计算化学公社

标题: 能不能用理论计算分子的亲水性疏水性？ [打印本页]

作者
Author: 下午茶 时间: 2016-10-26 19:01
标题: 能不能用理论计算分子的亲水性疏水性？
各位大神能不能用理论计算算分子的亲水性疏水性呀？谢谢

作者
Author: fhh2626 时间: 2016-10-26 20:09
可以，比如说你可以利用QM中的隐性溶剂或者MD/FEP计算分子的溶解自由能。前者sob写过一个教程，后者可以参考NAMD或者gromacs的教程

两种方法各有优劣，看你要研究的体系

作者
Author: 下午茶 时间: 2016-10-26 20:29

fhh2626 发表于 2016-10-26 20:09
可以，比如说你可以利用QM中的隐性溶剂或者MD/FEP计算分子的溶解自由能。前者sob写过一个教程，后者可以参 ...

教程能给我发一下吗

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-27 07:27
最简单的就是用Gaussian计算图中的油水分配系数LogP，这是最常用的衡量小分子亲水性/疏水性的指标

参考北京科音基础（中级）量子化学培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KBQC_content.html）的ppt：
(, 下载次数 Times of downloads: 21)

还有很多在线工具可以预测，在这里面搜LogP
计算化学相关的免费的在线数据库及工具
http://sobereva.com/43

做MD模拟也可以，但麻烦得多

作者
Author: 下午茶 时间: 2016-10-27 08:26

sobereva 发表于 2016-10-27 07:27
最简单的就是用Gaussian计算图中的油水分配系数LogP，这是最常用的衡量小分子亲水性/疏水性的指标

谢谢老师

作者
Author: wr52139 时间: 2019-8-10 04:10
本帖最后由 wr52139 于 2019-8-10 04:34 编辑

sobereva 发表于 2016-10-27 07:27
最简单的就是用Gaussian计算图中的油水分配系数LogP，这是最常用的衡量小分子亲水性/疏水性的指标

请问Sob老师，您说的这个公式，我是需要分别用溶剂模型（水和辛醇）优化之后，取单点能，还是可以直接用气相条件下优化后，用相应的溶剂模型直接计算单点能呢？

作者
Author: wr52139 时间: 2019-8-10 04:36

wr52139 发表于 2019-8-10 04:10
请问Sob老师，您说的这个公式，我是需要分别用溶剂模型（水和辛醇）优化之后，取单点能，还是可以直接用 ...

抱歉，我仔细读了您之前的帖子，明白了，可以在气相条件下优化。本来想删除，但没删掉。

作者
Author: 18763123396 时间: 2020-7-14 08:14

wr52139 发表于 2019-8-10 04:36
抱歉，我仔细读了您之前的帖子，明白了，可以在气相条件下优化。本来想删除，但没删掉。

请问您有sob老师关于Gaussian计算油水分配系数LogP的相关资料吗，或者博文，我没有找到，能分享一下吗？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2020-7-20 03:41

18763123396 发表于 2020-7-14 08:14
请问您有sob老师关于Gaussian计算油水分配系数LogP的相关资料吗，或者博文，我没有找到，能分享一下吗？ ...

4L我的ppt上的式子已经很清楚了，带和不带溶剂模型各算单点求差再做简单运算直接就得到了，没什么可说的

作者
Author: 18763123396 时间: 2020-9-19 09:11
好的，谢谢社长！

作者
Author: Jus 时间: 2024-6-29 15:50

sobereva 发表于 2016-10-27 07:27
最简单的就是用Gaussian计算图中的油水分配系数LogP，这是最常用的衡量小分子亲水性/疏水性的指标

参考 ...

老师好，请问在混合体系中，如何分别提取A、B两种溶剂的自由能之差呢

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-30 05:23

Jus 发表于 2024-6-29 15:50
老师好，请问在混合体系中，如何分别提取A、B两种溶剂的自由能之差呢

看不懂你的意思
隐式溶剂模型下计算的对象是溶质

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