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标题: NAMD续跑 [打印本页]

作者
Author: wenhuidou 时间: 2016-10-25 20:25
标题: NAMD续跑
本帖最后由 wenhuidou 于 2016-10-25 21:23 编辑

麻烦请教一下我用NAMD跑完动力学之后，我想继续跑，这时NAMD的配置文件怎样书写。
例如第一次的conf文件是这样
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## JOB DESCRIPTION                                        ##
#############################################################

#############################################################
## ADJUSTABLE PARAMETERS                                  ##
#############################################################
structure       d:/1/1c1.psf
coordinates       d:/1/1c1.pdb
set temperature 310
set outputname    eq_1
firsttimestep    0
#############################################################
## SIMULATION PARAMETERS                                  ##
#############################################################
# Input
paraTypeCharmm          on
parameters       d:/d/par_all27_prot_lipid.inp
temperature       $temperature
# Force-Field Parameters
exclude          scaled1-4
1-4scaling       1.0
cutoff             12.0
switching          on
switchdist       10.0
pairlistdist       14.0
# Integrator Parameters
timestep          2.0  ;# 2fs/step
rigidBonds       all  ;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq    1
fullElectFrequency  2
stepspercycle    10
# Constant Temperature Control
langevin          on ;# do langevin dynamics
langevinDamping    1    ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps
langevinTemp       $temperature
langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens
# Periodic Boundary Conditions
cellBasisVector1    34 0.0 0.0
cellBasisVector2    0.0  40.0 0.0
cellBasisVector3    0.0 0    59
cellOrigin       -3.8 3.8 -17.6

wrapAll          on
# PME (for full-system periodic electrostatics)
PME                yes
PMEGridSpacing    1.0
#manual grid definition
#PMEGridSizeX       40
#PMEGridSizeY       40
#PMEGridSizeZ       38

# Constant Pressure Control (variable volume)
useGroupPressure    yes ;# needed for rigidBonds
useFlexibleCell    no
useConstantArea    no
langevinPiston       on
langevinPistonTarget  1.01325 ;#  in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod  100.0
langevinPistonDecay 50.0
langevinPistonTemp $temperature
# Output
outputName       $outputname

restartname       eq_r_1
restartfreq       100 ;#
dcdfreq          250
xstFreq          250
outputEnergies    100
outputPressure    100
#############################################################
## EXTRA PARAMETERS                                     ##
#############################################################
#############################################################
## EXECUTION SCRIPT                                     ##
#############################################################
# Minimization
minimize  100
reinitvels $temperature
run 300
续跑的conf文件怎样写

作者
Author: wenhuidou 时间: 2016-10-25 20:49
本帖最后由 wenhuidou 于 2016-10-25 21:21 编辑

谢谢

作者
Author: fhh2626 时间: 2016-10-26 20:04
使用
bincoordinates
binvelocities
ExtendedSystem

这三个参数代替温度和周期性边界条件，具体的你看一眼user guide就明白了

作者
Author: wenhuidou 时间: 2016-10-26 21:40
谢谢您我已经搞定了

作者
Author: Marsxy 时间: 2023-2-25 09:15

wenhuidou 发表于 2016-10-26 21:40
谢谢您我已经搞定了

请问怎么解决的呀？

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