计算化学公社

标题: 关于羟基自由基和羧基反应的过渡态问题 [打印本页]

作者
Author: Orlea 时间: 2024-2-22 21:49
标题: 关于羟基自由基和羧基反应的过渡态问题
本帖最后由 Orlea 于 2024-2-22 21:49 编辑

想计算羟基自由基与苯环上的羧基反应，其中一步是羟基自由基夺取羧基中的氢生成水

结果摆了几个过渡态的初猜结构，优化后发现：
1.羟基自由基直接和氢连接，查看虚频振动，是水分子整体振动，没有预期中的路径

2.羟基自由基与氢距离远，振动方向没有朝向氢
(, 下载次数 Times of downloads: 15)
想请教大家，羟基自由基的反应的过渡态初猜一般怎么摆放比较合理

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-2-22 22:29
确定这个反应不是无垒反应吗？

作者
Author: Orlea 时间: 2024-2-22 22:35

wzkchem5 发表于 2024-2-22 22:29
确定这个反应不是无垒反应吗？

老师想请教一下如何判断是否是无垒反应，我是按照在先前推测的反应路径基础上用更高级别的机组重新计算的，里面有很多类似的羟基自由基和基团反应夺氢的路径

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-2-22 23:08

Orlea 发表于 2024-2-22 15:35
老师想请教一下如何判断是否是无垒反应，我是按照在先前推测的反应路径基础上用更高级别的机组重新计 ...

参见https://bdf-manual.readthedocs.i ... geomoptnotconverged

作者
Author: dnlx 时间: 2024-2-22 23:30
本帖最后由 dnlx 于 2024-2-22 23:31 编辑

这个不会是优势反应途径，不理解计算意义所在。更可能的途径是羟基自由基加成到六元环上，或者夺取六元环上碳氢键的氢。

作者
Author: Orlea 时间: 2024-2-22 23:40

dnlx 发表于 2024-2-22 23:30
这个不会是优势反应途径，不理解计算意义所在。更可能的途径是羟基自由基加成到六元环上，或者夺取六元环上 ...

谢谢回答，确实有考虑羟基自由基加成到环上的反应和羟基自由基夺取羧基上的氢两种途径，在计算第二种途径时遇到了一些问题，可能需要再考虑这条路径是否合理

作者
Author: Orlea 时间: 2024-2-22 23:46

wzkchem5 发表于 2024-2-22 23:08
参见https://bdf-manual.readthedocs.io/zh-cn/latest/guide/Optimization.html#geomoptnotconverged

谢谢老师的链接，我再研究一下这方面的内容知识

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-2-23 01:18

Orlea 发表于 2024-2-22 16:40
谢谢回答，确实有考虑羟基自由基加成到环上的反应和羟基自由基夺取羧基上的氢两种途径，在计算第二种途径 ...

此外夺取酚羟基氢也应该很容易

作者
Author: Orlea 时间: 2024-2-23 09:11

wzkchem5 发表于 2024-2-23 01:18
此外夺取酚羟基氢也应该很容易

嗯嗯是的，预测的反应最终路径就是夺取酚羟基的氢，夺取羧基上的氢这一步还需要斟酌

作者
Author: beidiwu 时间: 2024-2-23 10:14
羟基自由基与芳香类化合物（含酚类）的反应机理是一个已经研究烂了的课题，建议多看看基本的文献，和一些资深的老师师兄姐讨论，千万不要闭门造车。计算化学是一个很好的辅助工具，但做假设的时候不能脱离基本的规律。祝科研顺利！

作者
Author: Orlea 时间: 2024-2-23 13:04

beidiwu 发表于 2024-2-23 10:14
羟基自由基与芳香类化合物（含酚类）的反应机理是一个已经研究烂了的课题，建议多看看基本的文献，和一些资 ...

谢谢！在做计算的时候也深感自己在这方面的涉猎很少，以后做科研还是要多和别人交流，多看相关文献。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)