计算化学公社

标题: 如果只对蛋白质部分区域进行rmsd，应该如何操作？ [打印本页]

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Author: CHJ2841666311 时间: 2024-2-23 21:06
标题: 如果只对蛋白质部分区域进行rmsd，应该如何操作？
各位老师好，我用gromacs进行了膜蛋白配体复合物的分子动力学模拟，分析结果发现rmsd波动较大，并没有收敛。我用vmd查看轨迹发现主要是末端发生较大的变动，叠加了rmsd较小和较大的时候的蛋白结构，也是末端变化大，配体结合区域（跨膜空腔）没有较大的变动。我想请问一下大家，如果我忽略掉末端变化，只对结合区域附近做rmsd分析，需要先做什么说明吗？此外，如何只对一部分氨基酸进行rmsd分析呢？
我在其他帖子看到，如果末端区域对研究内容没有影响的话，就可以忽略末端区域，只对结合区域进行rmsd分析。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-23 21:21
VMD的RMSD trajectory tool插件左上角的文本框可以自己输入要对哪个区域做align、算RMSD，写恰当的选择语句即可，参考
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

作者
Author: CHJ2841666311 时间: 2024-2-23 22:08

sobereva 发表于 2024-2-23 21:21
VMD的RMSD trajectory tool插件左上角的文本框可以自己输入要对哪个区域做align、算RMSD，写恰当的选择语句 ...

非常谢谢sob老师的回答。还想请问一下老师，对蛋白质部分区域做rmsd分析的情况多吗？您是否有看到相关文章，我想仔细了解清楚。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-24 00:50

CHJ2841666311 发表于 2024-2-23 22:08
非常谢谢sob老师的回答。还想请问一下老师，对蛋白质部分区域做rmsd分析的情况多吗？您是否有看到相关文 ...

肯定非常多

作者
Author: CHJ2841666311 时间: 2024-2-24 12:20
好的，非常感谢老师。

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