计算化学公社

标题: 求助：使用Desmond模拟蛋白后，想对其构象变化进行分析 [打印本页]

作者
Author: SJHuang 时间: 2024-2-24 16:05
标题: 求助：使用Desmond模拟蛋白后，想对其构象变化进行分析
使用Desmond模拟蛋白后，想对其构象变化进行分析绘制一张自由能面热图。
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是需要将轨迹的每一帧取出，提取C-alpha笛卡尔坐标，后续根据sobereva老师的博文（浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)）中的介绍方式，进行PCA分析以及自由能热图的绘制吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-25 07:59
是

作者
Author: SJHuang 时间: 2024-2-25 20:40

sobereva 发表于 2024-2-25 07:59
是

谢谢老师

作者
Author: pkuchemistry 时间: 2024-11-29 16:12
请问你会了吗，可以教我一下吗

作者
Author: pkuchemistry 时间: 2024-11-29 16:13

sobereva 发表于 2024-2-25 07:59
是

请问desmond动力学模拟之后的结果，做自由能热图，你会吗，可以教一下我吗？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-2 05:01

pkuchemistry 发表于 2024-11-29 16:13
请问desmond动力学模拟之后的结果，做自由能热图，你会吗，可以教一下我吗？谢谢！

我从不使用这么小众向程序，有问题都极少有人回答
用主流的GROMACS多好。了解不同程序的流行度：
2024年计算化学公社举办的计算化学程序和DFT泛函的流行程度投票结果
http://sobereva.com/706（http://bbs.keinsci.com/thread-45272-1-1.html）

作者
Author: pkuchemistry 时间: 2024-12-5 10:51

sobereva 发表于 2024-12-2 05:01
我从不使用这么小众向程序，有问题都极少有人回答
用主流的GROMACS多好。了解不同程序的流行度：
2024 ...

这个容易操作阿，可以用面板，而且速度比较快。自动分析出结果。

作者
Author: student0618 时间: 2024-12-5 11:46

pkuchemistry 发表于 2024-12-5 10:51
这个容易操作阿，可以用面板，而且速度比较快。自动分析出结果。

真正要做模拟会发现command line比慢慢用滑鼠找圖示快多了，学会就回不去了，尤其是要用同一protocol跑几个体系时。而且開GUI 也佔不少电脑的资源，不如把资源都分去模拟。

过程大概这样：
1. 只用图像介面
2. 用滑鼠太慢，敲键盘用 command line
3. 懒得每次打Command，把要用的command全copy到一个文件一行自动跑
4. 获得自己的第一个Bash脚本

作者
Author: sobereva 时间: 2024-12-5 19:56

pkuchemistry 发表于 2024-12-5 10:51
这个容易操作阿，可以用面板，而且速度比较快。自动分析出结果。

有这种看法说明你还处于MD的初级阶段
对于专业做MD的，程序有GUI完全不是加分项，甚至还往往导致丧失了灵活性、令速度打折扣而成为了减分项。看看投票结果里gromacs和desmond的流行度就知道了

作者
Author: pkuchemistry 时间: 2024-12-6 09:50

sobereva 发表于 2024-12-5 19:56
有这种看法说明你还处于MD的初级阶段
对于专业做MD的，程序有GUI完全不是加分项，甚至还往往导致丧失了 ...

是的，完全同意SOB老师的说法，能加个V吗，便于请教。。。

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