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标题: 使用mcpb.py创建含有金属离子的力场拓扑文件中Gaussian09优化结构后遇到ESP问题 [打印本页]

作者
Author: YuniJ 时间: 2024-2-27 19:54
标题: 使用mcpb.py创建含有金属离子的力场拓扑文件中Gaussian09优化结构后遇到ESP问题
本帖最后由 YuniJ 于 2024-2-27 20:00 编辑

计算步骤：

MCPB.py -i oph.in -s 1
g09 < 1HZY_small_opt.com > 1HZY_small_opt.log
g09 < 1HZY_small_fc.com > 1HZY_small_fc.log
formchk 1HZY_small_opt.chk > 1HZY_small_opt.fchk
g09 < 1HZY_large_mk.com > 1HZY_large_mk.log
MCPB.py -i oph.in -s 2MCPB.py -i oph.in -s 3

遇到问题：
在按照教程在MCPB.py -i oph.in -s 3时出现了"pymsmt.exp.pymsmtError: The length of coordinates and ESP charges are different!"错误，附件1为oph.in文件、附件2为oph_fixed_H.pdb文件（计算的原始文件），1HZY_large_mk.log文件体积过大无法上传，部分图片如下，请指教。

作者
Author: qmmmmxl 时间: 2024-12-27 15:10
本帖最后由 qmmmmxl 于 2024-12-27 15:16 编辑

教程说：Gaussian 09 fix
在高斯 09 修订版 B.01 中，将静电势输出到点网格上的功能被意外删除了。这意味着 “antechamber”和 “resp”相关任务无法正常运行。下载 “fixreadinesp.sh” 文件，并按照其中的说明进行操作。（注意：你需要通过输入 “chmod +x fixreadinesp.sh” 命令使该脚本具有可执行权限。）
这个教程：https://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial20/mcpbpy_heme.php

你要完全按照教程，不能自己改名字。
下载fixreadinesp.sh后，执行以下命令：
chmod +x fixreadinesp.sh
./fixreadinesp.sh 4ZF6_large_mk.log > readincenters.com

g09 < readincenters.com > 4ZF6_large_mk_new.log #如果执行这个命令，会出现你的问题。应该执行g09 < readincenters.com > 4ZF6_large_mk.log
./fixreadinesp.sh 4ZF6_large_mk_new.log > fixed.log #相应的这个应该执行./fixreadinesp.sh 4ZF6_large_mk_new.log > fixed.log

作者
Author: zxczxc 时间: 2025-4-1 19:36
本帖最后由 zxczxc 于 2025-4-1 19:37 编辑

老师你好，我遇到同样的问题
运行到MCPB.py -i 7RB1.in -s 3 出现

(, 下载次数 Times of downloads: 17)

然后我按照官网说的运行fixreadinesp.sh
之后出现
***Doing the RESP charge fiting...
Traceback (most recent call last):
  File "/opt/amber22/bin/MCPB.py", line 692, in <module>
resp_fitting(stpdbf, lgpdbf, stfpf, lgfpf, mklogf, ionids, ff_choice,
  File "/opt/amber22/lib/python3.10/site-packages/pymsmt/mcpb/resp_fitting.py", line 442, in resp_fitting
get_esp_from_gau(mklogf, espf)
  File "/opt/amber22/lib/python3.10/site-packages/pymsmt/mol/gauio.py", line 686, in get_esp_from_gau
raise pymsmtError("The length of coordinates and ESP charges are different!")
pymsmt.exp.pymsmtError: The length of coordinates and ESP charges are different!

我的in文件为# input file
# 7RB1.in
software_version g09
original_pdb 7RB1_fixed_H.pdb
group_name 7RB1
cut_off 2.8
ion_ids 13060
ion_mol2files MG.mol2
naa_mol2files LG1.mol2 LG2.mol2 WA1.mol2 WA2.mol2 WA3.mol2
frcmod_files LG1.frcmod LG2.frcmod frcmod.tip3p
large_opt 1

万分感谢老师解答

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