计算化学公社

标题: 自组装的位置如何确定 [打印本页]

作者
Author: 吹梦到西洲 时间: 2024-2-25 15:36
标题: 自组装的位置如何确定
本帖最后由吹梦到西洲于 2024-2-26 17:39 编辑

目前是把两个分子放到合理的相对位置上组装主要的作用力是氢键，
但是用sobtop赋予MMFF94电荷许多H上都是0 所以没法体现这一块的氢键于是在跑动力学的过程中两个分子会从初态（比较理想的相对位置）逃离；
分子由500个原子构成，由于算力比较弱，算RESP电荷耗时实在太久，有什么别的方法吗
另外还想请问一下分析这两个分子间的相互作用力如果是负的是不是也能说明能够组装

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-25 19:31
说清楚两个分子都是什么体系，尽量发截图，并且仔细看下文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

跟算RESP电荷有什么必然关系，本来跑动力学就未必是必须的
MMFF94原子电荷只可能把非极性氢的原子电荷当做0，又不会影响显著的氢键的存在

作者
Author: 吹梦到西洲 时间: 2024-2-26 10:27

sobereva 发表于 2024-2-25 19:31
说清楚两个分子都是什么体系，尽量发截图，并且仔细看下文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得 ...

谢谢老师，图片我已经编辑上去了，预测是图2分子在图1的基底上由于两个分子的酰胺键会组装起来。想看到平面堆积，可以把位置调好以后将分子冻结算作用力吗。自发跑到对应的位置的话好像有点困难

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-26 17:23

吹梦到西洲发表于 2024-2-26 10:27
谢谢老师，图片我已经编辑上去了，预测是图2分子在图1的基底上由于两个分子的酰胺键会组装起来。想看到平 ...

看不到图
仔细看置顶的社员必读贴了解怎么正确贴图

作者
Author: 吹梦到西洲 时间: 2024-2-26 17:39

sobereva 发表于 2024-2-26 17:23
看不到图
仔细看置顶的社员必读贴了解怎么正确贴图

抱歉，现在已经重新上传了，麻烦老师指点一下

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-27 03:51

吹梦到西洲发表于 2024-2-26 17:39
抱歉，现在已经重新上传了，麻烦老师指点一下

当前情况用Multiwfn产生EEM原子电荷（例子看Multiwfn手册4.7.5节，基于默认的EEM参数可以非常迅速得到接近拟合静电势电荷质量的原子电荷），或者用MMFF94原子电荷，由此跑动力学，对于研究自组装没大问题

作者
Author: 吹梦到西洲 时间: 2024-2-27 09:29

sobereva 发表于 2024-2-27 03:51
当前情况用Multiwfn产生EEM原子电荷（例子看Multiwfn手册4.7.5节，基于默认的EEM参数可以非常迅速得到接 ...

谢谢老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)