是lewis acidity，金属的酸性，和金属配合的共轭体系的酸性，是接受电子的能力。

请问Lewis acidity也可以计算吗？

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-2-21 22:18

wzkchem5 发表于 2024-2-21 21:32
酸性的强度用pKa衡量，pKa计算方法见https://mattermodeling.stackexchange.com/questions/9480/is-it-po ...

没有光和热的诱导。

是计算电荷转移相互作用，能定量吗？

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-2-21 22:26

wzkchem5 发表于 2024-2-21 21:31
只要你有充分理由说明单点能加大格点的必要性大于你的opt freq计算加大格点的重要性，就可以只对单点能计 ...

我暂时找不到理由来说明单点能加大格点的必要性大于opt freq的计算加大格点的重要性。

我是不是非得找到文献说明这个？

我只要计算结构具有一定的准确性就可以。是不是全部计算过程统一加大格点是个常用的方法？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-21 23:06

Oliviaw 发表于 2024-2-21 22:12
网上说：The pKa measures the "strength" of a Bronsted acid. 这是质子酸。

我想计算的是lewis acid ...

有不同方式衡量
比如原子电荷、原子局部表面静电势平均值（multiwfn的定量分子表面分析功能可以计算）、下文说的LEAE、局部亲电指数
使用Multiwfn通过局部电子附着能(LEAE)考察亲核反应位点、难易及弱相互作用
http://sobereva.com/676（http://bbs.keinsci.com/thread-38416-1-1.html）

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-21 23:09

Oliviaw 发表于 2024-2-21 21:25
不知道18碳环的文章会不会探究lewis acidity/basicity和charge transfer?

我的体系还要讲不同金属配位 ...

能量分解中的电荷转移项衡量了电荷转移（电子在片段间离域）造成的能量降低。有必要讨论的时候可以讨论。Multiwfn支持很多方式进行进一步分析，比如CDA、ETS-NOCV等等
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166
使用Multiwfn通过ETS-NOCV方法深入分析片段间的轨道相互作用
http://sobereva.com/609（http://bbs.keinsci.com/thread-24439-1-1.html）

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-21 23:11

Oliviaw 发表于 2024-2-21 22:26
我暂时找不到理由来说明单点能加大格点的必要性大于opt freq的计算加大格点的重要性。

我是不是非得找 ...

比如你优化的时候用对积分格点要求低的B3LYP-D3(BJ)，算单点时候用对积分格点要求高的M06-2X（特别是计算弱相互作用时），那么单点时候用更高档次的格点就说得过去。
如果是优化和单点用同样的泛函，积分格点档次不够时SCF不收敛，导致优化都没法做，那就自然得两个任务同时用更好的积分格点。

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-2-22 20:55

sobereva 发表于 2024-2-21 23:06
有不同方式衡量
比如原子电荷、原子局部表面静电势平均值（multiwfn的定量分子表面分析功能可以计算）、 ...

请问有没有LEAE在不同分子间对比绝对大小的范例呢？我在链接中找不到这种范例。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-2-22 21:15

Oliviaw 发表于 2024-2-22 13:55
请问有没有LEAE在不同分子间对比绝对大小的范例呢？我在链接中找不到这种范例。

不需要范例。如果同一个分子不同位点的LEAE可比，那么你用一个极其长的烷基链把你要比较的两个分子A、B连起来，变成一个分子，那么这个分子的A、B两个部分的LEAE必定是可比的。进一步地，因为这个烷基链对Lewis酸性没有实质性影响，所以不加这个烷基链也是可以比的，也就是把A和B放在一起算，但是彼此离得很远，得到的LEAE也可以用来衡量Lewis酸性。进一步地，因为LEAE满足size consistency（由LEAE的定义式不难看出），所以把A和B单独算得到的LEAE也是可以用的。
不要一没有范例就不敢算了，要根据已有的范例，自己做逻辑推理，得知已有的范例是否能适用于原来的适用范围以外的情形。例如以上推理就说明，只要LEAE可以比较任意分子内部两个位点的相对Lewis酸性，那么LEAE必然可以比较两个不同分子的相对Lewis酸性

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-22 21:41

Oliviaw 发表于 2024-2-22 20:55
请问有没有LEAE在不同分子间对比绝对大小的范例呢？我在链接中找不到这种范例。

提出较晚的LEAE目前没有ALIE流行，二者定义形式非常类似，ALIE的文章非常多，多看看分子间对比ALIE的例子

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-2-22 23:17

wzkchem5 发表于 2024-2-22 21:15
不需要范例。如果同一个分子不同位点的LEAE可比，那么你用一个极其长的烷基链把你要比较的两个分子A、B连 ...

我明白您的意思了，LEAE单独算的A和单独算的B是可以比较的。

Size consistency是说我只要保证单独计算A和单独计算B的时候软件设置一样，就能比较A和B吗？

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-2-22 23:23

sobereva 发表于 2024-2-21 23:09
能量分解中的电荷转移项衡量了电荷转移（电子在片段间离域）造成的能量降低。有必要讨论的时候可以讨论。 ...

请问如果是要比较两个类似分子，并且把两个片段分别分成两个类似的片段，我要对比两个分子对应的两个片段之间的总的位阻的大小，什么软件能算一个确切的数值？

两个片段之间轨道重合程度是不是可以用什么软件算出一个确切的数值？是能量分解分析的delta E_orbital吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-2-23 01:17

Oliviaw 发表于 2024-2-22 16:17
我明白您的意思了，LEAE单独算的A和单独算的B是可以比较的。

Size consistency是说我只要保证单独计算 ...

自己搜Size consistency，这是最基础的量化概念

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-23 01:52

Oliviaw 发表于 2024-2-22 23:23
请问如果是要比较两个类似分子，并且把两个片段分别分成两个类似的片段，我要对比两个分子对应的两个片段 ...

可以做基于量化的能量分解，看下文，片段间位阻作用体现在rep项里
使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析
http://sobereva.com/685（http://bbs.keinsci.com/thread-39446-1-1.html）
如果是弱相互作用范畴、可以被RDG等值面所展现，也可以用Multiwfn对RDG等值面内部区域进行积分进行一定程度考察，看Multiwfn手册4.200.14.1节

轨道相互作用和轨道重叠是两个概念，轨道之间有显著重叠是有明显轨道相互作用的前提而已。单纯考察两个片段各种单独计算的分子轨道之间的重叠程度可以用下文的方法
分子间轨道重叠的图形显示和计算
http://sobereva.com/163

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-2-23 13:31

sobereva 发表于 2024-2-23 01:52
可以做基于量化的能量分解，看下文，片段间位阻作用体现在rep项里
使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、 ...

请问delta E_rep能和IRI方法显示的红色区域的位阻对应起来吗？

IRI除了显示相互作用的空间分布，会不会能把每个区域的相互作用定量？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-24 00:54

Oliviaw 发表于 2024-2-23 13:31
请问delta E_rep能和IRI方法显示的红色区域的位阻对应起来吗？

IRI除了显示相互作用的空间分布，会不 ...

没有对应关系
RDG等值面内积分做定量讨论的例子看Multiwfn手册4.200.14节

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-2-25 22:00

sobereva 发表于 2024-2-21 23:09
能量分解中的电荷转移项衡量了电荷转移（电子在片段间离域）造成的能量降低。有必要讨论的时候可以讨论。 ...

ETS-NOCV分析计算的轨道变形密度体现的是各种轨道相互作用的总效果。请问NOCV分析是怎样区分配位作用、反馈作用、极化的等轨道相互作用的？还是说得用Multiwfn别的功能实现区分？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-25 22:38

Oliviaw 发表于 2024-2-25 22:00
ETS-NOCV分析计算的轨道变形密度体现的是各种轨道相互作用的总效果。请问NOCV分析是怎样区分配位作用、反 ...

使用Multiwfn通过ETS-NOCV方法深入分析片段间的轨道相互作用
http://sobereva.com/609（http://bbs.keinsci.com/thread-24439-1-1.html）

看里面考察配合物(CO)5CrCH2的配体-金属相互作用的例子

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-2-25 23:39

sobereva 发表于 2024-2-25 22:38
使用Multiwfn通过ETS-NOCV方法深入分析片段间的轨道相互作用
http://sobereva.com/609（http://bbs.kein ...

1）为了判断back donation和donation的相对大小，是应该看轨道的能量还是本征值呢？轨道的能量和本征值没有正相关性，就不知道该用哪个？

2）总变形密度里面包含pauli变形密度和轨道变形密度。总变形密度的正负与能量分解里面的pauli互斥能和轨道相互作用能的相对大小无法对应，那如果我要比较位阻效应和轨道相互作用哪个是决定因素，应该用总变形密度还是能量分解的两个相关项呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-26 01:57

Oliviaw 发表于 2024-2-25 23:39
1）为了判断back donation和donation的相对大小，是应该看轨道的能量还是本征值呢？轨道的能量和本征值没 ...

1 都不是。看描述相应作用的NOCV pair的能量

2 看sobEDA给出的E_rep和E_orb

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-2-29 21:11
本帖最后由 Oliviaw 于 2024-2-29 21:17 编辑

sobereva 发表于 2024-2-26 01:57
1 都不是。看描述相应作用的NOCV pair的能量

2 看sobEDA给出的E_rep和E_orb

1）请问NCI，IRI得到的散点图在定量分析上有没有用？和能量分解分析的结果是否具有可比性？按社长说的能量分解的项应该是更准确一些，对吗？

2）NCI，IRI是只能分析散点图才知道相互作用的大小吗？软件会一键输出每个区域的相互作用的数值，是做散点图的局部积分吗？

3）既然用NCI，IRI做可视化，那是不是必须分析散点图？散点图看不懂，如果我不用散点图，反而引入另外一个能量分解分析，会不会被审稿人质疑啊？

4）能量分解分析会不会在对比不同分子的pauli互斥项时，因为其中一个分子总的相互作用能大，所以pauli互斥能就大。这是不是意味着不能用来比较不同分子间的单独pauli互斥能？是不是可以对比不同分子的pauli互斥的百分比，这有没有意义？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-29 23:57

Oliviaw 发表于 2024-2-29 21:11
1）请问NCI，IRI得到的散点图在定量分析上有没有用？和能量分解分析的结果是否具有可比性？按社长说的能 ...

1 展现形式不同，没可比性，没简单对应关系
散点图没多大用处，散点图能体现的直接在等值面颜色上已经体现了

2 那叫等值面内区域的积分，看下文我的综述里的相关说明
一篇最全面介绍各种弱相互作用可视化分析方法的文章已发表！
http://sobereva.com/667（http://bbs.keinsci.com/thread-37629-1-1.html）

3 用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291（http://bbs.keinsci.com/thread-1206-1-1.html）
上文我还专门强调了不要夸大散点图的用处

IRI分析好处是能直接告诉你什么地方有显著位阻，从而直观解释为什么有的情况能量分解的rep项比较大之类

4 参考sobEDA原文里3.5. Diamantane−Diamantane节的讨论例子

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